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女の子になりたい男の子・二鳥修一と、男の子になりたい女の子・高槻よしの。小学校で出会い、お互いの秘密を知った２人は、共通の悩みを相談し合えるかけがえのない存在になっていた。

よしのとさおりは小学校の頃に仲違いをして以来、気まずい関係が続いていた。同じ頃、部活動への仮入部期間がスタートし、よしのと千鶴はバスケ部、さおりと佐々はバレー部に入部することに。

クラスでは文化祭の準備が始まり、１年３組では多数決の結果、さおりの提案した“男子が女子の役を、女子が男子の役を演じる”ことになる「倒錯劇」が出しものに決定する。

文化祭の倒錯劇の脚本作業を進める修一とさおり。だが、２人の気持ちがすれ違い、なかなか作業が進展しない。さおりは修一の脚本を「よしのに女の子として愛されたい修一の願望」だと言う。

夏休みが始まった。修一たちはさおりの家に集まって、倒錯劇の脚本制作をすることに。そんな中、偶然さおりの家に来た文弥の発言で、修一が時々女装をしていることが千鶴たちに知られてしまう。

いよいよ待ちに待った文化祭の当日。修一たちのクラスは劇の準備に大忙し。ジュリエットに扮した誠は、ロミオの衣装を見事に着こなすさおりに対して、自分に自信が持てずにいた。

ある朝、修一は鼻の頭にニキビができてしまったことに気づく。真穂に「これからどんどん増える」とからかわれ、１日も早く治そうと奮闘する修一だったが、そうこうするうちにまたニキビは増え…!?

修一たちも２年生に進級し、さおりも久しぶりに登校してくるように。喜ぶ一同だったが、新学期早々のクラス替えで、修一は小学校の時に嫌がらせをしてきた土居と同じクラスになってしまう。

男子の制服を着て登校することに決めたよしの。一方、修一はユキさんにひと目ぼれした土居からの頼みを断り切れず、土居をユキさんに会わせることに。ユキさんが元・男だと知った土居は驚くが…!?

セーラー服を着て登校して以来、学校に行けなくなった修一。真穂も登校拒否になってしまい、修一は自分の行動に責任を感じてしまう。よしのから手紙をもらった修一は登校する決心をするが…!?

安那に「彼氏、ムリ」と告げられ、気持ちの整理ができない修一。イヤホンからは、以前、誠と一緒に女の子の服を着て録音した自分の声が繰り返し聴こえる。

文化祭の倒錯劇の脚本を担当することになった修一は、劇の練習に顔を出すようになる。一方、さおりは修一とよしのを自宅に招き、小学生の頃のように女の子の服を着てみないかと修一に問いかける。