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熱斗はナビのデータをオペレーターにシンクロさせて実体化させる実験に立ち会うため、科学省の祐一朗を訪ねる。その時、同省では室内の空気が無くなるという事件が発生。これは謎のナビ・ビーストマンの仕業だった。

メイル、チサオと共にネットシティの見学に向かった熱斗。そこに巨大UFOが現れネットシティを破壊し始めた。シティを守るためロックマンは巨大UFOに乗り込むが、ビーストマンの攻撃を受けて倒れてしまう。

水道トラブルが続出し、調査することになった熱斗。水道局のシステムにプラグインすると、犯人ナビ・バブルマンは全世界のトイレの水を逆流させるという恐るべき計画を明かし、実体化して襲いかかってきた。

町中の電力供給のバランスが崩れる事件が発生。その犯人のフラッシュマンと戦ったロックマンはダメージを受け、代わりにメイルとロールがフラッシュマンのもとへ向かうが、ロールがデリートされそうになってしまう。

熱斗たちはよかよか温泉へやってきた。そこで熱斗は、土産物屋の白泉たま子とメタルマンにバトルを仕掛けられ、応じることにした。しかし、いいところで邪魔が入り、バトルは途中で取りやめとなる。

町ではボウリングが大流行。サイバーワールドで活躍する謎のボウラー・ボウルマンは、現実世界でボウリングをしたくなり、謎の男の手で実体化してもらう。そして、町のあらゆる建物をピンに見立てて破壊し始めた。

データを養分にして花を咲かせるナビ・プラントマンにより、サイバーワールドは謎のツタと花に乗っ取られ、ロールもとらわれた。その頃、名人に呼ばれて帰国したヒノケンは、プラントマンと戦うロックマンを救う。

オープン前の科学歴史ランドのシステムチェックを頼まれた熱斗はプラグインするが、それは敵のわなだった。実体化したビーストマンに襲われるRロックマンは、周りが鏡という特殊な状況のためうまく戦えない。

打倒熱斗を誓って修行を積んでいたデカオが帰国したが、ネットセイバーとしての仕事が大切な熱斗は、彼とのバトルをやめてしまう。事情を知ったデカオとガッツマンは、今回の敵・バーナーマンを倒そうと考える。

ダークチップの影響が町じゅうに広がりつつあった。ダークチップを使ったナビは、とても強い力を得ることができるが、その後暴走してオペレーターの手から離れ行方不明になってしまうというのだ。

ディメンショナルエリアを利用した金庫破り事件が発生。謎の男からの命令によって、シェードマンがバーナーマンにレアメタルを盗み出させていたのだ。そんななか、町にディメンショナルエリアが張られてしまった。

シャーロ国の軍事基地で、航空管制システム・コントロールXが破壊された。犯人のシャドーマンは世界中のコントロールXを破壊していた。シャーロ国のネットセイバーナビ・サーチマンは、犯人を追って来日する。

ダークチップ製造工場を突き止めよとの指令を受けた熱斗は、捜査の途中で同じくチップ工場を捜していた炎山と出会う。ゆりこを追い詰める炎山だが、すんでのところで工場を爆発し、逃げられてしまった。

キングランドに留学中のやいとから呼び出され、熱斗、メイルらは赴く。そこでやいとは、自分が企画したゲーム「ストロベリープリンセス」の主役のプリンセスが行方不明なので捜し出してほしいと熱斗に頼む。

打倒ロックマンを目指しジャワイ島で相変わらず修行中のデカオは、骨董屋で偶然手に入れたカードリーダー型の機械を使うとガッツマンがパワーアップすることを知り、熱斗とロックマンにバトルを挑む。

デンサン商店街のネットバトル大会で城戸舟子とアクアマンが優勝を射止めた｡舟子は関わる者全てを不幸に巻き込むという悪運少女として知られている｡アクアマンは、舟子を助ける必要に迫られ火力発電所に侵入した。

シータワーの世界物産展にやってきた熱斗はそこで出店していたたま子と出会い、早速メタルマンとバトルを始める。しかし、そこにダークチップの影響で暴走したビーストマンが現れ、ロックマンを攻撃してきた。

サーチマンのオペレーター・ライカがニホンにやってきた。ライカはシャーロ国のネットセイバーだが、ナビと同様、熱斗とはそりが合わないようだ。そんな時、ダークロイド・ビデオマンによる事件が映画館で発生する。

ライカと熱斗に共同で事件の捜査に当たるよう指令が下るが、仲の悪い2人はそれぞれ単独で行動する。事件の首謀者・デザートマンはインビジブル能力を得たためロックマンは苦戦するが、サーチマンは難なく戦う。

ダークチップを求めてデザートマンがネット警察に侵入し、捕獲された。シェードマンはデザートマンを連れ戻すためフラッシュマンを派遣するが、ブルースとロックマンに撃退され、シェードマンは謎の男に助けを請う。