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名門のマンモス進学校・国立半蔵学院の知られざる裏の顔とは、善忍と呼ばれる国家所属の忍を育成する秘密機関「忍学科」の存在だ。ここに所属する飛鳥たち5人の少女は、一流の忍になるため修行に励んでいた。

心にイメージした生物を具現化させることで、超常的な力を発揮する奥義「秘伝忍法」の修行をする飛鳥たち5人。メンバーが龍や鳳凰、イカなどの召喚に次々と成功するなか、飛鳥だけがなぜかうまくできない。

飛鳥と斑鳩は、じっちゃんの歓迎会の買い出しにスーパーに来たが、そこで武器を手にした謎の少女に襲われる。有名財閥の子女である斑鳩に対して敵対心を燃やす少女の攻撃に、2人は圧倒されるが…。

臨海修行のため、半蔵学院のメンバーたちは忍島にやってきた。島には、江戸時代から名のある忍が修行を積んできたという屋敷があるのだが、想像以上の年代物で、最初の修行は屋敷の掃除となってしまう。

秘立蛇女子学園は非合法の忍、すなわち悪忍の育成を目的とした闇の秘密教育機関。その選抜メンバー5人に半蔵学院への潜入指令が下された。目的は、半蔵学院に隠されているという超秘伝忍法書を奪うことである。

半蔵学院の旧校舎に潜入した蛇女子学園の悪忍5人は、旧校舎を覆い尽くすほどの巨大な連動忍結界を張り巡らせる。結界の中で飛鳥たち5人は分断され、秘伝忍法を使うも悪忍たちの圧倒的な力に苦戦を強いられる。

蛇女子学園の潜入を許してしまった飛鳥たち5人に霧夜は新たな特訓を命じる。生存術を強化するため、最低限の装備で、与えられた任務を全うしながら極限空間で2日間生き延びねばならないという過酷な修行だった。

忍教室での修行がさらに厳しさを増すなか、霧夜は手裏剣をうまくかわせない雲雀と、そんな彼女をかばう柳生に補修行を課す。霧夜は、5人の生徒はそれぞれ特質は違うが、鍛練次第では相当の逸材になると見ていた。

先日の奇襲以来、警備を強化していたはずの旧校舎に何者かが侵入し、超秘伝忍法書を盗まれてしまう。霧夜から部屋での待機を命じられる飛鳥たちだが、いつの間にか雲雀の姿がないことに気づく。

鈴の音に導かれるまま、誰もいない境内に来た霧夜を待っていたのは鈴音だった。霧夜は、太刀筋から鈴音がかつての自分の教え子、凛だと見破るが、鈴音は「蛇女子学園で待っている」と、地図を残し姿を消してしまう。

蛇女子学園への潜入に成功した飛鳥たち4人は、雲雀と忍法書の奪還に向け天守閣へと向かう。次々と現れる警護忍を倒し、やっと見つけた隠し扉から天守閣に入るが、迷路のような内部には詠たち悪忍が待ち伏せていた。

天守閣で繰り広げられる半蔵学院と蛇女子学園の戦いが激化するなか、「蛇女子学園の生徒たちは戦いに敗れると死ぬ」との雲雀の声を感じ取った飛鳥たちは、真の敵は最上階にいるオーナー・道元であると知る。