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青年・風見雄二は175キロもの距離を歩き、バックパックひとつで三嶋崎へと引っ越してきた。そんな浮き世離れした彼の願いは、普通の学園に入って、普通の学生生活が送りたい、というものだったのだが…。

最初は雄二のことを怖がって、天音の後ろに隠れていた蒔菜だが、次第に心を開き、雄二に懐きだす。クラスメートたちが雄二と親睦を深めるなか、由美子だけは彼をいまだに警戒し、カッターを持ち出すこともあった。

クラスメートとの賑やかな時間を過ごしていたある日、天音が体育の時間に足を捻挫する。美浜学園には保健医が在籍していないという事情もあり、前にいた学校で応急救護を習った雄二が治療を行うことになった。

早朝、雄二がランニングをしていると、海の見渡せる高台へと続く道を歩いていたみちるの姿を目撃。雄二は気になり、後を追うと、みちるは普段とは真逆のアンニュイな一面を見せ、ある質問を投げかける。

ニャンメルを失った現実から逃れるように、みちるは衝動的な行動に走る。だが、いち早く彼女を見つけた雄二の手によって事なきを得た。翌朝、昨日の出来事がうそであるかのように、みちるは明るく振る舞う。

美浜学園の理事長・榊道昭は、権力を使い、JBを呼び出す。榊家の跡目を継ぐべき娘・由美子を更正させるためだけに作った学園が、その役目を果たしていないことに業を煮やし、彼女の会社の力を借りようとしていた。

どんな願いも叶えてくれるメイド姿のクラスメート・幸だが、目的達成のためなら手段は選ばない。そんな危うい一面を幸が持ち合わせていることを知っている学園のみんなは、彼女に対する発言に注意を払っていた。

雄二は、蒔菜の父親になることを宣言。当惑する周囲を尻目に、当人たちはいたって真面目に親子として振る舞い、学期末にはすっかりスパルタパパとなっていた。雄二は自らの持てる全てを蒔菜に叩き込もうとする。

JBから急に呼び出され、本社に出頭した雄二。彼を待っていたのは、入巣蒔菜の暗殺指令だった。彼女の存在自体を脅威と感じる者たちの冷徹さと絶対的な意思の前には、雄二の心理などは何の影響も及ぼさなかった。

天音は転校初日から、初対面であるはずの雄二に対して、一方的な好意を寄せていた。知り合って日が浅いにもかかわらず、常に尽くそうとしてくる彼女の姿には、一目惚れ以外の理由があるのでは、と雄二は考えていた。

バス転落事故でかろうじて生き残った滝沢学園バスケ部の部員たちは、世界の奈落のような場所に取り残されていた。そんな、死と隣り合わせの絶望的な状況のなか、天音は風見一姫という少女と出会った。

奈落の底に落ちて数日が経過。手持ちの食料と共に、助けを信じる気力まで尽きかけた少女たちは、ゆっくりとだが確実に壊れ始める。けがが原因で病に侵される者、飢餓感に苛まれ続ける者、みんなが心を病む。

雄二の励ましもあり、天音は自らの過去と向き合う決心をする。だが、雄二は天音の話の中でひとつの疑念を抱いた。それは、一姫は本当に死んだのか、ということだった。雄二は、天音の案内で事故現場へと赴く。