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最強の喧嘩屋を目指す、凪宗一郎と相棒のボブ牧原。その2人が挑む新たな戦いの場は、文武両道を誇る統道学園。一気に学園をシメにかかる2人だったが、謎の変身女とモヤシヤローからのキツイ挨拶を受け…。

喧嘩中に出会った棗亜夜に、宗一郎は求婚を迫られる。調子が狂うなか、高柳雅孝に闘いに挑むが、想像を超えた力の前に宗一郎は敗北する。その頃、学園では宗一郎とボブの騒ぎに制裁を加えるため、執行部が動きだす。

執行部の竜崎勤にボブの彼女・鴻ノ池千秋が襲われる。駆けつけた宗一郎とボブはなす術なく敗れ、亜夜も竜崎の驚異に立ち尽くすだけだった。喧嘩に連敗した宗一郎たちは、強くなることを誓い、柔剣部に入部する。

柔剣部にて修行に励む宗一郎たちだが、亜夜の姉で柔剣部の部長・真夜の指導どおりには力を発揮できない。 しかし、真夜は少しずつ宗一郎の資質に気づき始める。そんな2人を見ていた亜夜は、真夜に嫉妬心を抱く。

なぜか宿でボーリング大会に励む柔剣部一同。だが、亜夜だけは宗一郎と真夜の空白の一夜の修行が気になっていた。その思いに駆られる亜夜は、自らが持つ能力に目覚めていく。そのさなか、執行部が集結し…。

執行部との闘いが始まった。ところが、亜夜は棍使いの田上士郎との闘いで宗一郎への不信感から集中力を欠き、苦戦を強いられてしまう。その宗一郎は、サーガマスクとの勝負から自身の秘めた力が表れだす。

その圧倒的な数で一気に勝負を決めにかかる執行部本隊を、雅孝とボブが迎え撃つ。同様に、真夜や亜夜、宗一郎たちにも恐るべき力を持つ執行人たちが襲いかかる。苦境に立たされながらも、柔剣部一同は反撃に転ずる。

亜夜の力“龍眼”の発動と共に執行部の刺客を退けるが、それも束の間、ついに生徒会執行部会長・高柳光臣が柔剣部に立ちはだかる。そのあまりにも巨大な力の前に、柔剣部はなす術もなくじゅうりんされてしまうが…。

真夜は自分たちと光臣とのあまりにも大きな力の差を感じながらも、宗一郎の秘めた力を確信する。柔剣部一行は絶体絶命のピンチを俵文七の機転で回避するが、傷ついた彼らのそれぞれの思いが交錯する。

柔剣部と生徒会執行部との戦いは終わりを告げたが、真夜以外の者たちには、光臣が戦いのさなかに放った言葉が理解できないでいた。真夜は双方の確執の源を話さねばならなかった。それは、苦く悲しい記憶の物語で…。

文七の調べにより“KATANA狩り”の犯人が判明する。その事実をめぐりメンバーの思惑が交錯するなか、光臣は葛葉真魚から渡されたメモリースティックの中身を文七と一緒に見て、その内容にがく然とする。

慎は妹・真夜を守るため、“KATANA狩り”の犯人に気づいた“KATANA”メンバーを打ちのめす。その場に駆けつけた文七は、自身の考えが裏目に出たことを悔やみ、ケジメをつけるために慎のもとへ行く決意をする。

高柳家の妨害に遭うも、文七は何とか慎のもとへ到着する。だが、そこにいたのは“龍眼”と“式刀”零毀の持つ魔力に取りつかれた慎だった。ついに激突する2人だが、力に取りつかれた慎に文七はなす術もなく…。

文七は慎の圧倒的な力の前に倒れる。しかし、それは慎を油断させるためのわなだった。勝利を確信し、一瞬の隙を見せた慎に対し、文七は一気に反撃に出る。激しい攻防の末、2人の激闘は決着を迎える。

一連の騒動で、事実上消滅状態となった賊“KATANA”。慎はその解散式を行うことを光臣へと告げる。だが、己の内に芽生えた慎への恐怖に打ち勝てずにいた光臣は、解散式へ出席する決心をできずにいた。

過去の忌まわしい話を真夜から聞いた柔剣部一同は、それぞれの思いを胸に結束力を高める。翌日、学園では柔剣部が執行部との一件で狙われる存在になっていた。一方、真夜は藤堂師範から厳しい宣告を受けることに…。

真夜の退学を聞いた宗一郎とボブは執行部に退学届を提出し、真夜の退学撤回を懇願する。宗一郎は執行部内で自らの思いを明かす。また、同じ思いの亜夜も直談判するために執行部へ乗り込もうとするが…。

亜夜は“式刀”零毀を持ったまま行方をくらます。その刀の力を懸念する真夜は、光臣と共に彼女の行方を追う。その頃、亜夜は雅孝の家に泊まり込んでいた。病に倒れ眠りに就くなか、実兄である棗慎の幻想と対面する。

宗一郎とボブは退学届を却下される。文七は2人が気にかける過去の話の続きを語りだす。それは柔剣部創設までにさかのぼる。慎のもと光臣は部員を集めるために真夜を入部させようと懸命になるが…。

ついに天覧武會が始まった。光臣と真夜のコンビネーションにより、柔剣部は順調に予備戦を勝ち上がる。しかし、その年に1度の祭典の裏では、“真の武”人の誕生を目指す高柳道現の計画が秘密裏に進行していた。