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農大1年生、沢木惣右衛門直保は菌が見える特殊な能力をもっている。収穫の季節を迎え、沢木は同級生たちと、樹ゼミの発酵蔵を運営することになった。

発酵蔵の穴に気づいた及川は、もしかしたら自分だけ知らされていないことがあるのでは？と沢木を問いつめる。菌が見える能力を及川にだけは隠しているため、後ろめたさに焦る沢木。

穴の秘密を探ろうとしているのは自分だけだと思っていた及川は、美里、川浜も賛同してくれたことに心を打たれ、仲間としての思いを強くする。

発酵蔵の穴の真相を知り、予想外の展開に意気消沈する及川。その姿を見た沢木は、隠し事をしてきたことを心苦しく思い、自分の特殊な能力を告白する。真実を知った彼女の反応は？

長谷川の退学届にショックをうける武藤と及川。しかし、なんとかする、という樹の言葉を信じ、沢木と美里、川浜には打ち明けていなかった。

収穫祭が始まり、アイドル田中恭子ショーやたくさんの出店で盛り上がる農大。「葵’sバー」も大盛況。しかし美里と川浜がまたしても姿を消し、残された沢木、武藤、及川は大混乱となる。

収穫祭最終日。長谷川のために使ってくれと、秘密のオークションで手に入れた金を差し出す美里と川浜。誰もが長谷川を思い、行動していたことを知る樹ゼミのメンバー。

フランスにやってきた沢木たちは、ワインの銘醸地・ブルゴーニュの玄関口なら長谷川は必ず通るはずという勘だけを頼りにボーヌへと降り立つ。

長谷川のためのパーティを沢木たちにめちゃくちゃにされ激怒する龍太。ドメーヌとしての誇りを忘れないマリーの発言に長谷川は詫びを言い退席する。

長谷川を逃がすことに成功した美里と川浜。マリーの自宅に集合し、ブルゴーニュを代表するワイン、クロ＝パラントゥで乾杯する。

龍太に自分の本当の思いを打ち明けた長谷川は、また大学に戻ることを約束し、沢木たちと笑顔で別れる。一方、マリーも、沢木と菌たちのサポートで父親と対峙する。