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ある日、謎の光によって武将たちが戦う見知らぬ世界へ連れて来られた結月。彼女は混乱する中、突然現れた武将・豊臣秀吉と出会う。秀吉は家臣と共に軍を指揮し、この戦乱の世界で天下統一を目指し戦っていた。

結月の血には謎の女性・姫神子と同じ月牙族を覚醒させる力があった。覚醒は戦が続く神牙の世界では大きな力となるため、彼女を狙う者が現れることになる。そこで秀吉は自分と結婚すれば結月を守ると提案するが…。

武田信玄の家臣・高坂昌信が大量の贈り物を持って秀吉の下を訪れる。しかし、贈り物の一部は近くの寺にあるという。三成たちはわなかもしれないと怪しむが、秀吉はそれを意に介さず寺を訪れる。

結月はイマリに頼まれて、黒田官兵衛、竹中半兵衛と共に姫神子の手掛かりがある真田領へ向かう。しかし、雨の中での旅が祟って高熱で倒れてしまった結月は、佐助、才蔵らに回復まで看病されることに。

秀吉がついに信長へ戦を仕掛ける。戦は武田、真田軍を率いた豊臣軍が、上杉、伊達軍を加えた織田軍に攻め入る総力戦の様相を呈していた。武田軍が因縁の上杉軍と戦う一方、豊臣軍は秀吉自らが織田の陣営に突撃する。

突然出現した厄魔によって、先の戦いは勝敗が決まらないまま終結した。結月は逃げる途中に傷を負ってしまい、仲間とはぐれて森の中で気を失ってしまう。そんな中、上杉謙信に助けられて城で手当てを受けることに。

秀吉の部下だとうそをつき、混乱に乗じて上杉の城から結月を連れ出したのは伊達政宗だった。彼女を連れて逃げ延びようとする政宗たちだったが、途中で厄魔に襲われたため近くの古寺に逗留することに。

結月が信長の手に落ちたと聞いた秀吉。しかし、秀吉は結月救出の前に街の復興と、前回の二の舞を避けるべく軍の立て直しに尽力する。一方、織田の陣営で捕らわれている結月は、明智光秀らと少しずつ打ち解けていく。

厄魔とは何なのか、一体どこから来るのか。独自に調べていた信長は厄魔を討伐するための巣窟探査を始める。臣下と結月を連れて厄魔の巣窟を探す一向。結月はそこで自分が厄魔を呼び寄せていることを知らされる。

町の復興と自軍の立て直しが一段落した秀吉は、結月救出のため単身で織田城に乗り込んでいく。かつて共に天下統一をも座した主君と臣下であった信長と秀吉。袂を分かった2人は織田城の広間で対峙するが…。

信長からの厄魔討伐の協力依頼を断り、秀吉は結月を連れて無事に城へと戻る。半兵衛、官兵衛、利家たちも久々の結月の元気な姿に大いに盛り上がる。だが、秀吉の城にもついに厄魔が襲来し始め…。

結月を取り込み地中に消えた巨大厄魔。信長を欠いた織田軍と合流した豊臣軍。そして真田、上杉、武田、伊達の各軍もまた、大量の厄魔に苦戦しながらも厄魔の巣窟を目指し樹海を進んでいた。