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異星起源種・BETAの侵略を受けている1983年の東ドイツ。テオドール・エーベルバッハは「東ドイツ最強」といわれる第666戦術機中隊「黒の宣告」に所属し、孤独な戦いを続けていた。そんな折、彼はある少女と出会う。

テオドールは救出した少女、カティア・ヴァルトハイムに東ドイツの現実を突きつける。カティアはそんな彼に、ある目的があって東ドイツに来たのだと告げた。テオドールは理解し難いカティアの行動に戸惑うが…。

テオドールはカティアを信頼できないまま出撃。結果として、カティアと副隊長・ファムがノイェンハーゲン要塞陣地に取り残された。「生き残るための行動だ、間違ってはいない」とテオドールは自分に言い聞かせる。

悪夢のようなノイェンハーゲン要塞防衛戦から帰投した第666戦術機中隊に、補充衛士が送られてくる。それは行方不明だったテオドールの義妹、リィズ・ホーエンシュタインであり、中隊はこの不自然な再会を警戒する。

テオドールは義妹・リィズへの疑念を抱いたまま海王星作戦に参加。本来は敵同士である東西両陣営を結集した作戦は混迷を極めていた。第666中隊は、味方の協力を得られぬまま、決死の光線級吶喊を開始するが…。

海王星作戦で得たものは大きく、また失ったものも大きい。しかしテオドールは、カティアとアイリスディーナの夢のかけらを確かに目撃した。そして、帰途に就いた第666戦術機中隊に再び国家保安省の魔手が伸びる。

東ドイツ戦史上、最大級のBETA侵攻が始まる。重光線級の出現により防衛線は切り刻まれていき、国家人民軍は窮地に追い込まれる。奮闘を見せる第666中隊だったが、しょせん敵に通用することではなかった。

国家保安省による東ドイツ支配が進行し、長官のエーリヒ・シュミットは東ドイツ総帥の地位を手に入れる。全てを失ったテオドールはカティアと共に山中を彷徨うが、後悔にとらわれて前に進むことができなくなる。

西方総軍と合流したテオドールとカティアの前に、権力争いに敗れた国家保安省ベルリン派のアクスマンが現れる。テオドールは敵であるアクスマンと協力して反攻作戦を開始。そこへ最狂の敵が立ちふさがる。

エーリヒ・シュミットが主導する新国家体制は着々と構築されつつあった。劣勢に立たされる革命軍に西ドイツから特使が派遣される。西側と連携できれば勝機があるかもしれない、と革命軍はわずかな希望に沸き返った。

血にまみれた自身の手に「なぜ、こうなったのか」とテオドールは自問し、時間を巻き戻すことはできないならば流血の連鎖は俺が断ち切る、と決意。ついに、ベルリンを舞台に第666中隊と人狼大隊の決戦が始まった。

ベアトリクス・ブレーメ率いる人狼大隊の手によって革命軍は次々と撃破される。テオドールは、散っていく仲間の思いを受け継いで戦い続けるが、人類同士の争いをよそにBETAは最終防衛線を突破した。