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ある日、三門市で異世界への“門（ゲート）”が開いた。その“門”から、後にネイバーと呼ばれる侵略者が現れ街を蹂躙、人々は恐怖に包まれた。

大型ネイバー出現を受けて駆けつけた三輪隊は、すでに何者かに撃破され、凄まじい有様になった残骸を目撃。三輪隊が困惑する一方、三雲修は自らネイバーを名乗る空閑遊真に振り回されていた。

基地内誘導装置がゲートの開く位置を基地周辺に限定しているにもかかわらず、警戒区域外の三雲修たちのいる学校にゲートが開き、戦闘用のトリオン兵が襲撃を開始する。

ネイバーである空閑遊真をかばうため、トリオン兵モールモッドを倒したのは三雲修ということになった。C級隊員である修は、訓練以外でのトリガー使用を認められていない。

市街地上空をゆっくり旋回しつつ爆弾を投下する、新種のトリオン兵イルガー。果敢にイルガーの大きな背中に乗りこむ木虎。

イレギュラーゲートの原因究明を指示された迅。修は自分の処遇を上層部にかけあってくれた迅の存在を心強く思いつつ、時間が無いミッションに不安を隠しきれずにいた。

修によると、千佳はネイバーを引き寄せる人間らしい。彼女は他人を巻き込みたくない思いが強く、これまで誰にも頼れずにいたのだ。

遊真を攻撃する三輪と米屋。スナイパー2人も加わり、遊真は4人と同時に戦うことになる。A級7位の部隊である三輪隊の攻撃は凄まじく、遊真が苦戦しているとみた修は、迅に連絡して助けを求める。

三輪隊を一人で撃破した遊真のブラックトリガーを巡って意見が割れるボーダー上層部。「そのネイバーを始末して、ブラックトリガーを回収しろ」と今度は迅にブラックトリガーの捕獲を命じる城戸司令。

ネイバーである遊真をボーダーに入れる、それも玉狛支部へ来ないかと誘う迅。遊真は修と千佳が一緒ならと、前向きな答えを返す。

異世界からこちら側に来た理由を明かした遊真。向こう側の世界に兄と友人を捜しに行くため、ボーダー入隊の意思を固めた千佳。遊真に隠された秘密と千佳の真意を知った修が取った行動とは…。

玉狛支部に加わった修、遊真、千佳は、遠征部隊に選ばれるためA級昇格を目指すことになった。しかし昇格のためには、ボーダー内部で行われるランク戦を勝ち抜かねばならない。

ブラックトリガーを持つ遊真と迅が手を握る…城戸司令は、玉狛支部に力が集まる事を危惧。遠征より帰還したボーダー本部の精鋭部隊に、遊真のブラックトリガー奪取を命じる。

太刀川率いるA級揃いの襲撃部隊と迅悠一の、戦いの火ぶたが切って落とされた！ 持久戦に持ち込もうとする迅。

迅のブラックトリガー・風刃がついにそのベールを脱いだ。太刀川、風間らとの戦いが苛烈を極める中、救援に駆けつけた嵐山隊と三輪隊の、チーム同士の戦いも激しさを増していく。勝利するのは…？

嵐山隊の救援もあり、迅悠一は太刀川率いるＡ級揃いの襲撃部隊を退けた。トップチーム潰走の報を受けたボーダー本部に緊張が走る。その時、会議室に迅が現れ、城戸司令にある取引を持ちかける。

遊真と千佳のボーダー正式入隊日がやってきた。付き添いをすると言ってやって来た修の緊張をよそに、遊真と千佳は周囲の注目を集める。

A級3位・風間蒼也との模擬戦に臨む修。圧倒的な強さを見せる風間に、修は一度たりとも攻撃を当てる事ができない。実力の差に愕然とする修だが…。

A級3位の風間蒼也と引き分けた男という話がひとり歩きしてしまい、困惑する修。そんな彼に、正隊員同士のランク戦を申し入れてきた者がいた。多くの観客を集める中、ランク戦がスタートするが…。

遊真と緑川のランク外対戦10本勝負が始まった。緑川が意図的に大勢の観客の前で修を叩きのめしたことを察し、静かな怒りを燃やす遊真。

レプリカが語りはじめたネイバーの世界・ネイバーフッド。ボーダー上層部は、その情報をもとに対策を練る。未来予知のサイドエフェクトにより、将来の修の危機を察した迅は、三輪に助けを求める。

