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世界遺産に認定された熊野古道。玉倉山に建つ玉倉神社で育った鈴原泉水子は、外の世界をほとんど知らずに暮らしていた。中学3年生になった泉水子は、引っ込み思案な自分を変えたいと思い立ち、前髪を切る。

泉水子と深行は、東京の鳳城学園へ進学するよう雪政に言われ、落ち着かない日々を過ごしていた。東京への修学旅行が近づき、泉水子はその機会に東京にいる母親・紫子と会い、進学の件を断ってもらおうと考えた。

修学旅行が終わり、深行は自分の意志で進学先を決める。一方、泉水子は修学旅行を欠席したクラスメートの和宮さとるに土産を渡す。ところが、いつも穏やかで優しい和宮は思いがけないことを口にした。

泉水子は東京の鳳城学園に進学した。宗田真響という少女が寮のルームメートとなり、彼女の弟の真夏と同じクラスになる。入学式の日、心機一転して髪型を変えた真響を見て、泉水子も眼鏡を外してみることにした。

真夏は真響にけがを負わせた高柳一条と決着をつけようとし、同行した泉水子と深行は真響と真夏の弟・真澄を紹介される。泉水子は真響たちも「特別な存在」だと知り、彼らの強さを見習おうと心に決めた。

夏休みになり、実家へ帰る真響たちと共に長野を訪れた泉水子は、宗田家でのバーベキューパーティーを楽しんだ。戸隠での生徒会執行部の合宿にも参加し、そこで泉水子は学園内に複雑な対立関係があることを知る。

深行の山伏としての能力を試そうとする真響。危険を察知した泉水子は止めようとするが、自分が深行を巻き込んだからこうなったのだと落ち込む。そんな中、真夏の愛馬・タビが病気との知らせが入る。

姿を消してしまった真夏。真響は真澄が連れていったと考えるが、真相を聞こうにも1人では真澄を呼び出せない。悲しむ真響を助けたい泉水子は、姫神なら真澄を呼び出せるのではと思い立ち、深行に相談するが…。

学園祭の準備が始まった。「戦国学園祭」というテーマに沿って八王子城の攻防を模した合戦イベントが行われ、そこで学園トップを決める争いに決着をつけようとする高柳は、泉水子を自分たちの陣中へ来るよう誘う。

学園祭が始まり、泉水子と深行ら生徒会執行部のメンバーは全員黒子姿で学園内を巡回する。泉水子はクラスの模擬店などに立ち寄って楽しむが、心の中では姫神が突然現れた時のことが気に掛かっていた。

深行と真夏が夜の学園内を調べると、高柳の呪術が仕掛けられていた。真響と真夏は真澄を呼び出して協力を頼む。そして学園祭2日目。いよいよ真響は合戦ゲームで防衛軍の姫将軍となり、高柳との決着に臨む。

異変が生じる鳳城学園。通信機器も使えなくなったため、深行は泉水子が原因ではないかと思うが、すでに彼女は姿を消していた。泉水子は普通ではない自分に怯え、もう学園には戻れないと思ってしまう。