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本能字学園は、極制服という制服を着た生徒たちにより管理されていた。生徒会長・鬼龍院皐月は「人は服を着た豚だ」と豪語。部下の本能字学園四天王と共に学園を支配していた。そこへ転校生・纏流子が現れる。

マコの実家・満艦飾家に居候する流子は、しゃべるセーラー服を鮮血と名付ける。 翌朝、マコがテニス部からリンチを受ける。流子はマコを救おうとするが鮮血が発動せず、部長・函館臣子の返り討ちに遭う。

極制服の力の源である生命戦維を使い、鬼龍院皐月は全国学園支配を進めていた。流子の父親・纏一身博士は、それに対抗しようと、生命戦維だけで織り上げた「神衣」を作る。それが鮮血なのだが…。

朝から騒がしかった。一学期に一度風紀部により執り行われる「本能字学園ノー遅刻デー」だからだ。通学路には無数のトラップがあるが、遅刻をすれば即刻退学となる。そんななか、流子とマコは登校を開始し…。

流子は本能字学園の部長たちを倒し続ける。そこにある男が現れた。彼は黄長瀬紬。極制服の能力を無効化するミシンガンを操る黄長瀬は二つ星の部長をすら寄せつけない。彼はいきなり流子に「神衣を脱げ」と迫る。

皐月の右腕となっている四天王。そのうちのひとり・猿投山渦は皐月に直談判し、流子と一戦交える許可を得る。猿投山は驚異的な動体視力で相手の動きを全て読み取り先手を打つ。流子は瞬く間に追い込まれてしまう。

本能字学園のシステムは、学園の成績をそのまま家庭の生活レベルに反映させること。マコのせいで最低水準で生活する満艦飾一家だが、彼らは幸せそうだった。ある日、流子はマコを部長に任命して喧嘩部を創立する。

壊惨総戦挙とは、全生徒が全生徒に対して平等な攻撃権を持ち学園の頂点を懸けて争う校内行事だ。その戦いの火蓋が切って落とされた。7日後には決戦闘兵が行われる。四天王は互いの無事を信じ分かれた。

塔首頂上決戦。四天王全員に勝てば皐月と戦うことができる、それが皐月が流子に提示した試合の報酬だった。流子は試合のレベルの高さを危惧する美木杉から、棄権を薦められるが、皐月と戦うためだと譲らない。

2人目の四天王は情報戦略部委員長・犬牟田宝火だ。最小限の戦闘で犬牟田は流子と鮮血の動きを分析。その極制服は光学迷彩によるステルス機能を有している。流子は鮮血を変形し、犬牟田をあぶり出した。

蛇崩と戦う流子は、鮮血を変形させたことで優勢に転じた。だが「アンコール」と称して復活する蛇崩。生命戦維に響く演奏で流子ではなく鮮血を直接攻撃し始める。流子は受けた演奏を蛇崩に返して…。

半年前に針目縫が流子の父・纏一身を襲った理由は、生命戦維に対抗可能な武器・断ち斬りバサミを回収するためだった。一身を彼自身が発明したハサミで仕留めたが、引き換えに片目を潰されていた。

全国の学園を支配しようとする本能字学園では、まだ制圧が終わらぬ最後のエリアへの大規模侵攻作戦「三都制圧襲学旅行」の準備が始まっていた。皐月はこの報告のため、母・羅暁が待つリボックス社に向かう。

流子は美木杉のアジトで目を覚ました。美木杉が拾った鮮血のスカーフのおかげでバラバラに切り刻まれた鮮血となんとか意志の疎通ができる流子。残りのパーツが関西だと知ると、美木杉と共に関西へ向かう。

道頓堀の地下には生命戦維対抗組織・ヌーディストビーチのアジトがあった。臨戦態勢の戦闘員たちが待機するなか、美木杉と紬が帰還。一方、難波金満高校生徒会長・宝多金男の前にようやく皐月が現れる。

流子は鬼龍院との戦いの裏に、人類や宇宙生命といった大きなものが付随してきたことに戸惑いを隠せない。美木杉は「鮮血は生命戦維に対抗するために、纏一身によって作られた流子のためだけの服だ」と告げるが…。

本能字学園では、全国学園支配を祝し、学園理事長・羅暁を迎えての式典「大文化体育祭」の開催が発表されていた。流子たちはそこで皐月と羅暁を一気に叩こうと考え、会場にもぐり込もうとする。

皐月は、全ては羅暁に裏切りを悟られないための芝居で、本能字学園は羅暁並びに生命戦維との戦闘に備え築かれた戦闘部隊だと明かす。彼女は亡き父の志を継ぎ、羅暁の計画阻止のため、長きに渡り画策してきたのだ。

流子は心臓を引き抜かれながらも、なお生きている自分に驚く。彼女はその身体に生命戦維を組み込まれた、羅暁の実の娘であって、流子と皐月は姉妹だったのだ。この衝撃的な真実に流子はがく然とする。

自分の正体を知って傷ついた流子は、他人の言葉を聞こうとしない。カバーズだけでなく、美木杉たちにも刃を向け、神衣も極制服も着ずに、自らの体内の生命戦維の力でビルを薙ぎ払い大阪を後にする。

純潔を着た流子と鮮血を着た皐月、ねじれた運命を持つ姉妹の戦いが始まった。純潔を着ることによる快楽に酔いしれる流子に、鮮血は純潔を脱ぐよう説得する。だが、流子はその言葉に耳を貸さなかった。

怒りに任せて生命戦維を引きちぎり、純潔を引きはがした流子は、再び鮮血と合体。縫と自分の決定的な違いは、自分の周りには「わけのわからないもの」がたくさんいることだと言い放ち、縫を圧倒してみせる。

流子と皐月は戦線に立ったマコを船に残し、羅暁が乗る原初生命戦維を目指す。羅暁は2人を相手に戦うが、その傍らで原初生命戦維から裸の太陽丸にカバーズを送り込まれてくる。マコたちは戦いでぼろぼろになり…。

「神羅纐纈」の力は神衣、極制服に含まれる全ての生命戦維の力を絶対服従させるものだった。最終局面、流子らは一切の戦力を失う。そんななか、生命戦維と人間の融合体である流子だけは絶対服従の力が効かない。