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エース・上杉達也を擁し甲子園初出場初優勝を果たしてから約30年。明青学園野球部は低迷し、部に所属する血のつながらない兄弟・投馬と走一郎はもやもやした気持ちでいた。そこへ、2人の妹・音美が入学してくる。

投馬の父親と走一郎・音美の母親が再婚して三人はきょうだいになった。明青学園野球部でバッテリーとして活躍することを夢見る投馬と走一郎だが、監督の黒柳は大親友であるOB会長の息子の二階堂をエースにして…。

投馬と走一郎の活躍でかろうじて地区大会を勝ち進んでいく野球部。これでエースが変わればいいチームになりそうだが、それでも監督の考えは変わらない。抗議した夏野は、不満なら退部届を出せと言われる始末で…。

なんのかんので勝ち進み、20年ぶりに都大会出場を果たした投馬と走一郎。だが、その前には期末テストが立ちはだかる。駒から音美とのデートを懸けた戦いを挑まれた投馬は、全力でテストに挑む。

西村にホームランを打たれながらも必死に守る投馬と走一郎。5回を終わってかろうじて同点で踏みとどまっていた。しかし、一級品のカーブを決め球に持つ相手エース・西村の前に、打線は全く歯が立たない。

今川キャプテンに誘われて病院に向かう投馬と走一郎。入院していたのは、二階堂だった。初めて明かされる二階堂の秘密。そして、全てを知っていた黒柳監督は、何も言わずに明青学園を去って行く。

明青学園高等部に進学し、甲子園への道を歩み始めた投馬と走一郎。厳しい練習を終えて帰宅すると、新監督の大山が遊びに来ていた。何も知らない投馬が洗面所の扉を開けると、着替えている最中の春夏と遭遇し…。

突然の大雨でファミレスに避難した走一郎は、音美をライバル視する三田亜里沙と遭遇し、その兄・浩樹が昨年の甲子園ベスト8の東秀高校のエースだと知る。その後、東秀高校が明青学園に練習試合を申し込んでくる。

甲子園ベスト8の東秀高校エース・三田の前に手も足も出ない明青学園。音美に対抗心を燃やす三田の妹・亜里沙は、兄の圧倒的な実力を自慢し、音美はさすがに内心穏やかではない。その時、夏野があることに気づく。

西村、駒、夏野、亜里沙、赤井と賑やかな音美の周囲。一方、走一郎と南郷は、春夏のバイトするラーメン屋の常連になっていた。そんな時、投馬は春夏から手紙をもらう。そこにはあるお願いが書かれており…。

道に迷った投馬と春夏を助けたのは、偶然通りかかった勢南高校野球部のバスだった。西村監督に2人の関係を問われた春夏は、幼馴染みだと答えるが、幼い頃の記憶がない投馬は否定。春夏は勢南に対して宣戦布告し…。

音美のクラスメイト・赤井の家の前を通りかかった投馬は、健丈高校野球部に所属する赤井の兄・智仁と出会う。健丈高校はかつて明青学園と甲子園出場を争った須見工が名を変えた学校だが、明青と同じく低迷していた。

夏の甲子園・地方大会が開幕。一回戦の相手は、なんと元・須見工の健丈高校。名門復活に向けて取り組んできた健丈高校は、音美のクラスメイト・赤井の兄を中心とした強力打線と機動力のチームとなっていた。

明青学園VS健丈高校の一回戦は緊迫した投手戦に。授業中の音美が球場にいる夏野に電話すると、ちょうど打席には投馬が立っていた。音美の声援を背にバットを振る投馬。打球はまさかの先制ホームランになるが…。

健丈高校の四番・赤井に逆転のホームランを打たれてしまった投馬。そのまま試合は終盤戦に突入。一点を追う八回の裏、明青学園の攻撃は一番からの好打順だったが、あっという間にツーアウトを取られてしまう。

健丈高校との試合が終わって日常に戻った明青学園。中等部では相変わらず三田亜里沙が音美に対抗意識を燃やしていた。しかし、どうやら亜里沙が好意を寄せる赤井の視線は音美に向けられているようで…。

シード校のライバルたちが続々登場し、甲子園への道は厳しさを増していくが、一歩も引くつもりがない投馬。明青学園の二回戦の相手は、30年前に全国制覇した当時のチームに、とある因縁のある三光学院だった。

立花兄弟のど派手な活躍で世間の注目を集める明青学園。だが春夏は、このまま勝ち進んだらエースの投馬1人に大きな負担がかかることに不安を感じていた。しかし監督の大山はそこまで考えていないようで…。

野球部が世間からの注目を浴びるなかでもマイペースな投馬。ノーヒットノーランを達成した次の試合では、今一つ調子が上がらずにいた。それでも春夏のアドバイスと走一郎のリードでなんとか相手を抑えるが…。

東東京大会ベスト8に進出した明青学園野球部。ついに見えてきた甲子園と、ますます盛り上がっていく周囲と世間の期待。しかし、初戦から4連投の投馬の体には、無視できないほどの疲労がたまっていた。

投馬を温存した明青学園は、強豪・海旺西を相手に何とか粘って食らいつく。しかし徐々に点差は広がり、気がつけば相手に大きくリードを許していた。そして投馬がマウンドに登らないまま試合は九回裏を迎える。

ついに始まった東東京大会・準決勝。この大会を通じてここまで失点0の東秀のエース・三田に挑む明青学園。一度対戦した経験をもとに万全の対策を立てて挑んだはずだったが、あっという間に三者連続三振をくらう。

接戦となった明青と東秀の準決勝。圧倒的不利と思われた明青学園だが、投馬の快投で両校無得点のまま試合が進む。そして迎えた六回裏、この日初めての投馬の失投をバッター・三田に打たれ、二塁打にされてしまう。

両校無得点のまま接戦が続く明青学園と東秀高校の準決勝。延長戦に入りさらに凄みが増す東秀の超高校級左腕・三田。対して試合中に急速に進化を遂げる投馬。いつの間にか投馬のフォームは理想な投げ方になっていた。