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壮絶な戦いを繰り広げたイノベーター事件から1年が過ぎた。トキオシティのゲームセンターで前人未到の連勝記録を叩き出した少年・大空ヒロだが、その賞品であるLBXの操作はなかなかうまくできずにいた。

謎の巨大組織・ディテクターによりトキオシアの都市機能は全て奪われた。バンとヒロ、拓也は山野博士の助手を名乗るコブラと敵の潜伏場を発見。そこはシーカー本部のあったトキオシアデパートの地下だった。

バンとヒロは旧シーカー本部でのバトルに何とか決着をつけた。そして、ディテクターはLBXに搭載される制御回路「Mチップ」を利用して、世界中のLBXを自由に操作することが可能なのだと判明する。

ディテクターに連れ去られたアミとカズが向かっている先はA国と判明。拓也からA国へ向けて出発することを指示され、当地へと赴くバンたちの最初の目的地は、Nシティにある次世代国際宇宙局「NICS」だ。

A国に降り立ったバンを待ち受けていたのは、謎の少女とのLBXバトルだった。相手の素早い攻撃に驚きながらも反撃に出るエルシオンだが、バトルは一方的に中断され、バンたちは少女の意外な正体を知る。

NシティのLBXの暴走を食い止めたかと思ったのも束の間、列車が暴走を始めた。全力を振り絞りその列車を停車させようと試みるヒロとジェシカだったが、全ての操作は不可能となってしまっていた。

新型汎用調査艇・ダックシャトルで中国へ向かったバンたち。バンとジンが久々の再会してLBXバトルを楽しむ一方、そのハイレベルなバトルを目の当たりにしたヒロとランは、ディテクターとの戦いに気を引き締める。

ディテクターによってスレイブ・プレイヤーとされたアミは、冷酷な戦い方でバンとオタクロスに迫る。LBXの反乱を操っている司令コンピューターを正常化するためには、どうしてもアミを倒さなければならないのだ。

LBX暴走事件とMチップに関するオメガダインの報告書に疑問を抱いた拓也たちは、A国のLシティに向かった。ところが、Lシティを目指すバンたちのもとに、エジプトでLBXが暴走しているという緊急連絡が入る。

エジプトのカイルに到着したヒロたちは、そこで暴走LBXが街中を襲う惨状を目の当たりにする。オタクロスによる司令コンピューターの特定作業が難航するなか、ヒロたちは暴走LBXの阻止に向かうのだが…。

カイルのLBXを暴走させる司令コンピューターの場所をヒロたちは突き止めたが、スレイブ・プレイヤーにされたゴジョーが襲いかかってきた。攻防のなか、ヒロの脳裏をよぎるのはLBXの暴走に怯える少女の姿だった。

オメガダインを後にしたバンたちが乗り込んだリニアで、拓也のPCに正体不明のLBXが活動している反応が現れた。ユウヤから強盗団「ワイルドバッヂ」の話を聞いたバンとジン、そしてユウヤは確認すべく向かう。

ディテクターによるA国大統領暗殺計画は、LBX世界大会アルテミスに暗殺者を潜り込ませ、LBXを使って実行に移される可能性が高いことが判明。バンはジン、ユウヤと共にアルテミスへの出場を決意する。

アングラテキサス8試合目まで勝ち進んだランは、ランチャーを持つ相手にリュウビの剣と盾を使いこなせずに苦戦。結局いつもの接近戦で勝利を収めたランだが、ユウヤはオタクロスのルールを守るよう詰め寄る。

ついにアングラテキサス決勝を迎えた。ヒロとジェシカ、前回優勝のビリーで争われる決勝のルールはバトルロワイヤル。バンからあることを教えてもらったヒロは、ペルセウスとの絆を強め決勝の舞台へと向かう。

アングラテキサスに優勝し、LBX世界大会「アルテミス」の出場権を手にしたヒロは、バンたちと共にアロハロア島へと向かう。そしてアロハロア島に降り立ったバンたちを出迎えたのは郷田と仙道だった。

暗殺者を特定すべくアルテミスの会場を捜索するバンたちだが、暗殺者が発信すると思われる特殊な電波を一向に探知することができない。演説が行われる平和記念公園には大統領が到着し、拓也と八神は警戒を強める。

謎の電波の発信が特定され、バンとヒロは意を決してLBXを海中へとダイブさせた。そこへ正体不明のLBXが出現。そしてオタクロスの解析により、このLBXが大統領暗殺計画に大きく関係していることが判明した。

大統領暗殺計画を阻止し、ジャッカルを確保したバンたちはアルテミスに集中する。そしてバンとヒロがエントリーされているEブロック予選が始まり、2人は決勝での対戦を固く誓い、互いのフィールドへと向かう。

LBX世界大会アルテミスのファイナルステージ進出チームが決定。古城アスカや郷田・仙道チーム、バンとヒロのチームなどの計6チームだ。ファイナルステージは、各チームの代表者によるバトルロワイヤル形式となる。

