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女子高生ながらミカゲ社の神様になった奈々生のもとに、乙比古が訪ねてくる。全国の神々が出雲に集まって会議を開く『神議り』の召喚状を持ってやってきたのだ。

乙比古の試験をクリアした奈々生は、式神の護と一緒に出雲に行く飛行機のチケットを買いに行く。帰り道、護が奈々生に向けられた強い殺気を感じ取り、人気のない公園に逃げ込むふたり。

神議りの主宰神の大国主から、黄泉への入り口「黄泉比良坂」へ偵察に行って欲しいと言われる奈々生。警備が手薄になる神議りの時期を狙って、妖怪が境界を壊そうとしているらしい。

霧仁と一緒に黄泉の国に落ちてしまった奈々生は、黄泉国主祭神のイザナミから宮殿に招待される。イザナミは奈々生に黄泉の国を出るように言うが…。

巴衛の助けにより、黄泉の国から無事に脱出した奈々生と霧仁。しかし、打出の小槌で妖怪に戻った巴衛は、大国主によって牢に幽閉されてしまった。

神議りの宴の席で、捜していたミカゲに会うことができた奈々生。しかし、思惑があるミカゲは、巴衛とは会わずに姿を消してしまった。

鞍馬山からやってきた牡丹丸が捜していた真寿郎とは、鞍馬のことだった。鞍馬の父である三代目僧正坊が病に倒れ、今は四代目候補である二郎が御山を仕切っているという。

天狗の里の中心に立っている霊木の万年桜は、僧正坊が病に倒れてから枯れてしまっていたが、奈々生が白札で一時蘇らせることができた。

本家道場のどこかにいる僧正坊に桃丹を届けるため、奈々生は天狗の変装をして護と牡丹丸と共に潜入するが、二郎の結界のせいで僧正坊を見つけることができない。

退魔結界で二郎の結界を解いた奈々生。夜鳥によって奪われ隠された僧正坊の御魂を、白札を使って探すが、白札が指した方向は行き止まりの壁であった。

一年の実りをもたらすという年神の所へ、新しい札をもらいに行く奈々生と巴衛と瑞希。年神の社の入り口には、十二鳥居というそれぞれ名前の書かれた鳥居が立っている。

奈々生はミカゲ社の瘴気を払うことができず、土地神としての自信を失って出て行ってしまう。巴衛と瑞希が捜索する頃、奈々生はもう一度ミカゲ社へ。廃神社のようになったミカゲ社の土地を鎮めるため、舞を踊る。