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男であることを理由に、青鞜三ノ宮学院の教師採用を断られた天和響は、下宿の大家･るるの入れ知恵で女装し、天和ひびきとなって再挑戦。そこで課された採用試験とは、女生徒･樟葉楓子と二人きりの公開授業だった。

女子寮で覗き魔騒ぎが起こったことをきっかけに、寮母を引き受けることになったひびき。しかし、女同士の気安さから必要以上に無防備な女生徒に困惑し、さらに体調を崩した楓子に添い寝を頼まれて…。

女子が袴を穿いて体育を受けていることに違和感を覚えたひびきは、ブルマの採用を提案する。しかし学院側はもとより、肝心の女生徒からも猛反発を受けてしまう。そんな中、楓子は一人だけひびきに賛同する。

就任後、初の授業参観に意気揚々とするひびき。しかし母を亡くし、海外赴任で父も不在の楓子には参観者が誰もいないことを知る。そんな中、親子によるマラソン授業が始まり、楓子をゴールで待っていたのは…。

女子の身体測定結果を盗み聞きしたい男子生徒を封じようと、躍起になる教師たち。一方教頭の魂胆で、自らも受診を言い渡されたひびきは慌て始める。そして楓子は、胸の大きさにコンプレックスを抱えていた。

ニュースで学級崩壊が叫ばれる中、些細な出来事に端を発した小競り合いは、やがて藍組全体を巻き込む大騒動に発展する。分断されてしまったクラスを元に戻すべく、ひびきが水泳の授業で行ったのは…。

美保が一目ぼれした徳川理事長の甥･ヨシオは、ひびきの見合い相手だった。動揺する楓子は、刹那の恋に燃える美保、ひびきを学院に引き止めようとする青木たちと結託し、見合いを妨害すべく会場に潜入する。

女尊男卑な学院の方針に、日頃からのストレスが爆発寸前の男子生徒たち。彼らは教師給料盗難事件で級友･鳴尾を一方的に犯人扱いされたことをきっかけに、ついにクーデターを起こそうと企てる。

課外授業で訪れたキャンプ地で、一夏の思い出作りを試みる生徒たち。ひびきは告白を迫る青木から逃げるうちに、楓子と二人きりになる。その一方で、雨の一夜を二人きりで過ごすことになった深江と藤緒は…。

美保に背中を押され、深江に思いを告白する藤緒。しかし放課後の屋上で交わされる青春の儀式には、無情な結末が待っていた。さらに追い討ちを掛けるように、深江の思い人を知ってしまった藤緒は愕然とする。

巷で誘拐魔出没の噂が飛び交う中、始業時間になっても登校しない楓子の身を案じて学校を飛び出すひびき。クラ･ゲの機転で楓子を見つけ出したものの、ひびきはそこで起こった火災により負傷してしまう。

入院した自分を献身的に見舞う楓子に、刹那ひびきであることを忘れる響。しかし、その陰にはひびきの正体を狙う教頭の姿があった。そしてひびきの退院を待ち構えたように開かれた全校朝礼で提示されたのは…!?

ひびきの正体を知り、激しく動揺する生徒たち。罵詈雑言を背に響が街を去ろうとするその日、学校では女子校化を目論む教頭たちによって臨時学院総会が開催されていた。その時、楓子の中にひびきとの日々が蘇る。