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昊陵学園に入学した九重透流は、学園に続く桜の並木道で、鈴の音色を響かせる銀髪の美少女に見とれていた。すると、透流と同じ新入生の永倉伊万里に声をかけられ、共に入学式が行われる講堂に向かう。

昊陵学園への入学を果たした透流は、自らの魂を具現化して作り出す焔牙＝ブレイズを得たが、通常なら焔牙は武器を形取るが、なぜか透流だけは楯の焔牙を現出させ、周りから異能＝イレギュラーと呼ばれていた。

誓った2人に対し、焔牙を使った模擬戦「新刃戦」を行うと告げられる。新刃戦は学園の敷地を使い「絆双刃」同士が焔牙を使って闘いあうバトルロワイヤル戦。透流とユリエは新刃戦を前に訓練を始める。

新刃戦に勝利した透流とユリエ。そして、傷つきながらも実力が認められた透流のクラスメイトの巴、みやび、トラ、タツの計6人に、II＝レベル2へランクアップするための昇華の儀が行われることが告げられる。

透流たちに対し、II＝レベル2への昇華の儀が行われた。水泳の授業でそれぞれがレベルアップしたことを実感するのだが、透流は一見何でもできると思っていたユリエに苦手なものがあったことを知る。

2年生と1年生の交流試合・咬竜戦をたった1人で勝ち抜いたリーリス。彼女は咬竜戦の代わりに1人で1年生全員を相手に戦う生存闘争＝サバイヴを開催。リーリスの焔牙の銃撃の前に1年生たちは次々と倒れていく。

南海の孤島へと合宿に向かう透流たち。前回の戦いで足手まといになってしまったことを気にするみやびは、自分の力不足を痛感すると同時に、透流に対する自分の気持ちに少しずつ気づき始めていた。

昊陵学園分校での過酷な合宿をこなしていく透流たちが迎えた最終日。これまでの合宿の厳しさを忘れ、各人が自由行動を楽しむ。合宿を通して透流への恋心を自覚したみやびは、透流に海で遊ばないかと声をかける。

謎の集団の襲撃を受ける昊陵学園分校。透流たちも応戦するが、強力な装備を持つ装鋼の技師＝エクイプメント・スミス配下の神滅部隊＝リベールスの前に、昊陵学園の生徒たちは次々に倒れていった。

神滅部隊の襲撃後、巴と透流たちは行方不明になったみやびを捜すが、島のどこにも姿が見当たらず途方に暮れる。そんな透流たちをよそに臨海学校も終了し、みやびを見つけられないまま本校に戻ることとなる。

装鋼の技師＝エクイプメント・スミスの仕掛けた殺破遊戯＝キリングゲームの最中、行方がわからなかったみやびが透流たちの前に姿を現す。しかし、みやびはKと同じ装鋼＝ユニットをまとっていた。

殺破遊戯＝キリングゲームを制し、みやびも取り戻して一件落着かと透流たちは安堵するが、再びKが透流たちの前に立ちはだかる。Kは最終外部兵装＝デストラクションを発動させ、前にも増して絶大な力を手にしていた。