ネイバーの大規模侵攻が遂に始まった。市街地に攻め入ろうとするトリオン兵の大集団に対し、防衛作戦が展開される。

新型トリオン兵・ラービットの出現で、対策に追われるボーダー。修とトリオン兵の市街地への侵入を阻止すべく交戦中だった遊真は、B級19位の茶野隊に、敵の人型ネイバーに間違えられて狙撃される！

三門市の各所に現れるアフトクラトルのトリオン兵。数が多く、ボーダーは戦力を分散して対応せざるを得ない。警戒区域ではボーダーの正隊員が連携して防衛に当たるが…。

木虎の活躍により、アフトクラトルの狙いがＣ級隊員であることが判明。これに対し、アフトクラトルの隊長・ハイレインは、ボーダーの戦力を分断するため、人型ネイバー・エネドラとランバネインを投入する。

遂にベールを脱いだ、アフトクラトルの人型ネイバー。「角付き」と呼ばれる彼らは、それぞれが独自の強化トリガーを持ち、すさまじい力でボーダー隊員たちを圧倒していく！

市街地では、木崎、烏丸、小南の玉狛第一が、修と千佳を逃すためアフトクラトルの人型ネイバー・ヒュース、ヴィザと交戦する。

ヒュースのトリガー・ランビリスの正体を見抜いた玉狛第一の隊長・木崎レイジ。烏丸京介と小南桐絵にも戦線を離脱して市街地を守るように指示を出し、自身は単身でヴィザとヒュースの足止めを図る。

千佳をつけ狙うヴィザとヒュース。駆けつけた遊真と迅が、その行く手を阻む！　遊真はヴィザと迅はヒュースと戦闘を開始。千佳たちC級隊員を避難させるべく、修と鳥丸はボーダー本部基地を目指す。

基地を襲撃したエネドラを仮想戦闘訓練室内に閉じ込め、巧みに戦う諏訪隊。戦況を冷静に見つめていた忍田本部長も援護に向かい、ボーダーは一気に反撃に転じる。

ハイレインの攻撃によって、キューブにされてしまった千佳。ミスから千佳を窮地に追いやった自分を責め、呆然とする修だが…。

ボーダー本部の仮想戦闘訓練室で、エネドラを追い詰める忍田本部長。しかし、エネドラのブラックトリガーによる反撃は凄まじく、複数のボーダー隊員の連携攻撃を相手にしても退く様子はない。

千佳のキューブを持った修が基地に辿り着くまでの時間を稼ぐため、烏丸は玉狛のトリガー・ガイストを起動する。ガイストは力を発揮する代償に、200秒で緊急脱出（ベイルアウト）させる諸刃の剣。

三輪は上級者向けのトリガー・鉛弾（レッドバレット）を巧みに操り、ハイレインに対して互角以上の戦いを繰り広げる。一方、遊真とヴィザの戦いは最終局面を迎えようとしていた。

ヴィザを倒すも、遊真のトリオンは残りわずか。三輪もあと一歩のところで戦場から引き離され、修はボーダー本部基地を目前にしてハイレインに追い付かれてしまう。

激戦の末、アフトクラトルは撤退、第二次大規模侵攻は終結した。しかし、傷跡は決して浅くはなかった。三門市の復旧に追われるボーダー、行方の分からなくなったレプリカを探す遊真、意識の戻らない修…。

病院のベッドで修が目を覚ますと、母・香澄と千佳がそこにいた。眠っていた1週間もの間に起きた出来事を母や栞に聞かされ、修は驚くばかり。病院にはボーダー上層部の唐沢も現れ、修を外に連れ出す。

ボーダー幹部の根付が記者会見に工作をしたのは、先の大規模侵攻によってもたらされた被害の責任が組織全体に及ぶのを避けるため、修個人をスケープゴートに仕立てるためだった。

B級ランク戦に、鮮烈な勝利でデビューした三雲隊。次の対戦相手は、大規模侵攻の際にアフトクラトルと死闘を演じた、B級8位の諏訪隊、そして同10位の全員がスナイパーで構成される荒船隊だ。

