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各務台学園の2年生･瓜生新吾は、学園が同じ街の名門女子校･結姫女子学園と統合すると決まり、仮統合の期間、結姫女子学園へ通うことに。転入の前日、新吾は雨上がりの公園で結姫女子の生徒･瀬名愛理と出会う。

男子の入学を拒絶する愛理の言葉に、教室は重苦しい空気に包まれる。新吾は状況を変えようとするが、全てが裏目に出てしまう。そんな折、調理実習が行われ、男子たちに名誉挽回のチャンスがやってくる。

愛理と共にクラス委員となった新吾は、クラスの雰囲気を良くしようと奮闘。次第にクラスメートたちとは打ち解けるが、愛理だけは相変わらず。すると夕暮れの教室、仕事が終わらず焦る愛理に新吾はある提案をした。

偶然スーパーで愛理と出会った新吾と桜乃たち。なし崩し的に愛理の家に押し掛けると、そこには彼女の意外な生活が。秘密を知られて心配する愛理だったが、変わらない新吾たちの姿に少しずつ素直になっていく。

新吾の気配りや心遣いに触れ、愛理は次第に新吾のことが気になり始める。そんな中、自分よりも周りを気遣う新吾の姿に感銘を受けたアンジェは、新吾こそがメイドとしてお仕えする旦那様だと確信する。

メイドとして押し掛けたアンジェに瓜生家は騒然。翌朝、ぬこ部に廃部の危機が訪れ、新吾はみうに入部を申し出る。廃部を避けるにはまだ部員がいる。そんな中、俄雨にあった新吾は、愛理の家で雨宿りすることに。

正式な部として認められたぬこ部。みうと備品の買い出しに出掛けることになった新吾だったが、約束の場所には紗凪の姿もあった。すると、冷たくしながらも新吾を部員として認める紗凪の姿に、小さな誤解が生まれる。

部室の前に置かれた小さな箱に2匹の子猫が入っていた。2匹に付けた名前は、それぞれシンゴとミウ。心ない行為に心を痛めつつも、部員たちは里親を探し始める。しかし、里親はなかなか見つからず…。

バイト中に倒れたみうは、新吾の介抱もあり翌朝にはすっかり元気に。看病のお礼に、新吾はみうの家に招待されることになった。一方、里親が見つからないシンゴを紗凪が引き取ると言い出すのだが…。

裏山に怪我が治ったハトを放しに向かうぬこ部。新吾にいつも通り接しようとする紗凪を、愛理は複雑な思いで見つめる。そして休み明け、引き取られた子猫の様子がおかしいことに気付いた紗凪は…。

クリスマスイブ、街は明るい雰囲気に包まれる。2人きりでクリスマスを過ごす約束をしていた新吾とみう。一方、桜乃たちは愛理の家でクリスマスパーティーを開催。舞い降りる雪が静かに街を包み込む。

ぱんにゃにそっくりな動物の目撃情報を聞いた新吾たちは、真相を確かめるべく裏山へ向かう。するとそこにいたのは、ぱんにゃの家族だった。その様子を見たみうは、ぱんにゃを自然に帰そうと告げるのだった。