LBX世界大会アルテミスは古城アスカが優勝し、NICS本部でLBXのメンテナンスをするバンたちに拓也から招集がかかる。それはディテクターへの対策会議で、事件を振り返るメンバーたちはある結論に達する。

オタクロスによる特訓の成果を感じていたバンたちに、イギリス・ブリントンへ行くよう指令が入る。またもLBXの反乱かとメンバー全員に緊張が走るが、その内容は予想に反しLBXを強化するとのことで…。

バンたちより先にブリタニア時計台に到着したヒロ、ユウヤ、ジェシカの前にキリトが現れ、ペルセウスとジャンヌDはブレイクオーバーされた。そしてユウヤのリュウビを、キリトのハカイオー・キリトカスタムが襲う。

ブリントンでのブレインジャックを阻止したバンたちの前に次なる敵が出現。山野博士の研究所があるビルニッジ天文台に無数のLBXが姿を現し、またしてもブレインジャックかとメンバーに緊張が走る。

キラードロイドを撃破したバンたちは、パワーアップしたLBXで模擬バトルを行い、以前より性能が向上したことに興奮を隠せない。しかしバン、ヒロ、ランによるΣオービスが、ジンたちの連携攻撃に敗れてしまう。

模擬バトルの再戦での勝利に手応えを感じたヒロは、LBX大会「BCエクストラス」への出場を決めるが、この大会は2人１組での「コスプレ」が条件。愕然とするメンバーの中でユウヤだけは出場に前向きだった。

ユウヤとアリスの「地獄の復讐軍団チーム」が勝ち進んだLBX大会「BCエクストラス」Bブロック決勝。ユウヤたちの前に現れた謎の覆面チームの正体は驚きの人物で、ユウヤは意外な質問をされて返答に窮する。

LBX大会「BCエクストラス」でのユウヤの優勝に沸くバンたちのもとに、LBXが暴走しているとの連絡が入る。その場所へダックシャトルで向かったバンたちが目にしたのは、LBXが暴れたせいで無人と化した街だった。

キャンベルンのLBX暴走を制圧すべく、バンたちは司令コンピューターである飛行船へと乗り込んだ。そして、それぞれペアとなって分かれたメンバーの前に現れたスレイブ・プレイヤーは、かつての仲間たちだった。

山野博士によりオメガダインのたくらみが暴かれ、水中ミュージアムの地下では強力なミサイルが生産されていたことが判明した。一刻を争う状況のなか、オメガダインの悪事を暴く調査が始まり、やがてある情報を掴む。

フューチャーホープ号へライディングソーサで一気に攻めこむバンたちは、敵LBXを見事な空中戦で次々と撃破。ダックシャトルを接舷させることに成功したバンたちは、山野博士を先頭にタンカー内部へと潜入する。

フューチャーホープ号の船内を探索するバンたちの前に現れたのは、なんとレックスだった。かつて世界国家首脳会議を狙ったテロで、サターンと共に自爆したと思われたレックスの姿を見てバンたちは言葉を失う。

フューチャーホープ号を制圧したバンたちはヒロの母の協力でパラダイスを停止させる。その時またもヒロの脳裏に風景がよぎる。それはA国大統領・クラウディアとカイオス長官が爆発に巻き込まれている姿だった。

A国大統領・クラウディアとカイオス長官の救出に向かうため、ダックシャトルは宇宙衛星管理センターの周辺に着陸した。バンたちはセンターのある国防基地までのルートを確認し、直ちに出発する。

バンたちはA国のLBX実験部隊「ファイアースウィーツ」の隊長・ジャック・ジェラートとのLBXバトルに突入。ジェラートのLBX「プロト・I」の高次元多関節機構による、これまで見たこともない攻撃に苦戦する。

パラダイスの再起動をたくらんで宇宙に飛び立ったガーダインとDr.マミー。あと一歩のところでガーダインたちを取り逃がしてしまったバンたちだが、NICS本部で直ちに宇宙へ行くための準備を始める。

宇宙へ向けて打ち上げられ、無事に衛星軌道に乗ったダックシャトル。NICS本部へのレーザー攻撃のタイムリミットが迫るなか、メンバーたちは気を引き締める。そして、無数の敵LBXがダックシャトルへ接近してきた。

バンたちはダックシャトルでのパラダイス侵入に成功。ディテクターに成り済ましたガーダインたちの次の標的、NICSへのレーザー攻撃の時間までわずかとなり、バンたちはコントロールルームの場所を突き止めたが…。

パラダイスのコントロールルームへとたどり着いたバンたちを、ガーダインとDr.マミーが待ち受けていた。レーザーのエネルギー充填は90％まで完了し、ガーダインはNICSともども大統領を抹殺するつもりだった。