ボーダーＢ級ランク戦のラウンド2が始まる。ケガの直った修も合流し、遊真、千佳と共に揃いの隊服に身を包む。玉狛第二こと、三雲隊の本格始動だ。

諏訪隊と荒船隊によって戦いの糸口が開かれた第2回戦。そこに、新たなオプショントリガーを装備した遊真も参戦する。スナイパーに有利なステージながら、三雲隊と諏訪隊に挟まれ、追い詰められていく荒船隊だが…。

修の作戦が功を奏し、第2回戦で勝利を収めた玉狛第二は8位に浮上。そして、次の対戦相手となった鈴鳴第一・来馬隊のエースでアタッカー個人ランキング村上鋼と鉢合わせになった遊真は個人ランク戦を申し入れる。

鈴鳴第一の村上に個人ランク戦で負けてしまった遊真。その戦いを踏まえて、玉狛第二は村上のサイドエフェクト・強化睡眠記憶の対策を練る。そして同じ頃、鈴鳴第一と那須隊も次の戦いへの準備を進めていた。

暴風雨の中、玉狛第二、鈴鳴第一、那須隊の戦いが始まる。隊員の合流を急ぐ2チームに対し、運も味方に付けた那須隊が狙い通りに作戦を進め、有利と思われたその時、千佳のアイビスが炸裂する。

千佳が橋を落としたことで東西に分断された各隊員たち。戦場に各隊それぞれの思惑が交錯する中、その西側では遊真と鈴鳴第一の村上、那須隊の熊谷ら、攻撃手同士が三つ巴の戦いを繰り広げようとしていた。

来馬隊の村上鋼と三雲隊の空閑遊真がついに激突。村上の「ボーダーNo.4アタッカー」の称号と遊真の過去、それぞれ背負うものが違うエースアタッカー同士がぶつかり合う、ハイレベルな戦いが繰り広げられる。

遊真が戦いの末に村上鋼を撃破し、B級ランク戦の第3戦も最終局面へ突入。東岸で3人の隊長たちが激しい火花を散らす中、修は戦況に変化をもたらすべく水を市街に引き入れ、さらに那須に来馬をぶつけようと試みる。

那須隊、来馬隊との激闘を制し、B級上位グループ入りを果たした玉狛第二。A級昇格のための試金石ともなるB級トップチームとの戦いを目前に、自力では1点も獲得できていないことに修は苦悩していた。

ボーダー本部のある三門市に出現した未知のトリオン兵に応戦する迅と太刀川。その頃、玉狛第2はB級ランク戦のスケジュールの合間でチームの強化合宿を決行。遊真、修、千佳、栞たちは合宿所のある四塚市を訪れる。

乱星国家エルガテスから逃れてきたゼノとリリス。遊真と修は2人に、こちら側の世界にいる間だけ匿ってほしいと頼み込まれ、千佳を人質に取られていることもあって、仕方なく行動をともにすることに。

ゼノとリリスの到来に呼応するかのように、五島市にも多数の新型トリオン兵が襲来。A級3位の風間隊が戦闘を開始する一方で、修たちはゼノとリリスと少しずつ親交を深めていた。そしてゼノは修にある提案をする。

こちら側の世界に居場所がないリリス。時折寂しそうな顔を見せる彼女を気の毒に思った千佳と修は、監視に来ていた木虎と緑川の協力を得て、ある作戦を実行する。しかし、そこにカロンとギーヴの魔の手が迫り…。

三門市の隣町にある超高層ビル・タマガタワー。そこで三輪、米屋、古寺の3人が学業に勤しんでいた。そんな平穏を破壊するかのようにギーヴの放ったクモ型トリオン兵が襲来。タワーに市民が捕らわれてしまい…。

リリスと絆を深めたものの、リリスを大切に思うあまり、遊真や千佳を道具のように扱おうとするゼノに怒りを覚えた修。そんな中、ギーヴとカロンによって、都市全体を危機に陥れるほどの巨大トリオン兵が現れた。

ボーダーA級5位の嵐山隊を中心にボーダーの精鋭や、遊真たちとB級ランク戦で激闘を繰り広げた荒船と村上も集結し、ギーヴのトリオン兵を殲滅。しかし、ギーヴは超巨大トリオン兵を使って作戦を確実に進めていた。

ギーヴとカロンによる四塚市爆破計画を切り抜けた遊真、修、千佳たちは栞に連れられて、ゼノたちと共に四塚マリンワールドで休息を取る。しかし、そんな平穏も束の間、ギーヴによるトリオン兵の襲撃に遭い…。

