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夏休み、15人の少年少女は洞窟でココペリと出会い、地球を襲う15体の敵を、巨大ロボットを操って倒すゲームに参加する契約を交わした。これは夢かと訝っていたその帰路、黒い巨大なシルエットが現れる。

前夜の戦いは地震として報道された。大人には内緒にすると決めた子供たちの前に謎の生物・コエムシが現れ、契約の解除は不可能である事実を告げる。次のパイロットに選ばれたワクは意気込むが…。

ワクが海に転落した翌日、警察の取り調べを受ける子供たち。事件との関係を隠し通そうと、口裏を合わせていたが、コモだけは自分たちがあのロボットを操縦していた、と刑事に打ち明ける。また、ワクの葬儀が始まる。

2人目のパイロットはコダマに決定した。彼は尊敬する父親のような「選ばれた人間」になりたいと、被害を省みることなく、縦横無尽にジアースを操った。だがその結果、思わぬ不幸を招いてしまう。

戦いに勝った直後、コダマは死んだ。パイロットは生命力を消費して必ず死ぬというコエムシ。子供たちは愕然とするが、残された時間はあまりない。自宅に戻ったカコはチズをデートに誘うことにした。

次のパイロットに選ばれたカコは恐怖のあまり逃げ出す。チズは、彼を見つけて声をかけるが、その耳には何も届かない。それどころか、パニック状態のカコはチズを強引に自分のものにしようとする。

中学校の教師・畑飼はチズの気持ちをわかってくれた、初めての大人だ。彼に惹かれていく彼女は、とうとう教師と生徒という一線を越えてしまう。幸せを感じるチズだが、その幸せも長く続かなかった。

ある人物へとジアースを動かすチズ。その目的は復讐だった。自分と姉をもてあそんだ畑飼を殺そうとしていたのだ。ジアースでいよいよ畑飼にとどめを刺そうとした時、思いも寄らない人物がチズの前に立ちはだかる。

ダイチは両親不在の家庭で、バイトをしながら幼い妹たちを養っている。彼は操縦者に選ばれたことで、いつ終わるとも知れない妹たちとの暮らしを大切にしていた。ダイチは妹たちと遊園地に行く約束をしていたが…。

母に対して少なからず負い目を抱いていたナカマ。パイロットとなった彼女はあるものを作るため、そして、自分の納得のため、かつての母と同じことをしようとする。そこで彼女はあるものを見いだす。

モジは幼馴染みのナギやツバサと一緒に孤児院で育った。彼がツバサを意識し始めた頃、ナギが心臓の難病を発症した。モジは必ず死ぬ運命にある自分の心臓を、ナギに移植したいとコエムシに願い出る。

もうすぐ弟が産まれるマキ。養子である彼女は、新しい家族の未来を守るために決意を固めた。しかしその一方では、両親と弟の4人の暮らしを少しでも続けたいと願っていた。マキは厳しい状況のなかで…。

この地球は自分たちものでは決してない。平行世界の地球同士が互いの生き残りを懸け、同じ条件で戦っているのだ。新しい家族の未来を守ろうとするマキは敵の急所を掴み出し、中を覗いてみると…。

ジアースをめぐって、大人たちの策謀が渦巻く。子供たちを助けるという名目のもとに、ハッキングチップを埋め込もうというのだ。その一方で子供たちは、誰が未契約者なのかと揉め始めるのだが…。

「この地球は守るに値するのか」と、キリエは疑問を抱いていた。また、パイロットとなって敵と対峙することになったキリエだが、全く動こうとはしなかった。すると、敵が思いも寄らぬ動きを見せ始める。

前回の敵は自滅した。キリエは死ぬことなく、迷いながらも答えを見いだそうとする。母のいるこの地球を守ろうと、鮮やかに敵を撃破する。そして戦闘終了後、彼は未契約者の名を告げるのだが…。

ニュースキャスターの父が、ジアースの特番を放送して問題解決の糸口を見つけてくれると信じるアンコ。だが、スキャンダルが発覚して特番は中止となった。彼女は父に母を頼み、自分は戦う覚悟を決める。

コモは次のパイロットに選ばれたが、家族のために気丈に振る舞っていた。父・古茂田議員はジアースについて知りうる全てを国民に公表する。腹をくくった父と、戦う決意をした娘に、今生の別れが訪れる。

コモの父・古茂田議員は暗殺され、護衛役の美純も命を落とした。保はウシロを連れ出して昔話を語って聞かせる。それは自分が世話になった親分・蓮木一郎と、彼が一目惚れをしたある少女のことだった。

カンジは宇宙の支配者のようなイメージを抱かせる敵の強大さに絶望する。また、これまで沈黙を貫いていたマチが現れ、後にコエムシとなる兄・史郎と自分がこの星に来た経緯について語り始める。

カンジは最後の願いを保に託すことにした。その願いとは母・吉川教授を殺してくれというものだった。すれ違いながらも、母は子を見守り、子は母を守るために命を懸けた。ジアースは敵の急所を潰すが…。

ウシロはカナを父のもとへ返すことを決める、また、その道程にマチも誘うことにした。ウシロ、カナ、マチが電車に揺られていると、ウシロは自分の幼かった頃の話をゆっくりと、少しずつ始めるのだった。

ウシロの「カナを助けたい」という強い願いを聞いたマチは、ある決意を固めた。また、コエムシはカナをパイロットにしようとしていた。そんななか、マチは思いがけない行動に打って出るのだが…。

自分たち15人が始めた戦いを、自らの手で終わらせるために、ウシロは最後のパイロットに名乗り出た。ようやく素直になれた彼の前に、最後の敵が出現。敵ロボットの顔にともる光の数はわずかにひとつだった。