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私立浦の星女学院に通う高海千歌は、クラスメートと訪れた東京でスクールアイドル・μ’sの存在を知り、衝撃を受ける。自分も輝きたいと感じた千歌は、スクールアイドル部の創設を目指して部員を集め始めるが…。

転校生・桜内梨子をスクールアイドルに誘うも、すげなく断られてしまった千歌。曜と共にスクールアイドルになるための準備を進めつつ、梨子へのスカウトを繰り返していたある日、彼女から転校の理由が語られ…。

本格的なアイドル活動を始めようとする3人の前に、学院の新理事長・小原鞠莉が襲来。彼女が提示した、人数が足りないスクールアイドル部を部として承認する条件は、デビューライブで講堂を満員にすることだった。

ついに正式な部としての活動を認められた千歌たち。部室もゲットして心機一転、1年生の黒澤ルビィと国木田花丸を改めてスクールアイドル部にスカウトする。ルビィはスクールアイドルに憧れを抱いていたが…。

スクールアイドルとして活動を始めたもののなかなかランキングが上がらず、何かもっと目立つようなことをしようか悩む千歌たち。そんな中、入学初日以来学校に来ていなかった1年生の津島善子が姿を見せる。

私立浦の星女学院が沼津の高校と統廃合されるというニュースを聞き、落ち込むメンバーたち。そんなメンバーをよそに、μ’ｓと同じ学校のピンチとは張り切る千歌は、自分たちが学校を救うのだと早速行動に移す。

内浦の魅力を伝えるために作ったPVが人気となり、なんと99位へと一気にランキングが上がったAqours。そんな6人に、東京からライブイベント「TOKYO IDOL WORLD」出演の依頼が舞い込む。

「TOKYO SCHOOL IDOL WORLD」で、スクールアイドル・Saint Snowの圧倒的なパフォーマンスを見せつけられた千歌たち。負けじと自分たちの精一杯のパフォーマンスを披露するが…。

千歌たちは自分たちが今できる全力を見てもらうしかないと、沼津の花火大会からの出演オファーを受けることに。千歌はダイヤから、3年生の松浦果南が以前スクールアイドルとして活動していたことを明かされ…。

いよいよ夏休み。予選大会突破のため、ダイヤは休み期間を使った特訓を提案する。しかし、千歌は海の家の手伝いをしなければならなかった。そこで昼間は全員で海の家を手伝い、それ以外の時間で特訓をすることに。

自分の大切なものに答えを出すため、一人東京のピアノコンクールへと向かう梨子。残った8人は、引き続き予選へ向けた特訓に取り組んでいく。欠けた梨子のポジションの代役には曜が抜擢されるが…。

見事ラブライブ！予選に合格したAqours。PVの再生数も伸び、ファンから声を掛けらたりと予想以上の反響に喜ぶメンバーたち。しかし、併せて募集していた浦の星女学院の学校説明会への応募者は皆無で…。

東京で自分たちが今すべきことを掴んだAqoursは、迫る地方予選へ向けて夏休み中も毎日練習に打ち込む。すると、そんな姿を見たクラスメートから学校のために一緒にできることはないかと相談され…。