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ルーリッドの村で育った少年・キリトは、幼馴染みのユージオと巨大な黒樹を切り倒すという天職を背負っていた。昼食を持ってきたアリスとともに、3人はおとぎ話に出てきた果ての山脈の洞窟へと行くことを決める。

絶命の危機にあるキリトが目を覚ますと、そこはファンタジーゲームのような謎の世界だった。記憶が曖昧なままログアウトを試すが、現実世界へは戻れず、途方に暮れたキリトは巨大な樹の下でひとりの少年と出会う。

央都へ旅立つことを決めたキリトはユージオの協力を得るため、ギガスシダーを倒し、彼を天職から解放することを決意する。交代で斧を振るうなか、ユージオはかつて北の洞窟で見つけた青薔薇の剣をキリトに差し出す。

セルカが果ての山脈へひとりで向かったに違いないと考えたキリトとユージオは、彼女の後を追う。だが洞窟の中でゴブリンに遭遇したふたりは、ゴブリンに捕らわれたセルカを救うため、戦うことになる。

キリトたちがアンダーワールド内で央都を目指す一方、現実世界での桐ケ谷和人は意識不明の状態にあった。菊岡の申し出によって設備の整った病院へ移るが、明日奈たちが見舞いに行くと面会謝絶だと言われてしまう。

ラースの研究施設、オーシャン・タートルに潜入した明日奈は、和人の安否について菊岡を問い詰める。菊岡は和人が施設内のソウル・トランスレーターで治療を受けていることを明かし、自身の目的について語りだす。

キリトとユージオがルーリッドの村を出て2年が経っていた。央都へとたどり着いたふたりは、目的であった“北セントリア帝立修剣学院”へ入学し、整合騎士になり、アリスの行方を捜すため修練の日々を送っていた。

学院の主席であるリーバンテインと実剣による手合わせをすることになったキリト。観衆たちの好奇の目に晒されるなか、ソルティリーナからの激励を受け、キリトとリーバンテインの立ち合いが開始された。

上級修剣士となったユージオだが、強くなるために剣にどんな想いを込めればいいのか分からずにいた。そんな時、学院主席・ライオスと次席のウンベールに絡まれたユージオは、ウンベールと立ち合うことになる。

ロニエとティーゼの帰りが遅いことを気にしたキリトは2人を捜しに部屋を飛び出す。入れ違いでユージオのもとにやってきたフレニーカは、ウンベールに抗議に行ったティーゼたちが戻らないことを打ち明ける。

禁忌目録に違反し罪人となったキリトとユージオの前に、整合騎士のアリス・シンセシス・サーティが現れる。彼女は、かつて処罰された幼馴染みの少女・アリスそのものだったが、記憶はなく別人のようだった。

キリトとユージオは、地下牢の脱獄に成功するも、待ち伏せていたエルドリエに行く手を阻まれる。2人は先へ進むため、キリトがエルドリエの操る鞭を防ぎ、ユージオが撃ち込むという作戦でエルドリエに挑むが…。

セントラル・カセドラルの大図書室に隠遁する少女・カーディナルに助けられたキリトとユージオ。2人はアンダーワールドの秩序の維持を司る自律型プログラムである彼女から、アンダーワールドの危機を聞かされる。

カーディナルから世界の命運を託されたキリトとユージオは、セントラル・カセドラルの最上階を目指す。武具保管庫で奪われた愛剣を見つけた2人は、整合騎士、デュソルバート・シンセシス・セブンと遭遇する。

セントラル・カセドラルを上り続けるキリトとユージオは、リネル、フィゼルと名乗る2人の少女と出会う。2人の存在をいぶかしむキリトとユージオだったが、隙を突かれ、毒剣による麻痺攻撃を受けてしまい…。

キリトは満身創痍のなか、武装完全支配術を発動し、整合騎士・ファナティオとの戦いは決着を迎える。再びセントラル・カセドラルの最上階を目指すキリトとユージオは、奇妙な昇降機の前にたどり着く。

キリトとアリスの剣の武装完全支配術がぶつかりあった結果、セントラル・カセドラルの壁が砕け、ふたりは外へと放り出されてしまう。キリトは外壁の隙間に剣を突き立て、落下するアリスも救うが…。

セントラル・カセドラルの90階にたどり着いたユージオの前に、熱い湯気が沸き立つ大浴場が広がっていた。困惑するユージオは、湯の中で長旅の疲れを癒やす整合騎士、ベルクーリ・シンセシス・ワンと邂逅する。

キリトが口にした“セルカ”という名前を聞いたアリスの様子が一変する。その様子を見たキリトは、整合騎士の真実を彼女に告げる。しかし、キリトが語る言葉を受け入れることができないアリスは激しく動揺する。

右目の封印を打ち破ったアリスとともに90階の大浴場にたどり着いたキリト。そこにはチュデルキンの手により石化されたベルクーリの姿があった。ベルクーリは朦朧としたなかで力を振り絞り、ユージオの行方を告げる。

キリトとアリスの前に立ちふさがったのは、シンセサイズの秘儀を受け入れ整合騎士となったユージオだった。動揺するキリトだがアリスの叱咤を受け、ユージオと戦うことを決意し、戦いのなかで懸命に語りかけるが…。

セントラル・カセドラルの最上階。キリトとユージオとアリスは、ついにアドミニストレータのもとへたどり着く。しかし、神聖術によって巨大なピエロへと姿を変貌させたチュデルキンが3人に襲いかかる。

因縁の相手・アドミニストレータと決着をつけるべくセントラル・カセドラルの最上階に現れたカーディナル。彼女はアドミニストレータを抹消するため動き出すが、倒したはずのソードゴーレムが行く手を阻む。

カーディナル、ユージオ、そしてアリスの想いを身の内に宿し、キリトは再び立ち上がる。この世界で出会った全ての人の想いを胸に、2本の剣を携えたキリトはアドミニストレータとの一騎打ちに挑む。