Dr.マミーとしてガーダインを利用し、兄・檜山蓮の遺志を成し遂げようとする檜山真実が、レックスのCCMを手にゼウスと共にバンたちの前に立ちはだかった。迎え撃つバンたちだが、ゼウスの圧倒的な力に撃退される。

暴走したアダムとイブが操るゼウスはキラードロイド・ペガサスと合体し、ゼウス・デストロイモードとなる。攻撃パターンが読まれ、イカロス・ゼロとイカロス・フォースの攻撃では太刀打ちできず、バンとヒロは焦る。

ディテクターの宣戦布告に端を発し、A国副大統領のガーダインやレックスの妹・檜山真美の野望阻止に至った宇宙軍事基地・パラダイスをめぐる一大事件。その激闘をバン、ヒロ、ランが、オタクロスと共に振り返る。

バンたちはガーダイン、そして檜山真実の陰謀を阻止した。一方、A国大統領・クラウディアは、パラダイスの破棄を国民に宣言する。無事に地球へと帰還したバンたちが見守るなか、パラダイスは爆破された。

正体不明の黒いLBXを追うバンたちの前に、ミゼルと名乗る謎の少年が現れるが、彼は突如その場から姿を消し、残された黒いLBX「ベクター」がバンたちを襲撃。バンたちはベクターの圧倒的なパワーに手こずる。

NシティのLBX暴走鎮圧に向かったバンたちの前に巨大ロボット「ミゼルトラウザー」が出現。メンバーたちもその巨体に驚愕する。ミゼルが不敵な笑みを浮かべると、ミゼルトラウザーからベクターの大軍が放たれた。

世界中でゴーストジャックを起こすミゼルに対抗すべく、山野博士は究極のプロトタイプLBX「AX-000」の可能性を明らかにする。AX-000は、かつてイノベーターに誘拐された山野博士が研究所でひそかに設計したものだ。

AX-000の設計データを取り戻すため、山野博士、八神、バン、ジン、カズ、アミの6人はイノベーター研究所へと向かう。研究所を占拠しているミゼルに気づかれないよう、メンバーたちは緊急脱出用の通路を進むが…。

ベクターによりタイニーオービット社のシステムは全て乗っ取られてしまっていた。建物内に残っているのは拓也と紗枝、そして里奈と結城の4人で、ベクターの目的に気づいた拓也は、全ての電源を遮断する決断を下す。

バンたちはベクターの襲撃からタイニーオービット社を守った。山野博士によるAX-000の開発が進められるなか、ある問題が発生。解決するには、中国で採掘されているというあるレアメタルが必要だった。

山野博士をはじめ、LBXに関する最高の開発メンバーにより、AX-000の開発が始まった。AX-000が完成するまでの24時間、トキオシティの状況調査を拓也から指示されたバンは、ヒロと共に街を見て回る。

AX-000の開発が進むなか、タイニーオービット社はベクターの襲撃を受けた。次々と防御壁を突き破り研究室へと近づくベクター。山野博士ら開発スタッフは、ベクターの脅威にさらされながら急ピッチで作業を進める。

ミゼルはバンたちから奪ったオーレギオンを操り、A国の軍事関連施設を次々と破壊。最強のLBXとして開発されたオーレギオンを止める唯一の手段は、これまでの経験を活かした最強のLBXを作ることだが…。

ヴァーチャルLBXのΣオービスに苦戦を強いられるバンたち。その間にも、ベクターはインフィニティーネット内にセト50の仮想弾頭を準備。世界中から送られてくるLBXデータがミゼルに奪われる危機が近づいていた。

ミゼルの正体はアダムとイブが生んだウイルスプログラムだった。科学者としての探究心からアダムとイブを生み出した遥は、この事実にショックを隠し切れない。その時、ミゼルの姿がみるみる変貌し始める。

ミゼルの次の攻撃目標であるトキオシティ沖で、郷田と仙道たちはゴーストジャックされた敵LBXと攻防戦を展開。一方、タイニーオービット社では、ミゼルに奪われたオーレギオンと戦うための新LBXの開発を急いでいた。

オーディーンMk-2、アキレスD9はバンとヒロにそれぞれ託され、新たな機体を使いこなすべく2機の模擬戦による特訓を開始。2機のパワーに振り回され、自らの力不足を知ったバンとヒロは必死で特訓を続ける。

ミゼルトラウザーを封じ込めるべく霧島によって提案されたエネルギーフィールド「グランドスフィア」だが、その形成には1万体ものLBXが必要だった。バンは、メンバーと共に世界中のLBXプレイヤーに協力を要請する。

ダックシャトル改のコントロールポッドが使えなくなり、バン、ヒロ、ランの3人はミゼルトラウザーへ直接乗り込む。全人類の希望を彼ら3人に託し、メンバーと各国のLBXプレイヤーはグランドスフィアを必死で守る。