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1600年の関ヶ原・烏頭坂。西軍劣勢で退路を断たれた戦国武将・島津豊久は、伯父・島津義弘を薩摩へ戻すため「捨てがまり」で敵の大将・井伊直政に一矢報いるが、首を取るまでには至らず、豊久は瀕死の重傷を負う。

人とは異なる種族である亜人・エルフ。その村が漂流者である豊久を助けたことにより、オルテ帝国の兵によって襲撃される。豊久は命の恩人であるエルフを助けるため、傷も癒えぬうちから行動を起こす。

十月機関の長・安倍晴明。彼は黒王軍の侵攻を制止すべく、ローマを震撼させた天才戦術家・ハンニバルとそれに対抗した軍人・スキピオという因縁深い2人へ軍権を譲るよう、カルネアデスの兵を説得していた。

導師・オルミーヌは監視していた豊久たち3人に捕まってしまう。彼女は廃棄物の脅威とそれに抗戦してほしいことを求めるが、不可能だと信長に告げられ、逆に豊久を頭目に行う自分たちの国盗りに加担しろと迫られる。

巡察隊を全滅させたためエルフの村は軍に襲われようとしており、エルフたちが迎撃に備える。森では兵の死体を集めて何やら始める信長にオルミーヌは眉をしかめるが、日の本の侍の死生観がまるで違うことを実感する。

ついに城館に入り込んだ豊久はエルフの女たちを助けに向かうが、そこで見た光景に激高し兵を皆殺しにしようとする。だが信長は彼の頭を殴りつけ昏倒させると、命令の指揮を奪い取って兵士を1人残らず始末した。

黒王の命によりジャンヌとジルドレが漂流者を追って廃城に現れ、豊久と与一が応戦。炎を自在に扱うジャンヌに対して逃げるしかない豊久だが、オルミーヌの助力を得て戦況を冷静に判断し、戦いの渦中で豊久は笑った。

駆けつけたキャシディとキッドによってジルドレをどうにか倒した与一。そこに声をかけたのは、元主にして与一の心に陰を落とす源義経で、与一は激しく苦悶する。こうして豊久たちは晴明たちと合流を果たした。

オルテ帝国を取るため、労働者としてとらわれているドワーフを解放すべく、ガドルカ鉱山へ向かう豊久たち。ついに火薬を手に入れた信長は与一の弓を使った爆撃弾で城市を強襲し、オルテ兵は混乱を来す。

人類を全滅させて地上に新たな文明を作るため、黒王は6大竜の1匹である青銅竜を軍門に下らせ、亜人たちに耕作をさせ文字を作り、多種族一体化の準備に着手。その頃、信長は次なる戦へ向けて鉄砲を量産し始める。

サン・ジェルミが豊久たちの前に現れ、オルテ帝国へのクーデターの企てを持ちかける。信長は利益と打算で動いている間はサン・ジェルミはむしろ信頼できるとして、計画に協力することを決断する。

ヴェルリナ市街を襲う黒王軍を、信長が率いる火打銃兵と与一が率いるエルフの弓衆が迎え撃つ。銃の威力に崩れて撤退する黒王軍の兵だが、あまりの引き際の良さに信長は落ち着いて現況を見定める。