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関ヶ原の戦いが始まる約1年前の信州国境。放浪中の伊賀忍者・霧隠才蔵は、刺客に追われる巫女・伊佐那海と出会い、面倒なことに関わりたくないと去ろうとするが、襲いかかる刺客を嫌々ながらも鮮やかに瞬殺する。

伊佐那海のペースに乗せられてしまい、才蔵は不本意ながらも幸村に仕えることとなった。上田城で豊作祝いの祭りが開かれる日、ひとり森へ逃げてきた才蔵は、幼馴染みの金髪美女・アナスタシアと再会する。

幸村の命によって才蔵と伊佐那海は出雲へと赴く。同行する幸村の家臣・筧十蔵の調べによると、出雲大社を襲った徳川は何かを探していたが見つからず、唯一の生き残りである伊佐那海を追っているようだった。

才蔵、伊佐那海、筧の3人は出雲大社に到着し、才蔵と筧はその無残な姿に眉をひそめる。美しかった社は徳川により焼き尽くされていた。こうまでして徳川が手に入れたい物は何なのか、探ろうにもなす術がなかった。

出雲大社に現れた伊達政宗に伊佐那海をさらわれてしまった才蔵たちだが、服部半蔵との戦いで重傷を負っていたため後を追うことができない。手紙で事情を知った幸村は、佐助とアナを伊達の根城・奥州に向かわせる。

幸村は日頃の労をねぎらい、勇士たちを上田領内の秘湯に招いた。温泉宿場町を才蔵が歩いていると突然飯屋の壁が破れ、筧が吹っ飛ばされてくる。無銭飲食の僧を注意したところ、暴れだして手がつけられないらしい。

徳川家康が催す茶会へ招かれた幸村は、才蔵、伊佐那海、六郎を伴い京へと旅立つ。一行は途中の宿場で出会った少年から、この先の街道が土砂崩れで通れないので峠を越えていくよう助言されるが…。

茶会で恥をかかされ激怒した家康は幸村捕獲を政宗に命じ、幸村一行は次々と迫る家康の追手をかわしつつ進む。幸村の命で才蔵と鎌之介が索敵すると、先々の街道はふさがれており、行く手には琵琶湖があるのみだった。

ついに10人の勇士が集結し、才蔵たちは伊達政宗の追撃をかわして上田に戻った。十勇士の揃い踏みを前に不敵に微笑む幸村の表情に、才蔵は何かが動きだす予兆を感じ、夜になるとひそかに幸村の寝所を訪ねるが…。

アナが裏切り、衝撃が走る勇士たち。伊佐那海が殺戮の女神・イザナミノミコトだと幸村は才蔵に語り、それを聞いてしまった伊佐那海は城を飛び出す。その夜更け、服部半蔵率いる「異形五人衆」が上田城近くに集う。

伊賀異形五人衆が動きだした。伊佐那海は才蔵と半蔵の血で血を洗う戦いを目の当たりにし、心の中にかつてなく深い闇が広がっていく。その悲しみが闇の力を引き出すと考えた半蔵は、伊佐那海を責め立てた。

勇士たちは異形五人衆との闘いで瀕死の傷を負った。悲しみが頂点に達した伊佐那海はついに奇魂を外すが、その瞬間、どす黒い闇に包まれる。これはイザナミノミコトの覚醒で、闇はみるみる地上を覆い尽くしていく。