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生きることに絶望していた少年・架橋明日は、中学校卒業の日に自ら死を選ぶ。その時、天使・ナッセが突如現れ、明日の命を救う。さらに明日に翼と矢を授けると、明日は少しずつ生きる希望を持てるようになる。

明日は自分が「神候補」に選ばれたことをナッセに報告。13人の神候補の中からたった1人だけが、次の代の新たな神に選ばれるとあって、明日は幸せに生きるための一歩を踏み出そうとする。しかし、事件が起こる。

高校生となった明日は入学式当日、幼馴染みの少女・花籠咲に、キューピットの矢である「赤の矢」を刺されてしまう。天使ルベルの策略にはまった明日は、咲を守るためなら、命を懸けるという状態になる。

メトロポリマンはテレビ中継を通じて、ほかの神候補たちに呼びかけ、話し合いで次の神を決めようと言う。しかし、現れた神候補・メトロブルーとメトロイエローは、メトロポリマンを信じず、戦いが勃発する。

明日と咲は、圧倒的な力を持つ策略家・メトロポリマンを相手に2人だけで戦いを挑めるとは思えないと無力感に襲われていた。そんな明日と咲の前に神候補・六階堂七斗が現れ、共闘関係を結ぶことを提案する。

連続女子中学生殺人犯・少女Aが、収監先から脱走した。メトロポリマンがほかの神候補を誘い出すため、翼と矢を与えて脱走させたのだと、明日たちはにらむ。やがて最初の犠牲者が発見され、事態は悪化していく。

明日と六階堂が翼で駆けつけると、グランタワーには邪悪なわなが仕掛けられていた。そして、立ち込める爆煙の中から、宿敵メトロポリマンが現れる。メトロポリマンは明日を侮っていたが、明日は予想外の行動に出る。

グランタワーでの初の直接対決は、明日たちにさまざまな思いを抱かせていた。戦いに1人だけ参加できなかった咲は明日に「私を殺して」と訴える。平凡で心優しい少女・咲が、神候補に選ばれた真相を知った明日は…。

翼と矢のほかに刀を武器として使う新たな神候補・底谷一が明日たちにわなを仕掛けてきた。今まで悲惨な人生を歩んできたハジメは、自分とは正反対のメトロポリマンこと奏を崇拝し、しもべとなることを望んでいた。

ハジメによって人質にされた妻と娘を助けたい六階堂だったが、わなに閉じ込められてしまう。一方、赤の矢しか持たない咲は、戦力にならないと家に1人残されていた。それでも咲は明日たちを助けようとして…。

ルベルが1級天使に昇格し、翼を得た咲は、ハジメに赤の矢を刺すことに成功。赤の矢の力で初めて愛を知ったハジメは、激しい葛藤の末にある答えを出す。一方、奏もとっておきの切り札を隠し持っていて…。

奏の部下の1人で殺人ウイルスの研究者・冬子は、「殺人ウイルスをばらまいて無差別テロを行う」と明日たちを脅迫。「テロを防ぎたければ、明日たちが新薬の実験台になれ」と要求してきた。明日が指名され…。

遊園地廃墟で、明日の「赤の矢」と奏の「白の矢」の一騎討ちが始まる。死力を尽くした緊迫の攻防が繰り広げられる中、奏の秘められた想いが徐々に明らかになる。奏は自分の「理想の世界」について語り始め…。