ゼノと遊真の危機を救うために隠していた真の能力を発動させたリリス。その力でギーヴとカロンを退けるものの、換装が解けてしまった修が連れ去られてしまい、力を使い果たしたリリスは深い眠りに落ちてしまう。

ギーヴとカロンに捕まってしまった修を助けるため、砕石場へ向かう遊真たち。しかし、敵地へ突き進む最中に巧妙な罠によって千佳たちと分断されてしまった遊真。たった1人となった彼はギーヴとの一騎打ちを迎える。

捕らわれていた修を発見したゼノと千佳。その頃、採石場では遊真とギーヴ、ブラックトリガー同士の戦いの火蓋が切られた。さらに、ゼノたちの下にも新たなトリオン兵の魔の手が迫ろうとしていて…。

四塚市に向かった小南たちを追い掛けて雷神丸と共に出動する林藤陽太郎は、行き着いた街で心愛という少女と出会う。ワケありな彼女と次第に交流を深めていく陽太郎だったが、そこでは激しい戦闘が行われていて…。

追い詰められたギーヴとカロンは遊真たちに決死の攻撃を仕掛ける。遊真たちは玉狛第一のレイジたちのサポートを受けて迎え撃つ。ゼノとリリスが玄界から別の星へ旅立つまで残り1日。2人を守るため彼らは奮闘する。

ギーヴの隠された真実、彼がリリスと同じラミアに生み出された人型トリオン兵であることが明らかに。そして、カロンの暗躍によって四塚市の全市民が人質となる最悪の事態を迎える中、A級ボーダー隊員が集結する。

モンスターギーヴが無情にもリリスを取り込み、異形の姿に変貌を遂げる。さらにカロンによって全てを無に帰す大爆発のカウントダウンが動き出す中、修たちを信じきることができないゼノは単独でリリス救出に向かう。

ゼノとリリスとの出会いと別れを経て玉狛支部へ帰って来た遊真、修、千佳は、昇格を目指して休む暇もなくランク戦の準備を進める。その一方で、大規模侵攻後に捕虜となっていたヒュースは本部基地に連行されていた。

死んだはずだったアフトクラトルのブラックトリガー使い・エネドラ。変わり果てた姿となった彼の口から大規模侵攻と千佳が狙われた真実が明らかになる。一方、玉狛支部では二宮匡貴が遊真たちの前に現れ…。

B級上位チームとのランク戦に向け、玉狛第二はレベルアップのために各自訓練を開始する。そんな中、遊真はNo.4アタッカー・村上鋼でさえも勝ち越したことがない、凶暴な空気をまとう実力者・影浦雅人と出会う。

影浦雅人と対峙した遊真はその底知れぬ実力を瞬時に察知する。一方、嵐山と出水との訓練で修は、自身の成長を感じ始める。そして、三雲隊のA級昇格を懸けたトップチームとのB級ランク戦が始まろうとしていた。

ついに上位とのB級ランク戦が開始。二宮隊、影浦隊、東隊、そして三雲隊の4チームが激突。序盤から緊張感の高まる状況を打破するかのように各隊は修に狙いを定め、B級の2強・影浦と二宮が戦況を掌握していく。

開始早々、A級1位チームを率いていた実力者・東春秋によって落とされた修。そんな厳しい戦況の中、人が撃てないという弱点を克服しようとする千佳。しかし、狙撃によって居場所を知られ、窮地に立たされてしまう。

影浦雅人とのアタッカー対決に挑む遊真。それを好機とばかりに狙いを定めるソロ総合2位のシューター・二宮匡貴による攻撃が2人に襲い掛かる。エースたちが激突する雪上の決戦にも終わりが近づこうとしていた。

忍田本部長の口から新たな惑星国家の襲来が明かされた。迅の予知を軸に、太刀川隊、風間隊ら、ボーダートップチームが対応に当たることとなる。

Ｂ級上位とのランク戦を終え、レベルアップの必要を感じて動き出す三雲隊。雨取千佳は影浦隊の狙撃手・絵馬ユズルから、弱点を克服するためのヒントを手に入れる。

自らの目標を達成するため修は木虎に教えを請い、ワイヤーを使うトリガー「スパイダー」の使い方を教わる。そしてついに、ガロプラの侵攻が開始。ボーダー隊員が迎え撃つ！