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ジムが母親と2人で営んでいるベンボー提督亭に怪しい宿泊客が現れた。ビリーと名乗り、何かに脅えて酒を浴びるように飲み続けている。そんな彼はジムに、1本足の男が来ないか見張ってくれと依頼する。

ビリーを訪ねて昔の仲間の黒犬という男が来た。だが、彼はビリーを見かけると突然襲いかかり、その争いの最中にビリーが脳溢血で倒れてしまう。医者のリブシーが来て入れ墨を見つけ、ビリーが海賊だと判明する。

ビリーの前に暗闇のピューと名乗る男が現れ、黒丸を手渡す。これは海賊仲間の絶縁状で死の宣告だ。夜の10時に1本足の男がやってくると知って脅えたビリーは酒を飲み続け、ついに脳溢血で息絶えてしまう。

黒犬とピューに率いられた海賊たちがベンボー提督亭に乱入。ビリーに託された荷物を守ろうと、必死で海賊たちと戦うジムは窮地に陥るが、そこへリブシー先生が送ってくれた救援の兵士たちが現れる。

町の有力者・トレローニとリブシー先生はジムが宝島の地図を手に入れたと知り、宝物を探す旅へ出ることを決意。一緒に行きたいジムだが、母親を1人で残していくことを考えると言いだすことができない。

リブシー先生は、ブリストルの町で食堂を営む1本足の男に船員の手配を頼んでいた。シルバーと名乗るこの1本足の男は、コックとして船に乗ると言う。ジムは、彼がビリーの言っていた1本足の男ではないかと怪しむ。

シルバーは船員たちに「肉焼きおやじ」と呼ばれている気のいい男で、ジムはそんな彼に惹かれていく自分を感じていた。凪で船が動かなくなった時、シルバーはジムを連れ、小船に乗ってカジキマグロの漁に出かける。

酔っ払いのアロー副船長が海に転落し、行方がわからなくなってしまう。シルバーが突き落としたのではないかと疑われるが、確証はなかった。そんな時、アロー副船長の亡霊が乗った幽霊船が現れる。

船は西インド諸島の港町に停泊し、ジムはシルバーたちと一緒に食料の買い出しに出かけた。ところがジムは彼らとはぐれ、1人で町をうろついているうちに、奴隷商人の男たちに捕らえられてしまった。

ジムのシルバーへの信頼は高まる一方だった。ある日、夜中に腹が空いたジムは甲板に置いてあるリンゴ樽にリンゴを取りにいき、そこで眠ってしまう。気がついた時、甲板では海賊たちが反乱の相談を進めていた。

ついに宝島に着いたが、シルバーの正体を知ったジムは心から喜べない。ジムの話を聞いた船長たちは、シルバーが本当に海賊なのかどうか確かめようと決め、シルバーたちと一緒に上陸し、様子を見るようジムに命じた。

ジムに正体を知られたと察知したシルバーはジムを捕らえようとした。必死に逃げるジムは、髪もひげも伸び放題の怪しい男、ベン・ガンと出会う。彼は、宝を島に隠した海賊によって島に置き去りにされたのだった。

船から脱出した船長たちは島のとりでに逃げ込んだが、海賊たちは激しく攻撃してくる。トレローニのじいや、レッドルースじいさんと共に見張りに立ったジムは、レッドルースが大事にしている小さな鈴の話を聞く。

シルバーはとりでの裏山に大砲を設置し、スモーレット船長らに降伏を迫る。その場所から砲撃されたらとりでは簡単に破壊されると船長は判断し、ジムにとりでの代わりになりそうな洞窟を探してくるよう命じた。

スモーレット船長がとりでに侵入した海賊に撃たれ、井戸には動物の死骸が放り込まれ水が使えなくなってしまう。水がなければ船長の弾丸摘出手術はできないため、ジムは柵の下にトンネルを掘り、水を汲みにいくが…。

シルバーは船を島の近くまで寄せ、船の大砲を使ってとりでを狙う。ジムは、船を島から離すため錨綱を切ろうとベン・ガンが作った革製の小型ボートでこぎだすが、うまくこげず島から離れていってしまう。

ジムは船の錨綱を切ることに成功。船は漂流を始めるが、船に残っていたハンズたちは酒と疲労から互いに疑心暗鬼になり、殺しあいに発展してしまう。船が動いていることに気づいたシルバーは慌てて船に戻るが…。

錨綱を切られた船は嵐によって沖へ流されていく。シルバーとジムは沈没を食い止めるため一時休戦。久しぶりにシルバーと力を合わせることになったジムは、複雑な思いを抱きながらも必死に浸水箇所を修理する。

島の裏側に漂着した船からジムがとりでに戻ると、そこに死んだと思っていたシルバーが現れる。食料も水も尽きたスモーレット船長たちは、地図と引き換えにとりでから出ることを許されていたのだ。

海賊たちにとらわれたシルバーは火あぶりにされそうになるが、シルバーの気迫に圧倒され、海賊たちはまた彼の指揮を仰ぐことになる。シルバーは、熱病にかかった部下たちの身を案じてリブシー先生に頼る。