Ｄｒ．ＳＴＯＮＥ　第２期【アニメ】の動画配信サービス比較と無料で全話視聴する方法

人類が石化して数千年。文明が滅びた石の世界(ストーンワールド)で目覚めた千空は、超人的な頭脳と科学の力でゼロから文明を作り出していく。やがて、彼は仲間と共に情報戦の最強武器・携帯電話を完成させる。

ストーンウォーズ開戦の火蓋が切られた。ケータイを司帝国に設置すべく、まずは司軍の監視役・ほむらの捕獲作戦を行う。千空は音爆弾でほむらを誘導し、科学のびっくりドッキリアイテム・閃光玉をさく裂させる。

ほむらを捕まえ、ついに科学王国と司帝国をつなぐホットラインが開通。千空は、司帝国にスパイとして潜入していた大樹、杠と電話越しに再会する。一方、クロムたちは弓使いの見張り役・羽京に見つかってしまい…。

千空とゲンの極秘作戦で、まずは司軍の監視役・ニッキーを仲間に引き入れる。リリアンのガチファン・ニッキーのスパルタ特訓により、さらに仲間を増やそうとたくらむ千空たち。だが、クロムが司軍に捕まり…。

大量の科学グッズを司帝国に運ぶため、自動車を作ると宣言した千空。蒸気機関を完成させ、竹製のタイヤを装着、科学の怪力モンスター・スチームゴリラ号が誕生する。千空は老人たちに勝利を誓い、司帝国へ出発する。

司軍との戦闘に備え、スチームゴリラ号を自動車から防御力最強の戦車へと大改造する千空たち。一方、司帝国に幽閉中のクロムは、助けを待たず自力での脱獄を企て、手掛かりとなりそうな材料集めを開始する。

科学の知識で牢屋番・陽を出し抜き、自力での脱獄を果たしたクロム。一方、ゲンたちはケータイを使った偽リリアン大作戦で仲間を増やしていく。だが、耳が異常に良い羽京にレコードの歌が偽物だとばれてしまい…。

大樹、杠とも合流を果たした千空たちは、ついに司帝国との最終決戦に臨む。奇跡の洞窟を攻め落とすために与えられた時間は、わずか20秒。無血開城をルールに、パワーアップしたスチームゴリラ号で一気に突撃する。

奇跡の洞窟を制圧した千空たちだったが、作戦に気づいた司と氷月の登場で形勢が逆転。切り札だった火薬作りの薬品も破壊され、2人の圧倒的な武力の前になすすべがない科学王国軍。それでもコハクたちは戦い続ける。

残された材料からダイナマイトを作り出し、司軍との戦いに勝利した科学王国。千空は、一時停戦を条件に、脳死状態の司の妹・未来を復活させると約束する。そして、司は命を吹き返した未来と、数千年ぶりに再会する。

突如反旗を翻した氷月の手により、重傷を負った司。それでも最後の力を振り絞り、千空との最強タッグで氷月を撃退し、長い戦いは終わりを告げる。千空は、今度こそ全員の力で一から科学王国を作り上げると宣言する。