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8月16日。長良たち36人の生徒は虚空を漂う学校に閉じ込められていた。元の世界に帰る方法もわからず、漂流と共に発現した不思議な能力を使って遊ぶ生徒たち。明星たちは秩序を取り戻そうとルールを決めるが…。

漂流が始まって1カ月。長良たちは元の世界に戻るための方法を探すが、生徒たちの間にはどこかのんびりとしたムードが漂っていた。その矢先、突然次々と原因不明の火事が起こり、犯人捜しが始まるが…。

長良と希、朝風、ラジダニたちは、それぞれの能力を活かして新しい世界を探す。そんななか、村山が全身真っ黒のフリーズ状態で発見されるという事件が発生。しかも、ほかにも行方不明の生徒が存在するらしく…。

シンクホールに飛び込んで遊んでいた長良は、自分に世界をワープさせる能力が備わっていることを知る。キャップはそんな彼を野球の練習に誘う。キャップお手製の野球場には、目に見えないサルがいるというが…。

長良と希、朝風、ラジダニ、瑞穂は、元の世界に戻るべく長良の能力を使って次々と新たな世界を探索する。一方、建設中のシェルターに集まった生徒たちは、突然現れたあき先生から衝撃的な言葉を告げられる。

あき先生に率いられた生徒が長良たちを捜し始めて2カ月。その頃、長良とラジダニは映画館の姿をした世界・フィルムメーカーにたどりつく。そしてラジダニは、映画が全て長良の視点からの映像であることに気づく。

この世界の真実を知ってしまった長良たち。あき先生に率いられた朝風たちや、方舟に運命を託した明星たちのグループは旅立ちの準備を進める。そんななか、キャンプに残っていた長良は丘の上で鉄棒を発見するが…。

希を残して荒野を旅する長良と瑞穂、やまびこ。夜、たき火を囲んで食事を済ませた瑞穂はやまびこに、イヌになった理由を尋ねる。そしてやまびこは、5000年前まだ彼が人間だった頃のことを話し始める。

雪原が広がる白銀の世界。そこでは、双子の兄弟・ソウとセイジが何千年もの間、争いを続けていた。あき先生は、この世界を変えるにはソウとセイジが持つ全てを巻き戻し、世界をリセットできる力が必要だと話す。

あき先生率いるグループの一員だった骨折は、サイハテノステーションという世界にいた。通り過ぎる人々の心の中をモノローグの力を使って聴き取る骨折は、片想いの相手・朝風と過ごした日々を思い返す。

骨折からの手紙で希の“死”を知った長良と瑞穂は、静かに希を送り出す。ロビンソン・クルーソー計画の準備を進める長良たちは元の世界に戻るが、そこへすっかり様子の変わったラジダニが現れる。

工業高校の2年生・長良は、2学期の始業式に出席していた。漂流のことなど知らない周囲に居心地の悪さを感じる長良。瑞穂とも再会するが、冷たくあしらわれる。長良は宇宙に飛び出したその後の出来事を思い出し…。