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東京湾岸上空に出現した謎の異生物・アンノウン。防衛を託されたのは、特殊能力“世界”を操る東京、神奈川、千葉の高校生たち。その中でも東京都市首席・朱雀壱弥は圧倒的な力でアンノウンを追い詰めていくが…。

半壊したアクアラインにアンノウンが出現するという噂が飛び交う中、各陣営の代表は2チームに分かれて調査をすることに。だが、朱雀は霞とほたるという、まったくウマの合わない2人と同じチームになってしまう。

朱雀は哨戒任務から外れ、負傷によって内地行きが決定した生徒の下を訪れていた。朱雀にとって、内地送りにされる者は「無能」だというが…。一方、朱雀不在の哨戒班は、新種の超大型アンノウンに遭遇する。

大型アンノウンとの戦闘でカナリアが負傷し、絶望的な状況に陥った朱雀。窮地を救ったのは、千葉、神奈川の両陣営だった。管理局から戦線崩壊の責任を追及された朱雀は、自らアンノウンの後始末をしたいと懇願し…。

アンノウンの急襲によって受けた傷跡はあまりに深く、生徒たちはそれぞれショックを隠せずにいた。朱雀もまた自信と気力を失い、東京の新リーダーには舞姫が擁立される。舞姫は気丈に生徒たちを鼓舞するが…。

ほたるは侵入不可領域で新型アンノウンと交戦し、朱雀は千葉陣営に連れ出された海ほたるで自暴自棄な戦いを繰り広げていた。同じ頃、東京上空に無数のアンノウンが出現。舞姫は人類の希望を一手に引き受ける。

かつて舞姫と交わした約束を果たすべく、ほたるは突き動かされるように東京を目指す。一方、無数のアンノウンを前に、舞姫は疲弊していく。そこへ、アンノウンの群れを統率していると思しき特異な個体が出現する。

東京、神奈川陣営が壊滅的な打撃を受け、防衛機構そのもののあり方が問われる。霞は湾岸部の放棄と戦線の縮小を提言するが、復讐を誓う朱雀には受け入れられない。さらに、明日葉に内地への転属話が持ち上がる。

この世界の有りように疑惑の目を向け始めた霞は、明日葉に都市防衛を託し、独自に調査を開始する。一方、三都市防衛の要となった明日葉は、朱雀の協力を仰ぐため無気力な彼を奮い立たせようとするが…。

変わり果てた現実を前に、状況の掴めない朱雀はただ呆然とするだけだった。明日葉もまたこの世界は一体どうなっているのかと困惑するばかり。そんな明日葉の前に、霞と明日葉の母親を名乗る人物が現れる。

アンノウンの世界とこちらの世界を繋ぐゲートを奪取するため、人類はアンノウンの拠点に総攻撃を仕掛ける。戦う覚悟を決める生徒がいる一方で、この戦いに複雑な思いを抱く生徒もいる中、朱雀の決断は…。

ゲートを破壊するため乗り込んだ朱雀たちの前に、思いも寄らない人物が立ちはだかる。同じ人間でありながら、守るべき世界も救うべきヒトも異にする人物。その覚悟に、朱雀たちもまた覚悟を問われる。