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昭和12年秋、陸軍内部の強い反対の中、スパイ養成を目的に設立されたD機関。ある日、参謀本部の武藤大佐よりD機関に対し、親日家で通るアメリカ人、ジョン・ゴードンへのスパイ容疑を調査せよとの命が下る。

ゴードン邸を捜索する佐久間たちだが、スパイ行為の証拠をどうしても見つけることができない。そんな中、捜索は2度目だとゴードンが口走ったことから、佐久間はこの任務が武藤によって仕組まれたものだと知る。

何も思い出せない…。目覚めると、全ての記憶を失っていた。パスポートには「島野亮祐」の名前。入国地はマルセイユ。彼は謎の男・アランたちによって、現在のフランスがドイツ軍に占領されていることを知る。

上海派遣憲兵隊に配属された本間英司軍曹は、着任早々、及川政幸大尉に呼び出される。及川から憲兵隊内部に潜む敵の内通者を捜査せよという命令を受けた本間だったが、任務の最中、爆発音が響き渡り…。

ロンドンで写真店を営んでいた伊沢和夫は、ある日突然、スパイ容疑で拘束されてしまう。執拗な尋問に耐える伊沢の前に現れたのは、英国諜報機関のスパイ・マスターであるハワード・マークス中佐だった…。

“協力者”モロゾフから機密情報を手渡したいという緊急連絡を受け、D機関員の瀬戸礼二は満鉄の超特急あじあに乗車していた。情報の受け渡しをしようと接触を図る瀬戸だったが、モロゾフはすでに殺されており…。

サンフランシスコから日本へ向かう豪華客船・朱鷺丸。そのデッキ上でクロスワードパズルに興じていた内海脩の元に、ジェフリー・モーガンと名乗る男が現れる。その時、海上に目をやった人々の口から悲鳴が上がり…。

元外交官の白幡樹一郎に、陸軍の機密である統帥綱領を盗読したとの容疑がかけられる。秘密裏に真相を究明するため、蒲生次郎は白幡と旧知の間柄である英国領事、アーネスト・グラハムに接触するが…。

風戸中佐率いる生粋の陸軍軍人で組織された風機関がD機関の追い落としを謀り、スパイ容疑の掛かる白幅樹一郎を追っていた。そしてついに、白幡邸の書生・森島邦雄を通じて統帥綱領の受け渡しの日時が知らされる。

英国タイムズ紙極東派遣員のアーロン・プライスは、D機関の創設者と噂される結城中佐の正体を暴かんと調査を進めていた。陸軍幼年学校の名簿を調べるプライスは、ある生徒に目をとめる。その名は有崎晃…。

ドイツ国防軍諜報機関・アプヴェアのヘルマン・ヴォルフ大佐は、副官のヨハン・バウアー中尉と共に列車事故の調査に赴く。彼らは事故に関係すると見られた男の持ち物から、あるスパイ道具を見つけだし…。

ベルリン・アルゲマイネ社の記者、カール・シュナイダーにドイツとソ連の二重スパイの疑いがかけられる。しかし、突如シュナイダーは謎の死を遂げ、結城中佐の指令を受けた機関員たちは各自調査に乗りだすが…。