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多くの国土を水没によって失い、海上交通が発達した日本。海の安全を守る職業「ブルーマーメイド」に憧れて海洋高校に入学した岬明乃は、陽炎型航洋直接教育艦「晴風」の艦長に任命され、初の海洋実習に出るが…。

初の海洋実習で、岬明乃が艦長を務める晴風は反乱を起こしたと汚名を着せられてしまう。無実を証明するために横須賀へ向かう晴風だが、その前にドイツからの留学生艦「アドミラルシュペー」が現れる。

海上安全委員会の広域通信を傍受した晴風。その内容は、晴風が逸脱行為をしており、抵抗した場合は撃沈しても良いというものだった。そんな中、学校への帰路を急ぐ晴風に水中より忍び寄る影が…。

ほかの艦との接触を避けるべく、横須賀へ急ぐ晴風。だが、長引く航海によってトイレットペーパーなどの日用品が不足してしまったため、明乃たちはショッピングモール艦への買い出しを計画する。

トイレットペーパーや魚雷などの物資の補給や艦の修理が終わり、出港の支度が完了するまでそれぞれの時間を楽しむ晴風の乗員たち。全員が揃ったところでミーナの歓迎会をすることになったが…。

居場所が分からなくなっていた武蔵を発見したものの、何もできないまま戦線から離れる晴風。スキッパーで飛び出していった明乃が晴風に戻ると、艦の中では原因不明の電波障害が起こっていて…。

砲雷科のメンバーが入浴していると、突然シャワーの水が止まってしまった。調べると貯水タンクの水が底を尽きそうになっており、補給艦を待つ間、船員は節水をして過ごすことに。そんな中、急に天候が変わり…。

霧の中を航行中、行方不明になっていた金剛型大型直接教育艦「比叡」と遭遇した晴風。ブルーマーメイドが到着するまでの間、晴風は比叡の後を追うことになったのだが、突如戦闘になってしまい…。

再び武蔵捜索を続けることにした晴風。だがそこへ、正体不明の大型艦の目撃情報が入る。目標がミーナの乗っていたドイツの「アドミラルシュペー」であることが判明し、晴風は救出に向かうことに。

ドイツ艦「アドミラルシュペー」との戦闘を乗り切った晴風は、明石と間宮に合流し艦の補修をしてもらう。そんな中、赤道を越えていたことを知った機関長の柳原麻侖は、祭りをすると言い出して…。

行方不明になっていた武蔵がついに発見された。ブルーマーメイドの作戦を補佐するために航行中だった晴風が、奇しくも武蔵に最も近い。追い着いた平賀隊が、武蔵の本土接近を阻止すべく作戦行動を展開するのだが…。

ようやく武蔵を発見するも、戦線から離脱するよう命令を受けた晴風。だが、艦長の明乃は学校に作戦行動の許可をもらい、武蔵の足止めを図る。強力な攻撃を次々と繰り出す武蔵に立ち向かう晴風だが…。