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世界最強といわれる特殊部隊・ミスリルに所属する相良宗介は、新たな任務として、陣代高校に通う女子高生・千鳥かなめの護衛を言い渡された。早速、任務遂行のため、転校してきた宗介だが変人扱いされてしまう。

宗介は千鳥かなめの護衛任務をこなそうとすればするほど、空回り。宗介とタッグを組むことになったメリッサ・マオ、クルツ・ウェバーの2人も彼に振り回されっぱなし。そんななか、怪しい人物がかなめを狙っていた。

かなめと仲直りし、いい関係になれた宗介。護衛任務も快調で、本当にかなめを狙う組織が存在するのか、と疑問を抱く。そんな矢先、かなめの自宅に侵入する人影があった。早速、3人は出動するが…。

また不仲になったかなめと宗介。そんななか、陣代高校は沖縄へ修学旅行に行くことになった。宗介も修学旅行に同行。せっかくの旅行にもかかわらず、飛行機内でもかなめは宗介のことを完全に無視する。

ハイジャックに遭うかなめたち陣代高校の面々。ハイジャック犯はかなめを狙う連中だった。実験体にされそうになったかなめを宗介は危機一髪救出する。その後、ASサベージを操り、脱出を試みるが…。

ガウルンのAS・コダールとの激戦の末、クルツは九死に一生を得た。そして、かなめと宗介にやっとの思いで合流すると、宗介自身もかなりの傷を負っていた。宗介は、かなめだけでも逃げるように諭した。

クルツとの戦闘による損傷を癒やし、再び活動するガウルンは、新型AS・アーバレストに搭乗した宗介と対戦。宗介はラムダ・ドライバが作動せず、ピンチに陥る。コダールはとどめを刺そうとするが…。

宗介、かなめたちは、ガウルンとの激しい攻防を制す。すると、いつもの学園生活が始まった。そんなある日、かなめの同級生・稲葉瑞樹は彼氏の白井にふられた直後、友達に彼氏を紹介することになってしまい困惑する。

かなめとの宿題の約束を、ミッションのためすっかり忘れていた宗介は、慌てて学校に戻る。ところが、待っていたのはかなめの投げた二塁ベースだった。その頃、成田空港の税関で奇行を繰り返す少年が捕まる。

宗介はテッサとタクマを自宅に匿うことになった。彼と仲直りしようと訪ねてきたかなめの前に、バスタオル1枚で現れた艶めかしいテッサ。宗介を挟んで、一触即発の奇妙な三角関係が始まってしまう。

かなめとテッサはテロリストA21に捕まった。彼女たちが向かうのは若者に人気の有明お台場だった。2人を救出しようと後を追う宗介たち。彼らを待っていたのは、この世のものとは思えない化け物だった。

超巨大AS・ベヘモスが起動。ベヘモスの追跡から逃れようと、かなめと宗介たちの軽トラは疾駆する。追跡をかわそうと彼らが逃げ込んだのは、国際展示場・ビックサイトだった。その時、夜空に一筋の閃光がきらめく。

ミスリルの本拠地・メリダ島。テッサはドック入りしているトゥアハー・デ・ダナンの整備に疲労困ぱいしていた。テッサが自室に戻ると、酒とタバコまみれのマオが醜態をさらしており、テッサはマオに食ってかかる。

かなめ、宗介たち一行は、信二の父親も参加する自衛隊の基地祭に赴く。AS同士の卓球大会、綱引き、騎馬戦が行われ、まるでAS運動会だった。そんななか、信二はASに乗れない制服組の父親を歯がゆく思う。

生きていたガウルンを暗殺すべく命を受けた部隊に宗介も参加することになった。部隊が派遣される先は、皮肉にも宗介の故郷。宗介の心境は複雑だった。一方、かなめは、仲間たちと海水浴に来ていたのだが…。

宗介たちは隊長を失うが、悲しんでいる暇もなく、敵機が襲い来る。部隊が奪取した核弾頭を取り戻そうと、敵機は銃弾を浴びせてくる。部隊は応戦すべく体制を立て直すが、バチストの治療のため一時避難することに。

敵にかつての同士で、宗介の盟友だったザイードがいた。宗介の行動全てを見透かすザイードは、裏をかいてくる。防戦一方の宗介たち。激しい戦闘のなか、ついにザイードと宗介が対決することになった。

夏休み終盤の暑い日、かなめ、宗介たちは文化祭の準備をしていた。文化祭の予算のほとんどを複合装甲のゲートで使ってしまった宗介。意気消沈したかなめに対し、数日間2人きりで南の島に出かけようと誘う。

かなめ、テッサ、マオは、デ・ダナン内の女性士官特別バスルームの中にいた。いつしか、話題はマオの宗介とクルツとの出会いになる。当時、マオは新しい部下を探そうと、ミスリルの訓練キャンプに来ていたのだった。

テロリストグループによって米軍の施設、ベリオ共和国・ベリルダオブ島の化学兵器解体基地が占拠された。デ・ダナンは島に急行する。占拠したのは、ソ連の新型AS・シャドーと、赤い不気味なAS・ヴェノムだった。

ベリルダオブ島での激戦に勝利した宗介たちだったが、ラムダ・ドライバを発動できず、マオを重傷に追いこんでしまう。宗介は、その責任を痛感するが、心配そうにしているかなめにもやつ当たりしてしまう。

デ・ダナンを乗っ取ったガウルンは、米軍の戦艦・コロラドへのミサイル攻撃を行う。テッサは何が何でも阻止しようとして、かなめと共振、全てをかなめに託す。海底からは米軍の原潜・パサデナも追ってきて…。

デ・ダナンは米軍の原潜・パサデナに追い詰められる。高笑いのガウルンは、デ・ダナンの限界深度を超えて、艦を沈めた。そんななか、テッサの共振でデ・ダナンの心臓部、レディ・チャペルに、かなめがたどり着く。

宗介対ガウルンの最終決戦の舞台はデ・ダナンとなった。大嵐のなか、激戦が展開される。一方、米軍の原潜・パサデナからの攻撃ソナー音もより大きく響いてきていた。その時、どこからか女神の声がしてきた。