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梅郷中学に通う一年生のハルユキは、肥満体型と内気な性格で、学内マウンテンの最底辺にいる少年だった。惨めな姿を幼なじみのチユリに見られてしまったある日、ハルユキは意外な人物に話し掛けられる。

ポイントを奪い合う格闘ゲーム、ブレイン・バーストで、ハルユキはバーストリンカーとして凶悪な骸骨ライダーと対戦し、敗れてしまう。そんなハルユキに対し、黒雪姫はブレイン・バーストの原則を伝授した。

チユリを挑発する黒雪姫にハルユキは戦々恐々だ。だが、その裏には黒雪姫がハルユキを加速世界に誘った真の理由が潜んでいた。そんな黒雪姫は、最近、学内ネットワーク上で、受けるはずのない対戦を挑まれ…。

ハルユキがチユリと直結したと聞いた黒雪姫は、機嫌が悪い。そして、シアン・パイルがチユリのニューロリンカーを通していたという推測を告げる間もなく、立ち去ってしまった。実は黒雪姫は嫉妬していたのだった。

加速の力を手に入れて変わってしまったハルユキに、黒雪姫は、自分の思いを、そしてチユリの思いをぶつけて戦うも、シアン・パイルには力が及ばなかった。ハルユキは黒雪姫を守れなかったことに後悔する。

シルバー・クロウとシアン・パイルとの戦いで黒雪姫襲撃事件は幕を閉じた。一方、タクムは青のレギオンから脱退し、ハルユキとタッグを組んでレベルアップに励んでいた。しかしハルユキはあるミスを犯し…。

用心棒バウンサー、アクア・カレントと合流し、ハルユキはポイントが安全域になるまでタッグを組んで戦うことに。対戦相手は巨大なサンド・ダクトと、その肩に乗ったニッケル・ドールという、かなりの強敵だった。

ハルユキは領土戦で役に立てず、早く強くなりたいと焦っていた。そんなある日、ハルユキは数日間、ハトコという可憐な少女を預かることに。親戚だが、可愛い娘との2人きりという生活にハルユキは心を弾ませた。

ハルユキの家で、黒雪姫と赤の王、タクムが会談していた。上月由仁子と名乗った赤の王は、ハルユキのリアルを割り出し、家に潜入した真意を語る。そして、あるものを破壊するために飛行アビリティを借りたいと言う。

ハルユキは、黒雪姫とニコが宿泊するという、心の休まらない夜を明かす。そして次の日、ハルユキ宅から登校する黒雪姫と幼なじみのチユリが遭遇してしまう。すると、チユリは仲間外れにされた気分になり…。

シルバー・クロウたちはクロム・ディザスター討伐に向かった無制限中立フィールドで、黄のレギオンに奇襲される。また彼らを率いる黄の王イエロー・レディオは、不可侵条約を盾にスカーレット・レインに報復を行う。

突如出現したクロム・ディザスターの圧倒的な力の前に、黄のレギオンは撤退を開始。そして戦いを諦めたシルバー・クロウに、ブラック・ロータスの檄が浴びせられる。そしてシルバー・クロウは再び立ち上がった。

新学期になり、ハルユキとチユリ、そしてタクムは同じクラスに。タクムはチユリの猛烈なアタックに押し切られ、ブレイン・バーストをコピーすることになってしまう。そして無事インストールに成功し…。

剣道の試合中、能美は加速の力でタクムを圧倒。間違いなくバーストリンカーであるはずなのに、マッチングリストに新たなアバター名は現れず、能美の目的も、その存在を隠す手段も分からなかった。

ハルユキは、秘密をばらされたくなければポイントを上納し続けろ、と理不尽な要求をする能美に対戦を仕掛ける。しかしハルユキは、彼のアバター、ダスク・テイカーを追いつめるも、奇襲を受けて敗れてしまう。

シルバー・クロウは、アッシュ・ローラーの師匠スカイ・レイカーの元に連れてこられる。スカイ・レイカーは、クロウにバーストリンカーの秘めた真の力、心意と、それを追い求めた者に残された傷痕について語りだす。

黒雪姫が見せた思いやりに、ハルユキは能美との因縁は自分だけで決着をつけなくてはならないと決意する。一方、タクムは事件を知り、独自に調査を始めていて、能美が加速の力を使った隙をついて対戦に持ち込む。

ハルユキが危機に立ち向かっている頃、黒雪姫は修学旅行先の沖縄で、何者かに対戦を挑まれていた。黒雪姫は危なげなく勝利するが、琉花、真魚と名乗った2人のバーストリンカーは、実は黒雪姫を試していて…。

琉花たちの師匠クリムゾン・キングが言うには、沖縄の無制限フィールドに出現した神獣級エネミーのため、エネミー狩りができなくなったらしい。しかもその飼い主がマッチングリストに表示されておらず…。

シルバー・クロウとの対決で衰弱したダスク・テイカー。それを救ったのはチユリのアバター、ライム・ベルだった。能美によるチユリへの凶行に怒ったシアン・パイルだが、無残にも返り討ちに遭ってしまう。

能美の企てにより、ハルユキは盗撮犯の濡れ衣を着せられる。そんなハルユキは赤の王・ニコに相談を持ち掛け、ダスク・テイカーの一件を説明する。さらに、タクムが心意を身に着けるために協力を取り付ける。

アキハバラ・バトル・グラウンドに現れた、マッチングリストに名前の出ないバーストリンカー、ラスト・ジグソーに挑むハルユキとパド。ジグソーの攻撃に苦戦しつつも勝利。そして彼のリアルを探ろうとするが…。

能美との決戦に同行を申し出たチユリと共に、ハルユキとタクムは3人で対戦に向かう。そして梅郷中の校庭でダスク・テイカーと対峙したシルバー・クロウだったが、意外な伏兵の登場に苦戦を強いられる。

ブラック・ロータスの助けを得て、シルバー・クロウは決着をつけるべくダスク・テイカーと対峙。2つのデュエル・アバターが空を裂き、心意の光が交錯し、シルバー・クロウの手刀が相手の胸を貫くが…。