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高校生の玄野計と加藤勝は、線路に転落した浮浪者を助けるが電車にはねられる。死んだと思った瞬間、2人はなぜか黒い球体が置かれた部屋にいた。状況が理解できない2人の前に、全裸の少女・岸本恵が現れる。

マンションの先客である少年・西は黒い球体をガンツと呼んでいた。その表面に現れた指令により、玄野たちは武器を手に夜の住宅街に転送される。標的を発見したメンバーはゲーム感覚で小ネギ星人の殺戮を開始した。

玄野は岸本を連れてオヤジネギ星人から逃げ回るが捕まってしまう。そこへ負傷していた加藤が助けに来た。玄野に逃げるよう叫ぶ加藤と、立ちすくむ玄野。そこに現れた西が、ネギ星人に向けて銃を発砲した。

西は、オヤジネギ星人を「殺せ」と言うが、玄野はためらう。西がガンツの銃を放った直後、玄野たちはマンションの部室へと転送された。1回の戦闘が終わり、玄野たちは一時的にせよ現実世界へと戻ることができた。

恐怖の一夜が明けた翌日、玄野は駅で起きた事故の報道を見ていた。同じ頃、岸本は自殺未遂をした自分が病院で一命を取り留めたことを知り、自分がコピーであることにショックを受けて家を飛び出してしまう。

家を飛び出して行き場のなくなった岸本は玄野の部屋を訪ねる。忘れ物の生徒手帳を返しに来ただけのはずが、「私を飼ってくれないかな」と言って泊まり込んでしまう。同じ頃、加藤は叔母の家に戻っていた。

玄野は岸本と買い物の途中、コンビ二のレジで例の電車事故の直前に出会った老婆と遭遇する。一方、叔母の体罰を受ける弟を守ってやれない自分にいら立つ加藤は暴力衝動を抑えられなくなっていた。

もう1人の自分が以前と変わらない生活を送っているのを見届けた岸本は気持ちが吹っ切れ、「私、加藤くんが好きだ」と告白する。しかし平和な時間は続かず、再びガンツの部屋への転送が始まった。

ガンツの部屋に集まった面々は、加藤の指示でスーツや武器の準備を整える。鉄男らは加藤のリーダー的な振る舞いが気に入らなかった。一方、玄野は自分のサイバースーツを部屋に置いてきたという大変な事実に気付く。

街に転送された玄野はすぐに鈴木星人に出くわし、必死に逃げ回り加藤たちと合流。その時、星人は玄野を追っていた時の怒りの形相からにこやかな笑顔に戻っており、ここに膠着状態のような沈黙が訪れる。

スーツの機能が壊れた西は、鈴木星人の咆哮で全身から血を噴出させて川に沈んでいく。加藤は星人に銃を向けるが撃つことができない。玄野と岸本も星人の捕獲を試み、死闘の末に玄野と加藤が辛くも星人を撃破する。

加藤たちの前に4匹の星人が現れて戦闘が始まり、岸本は加藤のために勇気を奮って銃を撃つ。星人は倒したが、残っていたヒナが逃げ延びた方向には再び星人が集結し、カヨと亮太が犠牲となってしまう。

ボロアパートにいた6匹の鈴木星人と巨大な鳥に囲まれる玄野。その頃、加藤たちもボロアパートを目指していた。残り時間はあと15分。やがて3人が到着した時、異常な興奮状態にある玄野がそこにいた。

星人との戦いを終え、生き残った者たちは元の世界での生活に戻った。玄野は岸本との2人暮らしを続けているが、彼女が話すことといえば加藤のことばかりなので、面白くない玄野はとうとうブチ切れてしまう。

岸本が玄野のアパートから去り、彼は後悔するが後の祭りだ。そんな時、またも老婆が目の前に現れ、ガンツの部屋への転送が始まる。これで岸本に会えると喜んだ玄野だが、ある光景を目にしてショックを受ける。

岸本にふられた玄野は衝動的に聖と肉体関係を結び、間の悪いことに、その現場を岸本に見られてしまった。彼らの思いなどお構いなしにガンツによるミッションは始まり、敵となる新たな星人が明らかになる。

2体の仁王像・おこりんぼう星人とあばれんぼう星人に囲まれてしまった一同。血気にはやる玄野は発砲するがあっさりかわされ、逆に星人の反撃に遭い、戦いを避けようとしていた加藤も意を決して星人に立ち向かう。

玄野の猛攻でついにおこりんぼう星人が倒れ、これをきっかけに一同の士気が上がる。自分の生きる場所はここだと充足感を覚え、なおもあばれんぼう星人と戦う玄野を、加藤や岸本らは呆気に取られて見ていた。

2体の星人は倒したが戦いは終わらず、今度は仏像の群れが動き出し、さらに巨大な大仏が立ち上がる。全員をまとめようとする加藤と独断専行の玄野が対立しかけるが、岸本の言葉で一致団結して反撃を開始する。

残り時間が30分となり、一同は二手に分かれて行動を開始。玄野と聖は、生きて帰れたら付き合うことを約束していた。一方、加藤は無残なホームレスの死体を見て、自分が帰ろうとしている世界の価値に疑問を抱く。

剣、毒液、レーザーと千手観音の攻撃は容赦ない。加藤をかばった岸本が死に、玄野も片手、片足を失い重体に陥る。取り乱す聖に加藤は、「命さえ落とさなければ五体満足でガンツの部屋に戻れる」と言った。

玄野ただ1人がガンツの部屋に生還した。最後は加藤が敵と相打ちになっていたのだった。その数日後、玄野が加藤や岸本、聖たちと過ごした日々を回想しているとまたもや転送が始まるが、もはや戦意は喪失していた。

今回の標的としてガンツの球面に映し出されたのは玄野の写真、その名も「玄野星人」だった。玄野は焦りながらも、戦いに備えてスーツを着るよう住人たちを促す。一方、梶浦と室戸は住人たちの皆殺しを企てていた。

玄野を玄野星人として始末しようとする梶浦と室戸は、玄野を信じようとするみかを人質に取る。玄野の目には、みかの姿に死んだ岸本が重なって映っていた。そして一瞬の隙をつき、玄野はみかを連れて逃げ出す。

梶浦と室戸が殺人狂としての本性を露わにし、佳乃が最初の犠牲者となった。いったん身を隠した梶浦と室戸にはガンツが用意したさまざまな武器が与えられた。玄野らは、2人が逃げ込んだ斎場に向かい…。

激闘の末、生き残ったのは玄野、みか、室戸の3人。梶浦を倒した玄野のスーツには限界が来ていた。生きて帰るため、みかは渾身の力を振り絞って室戸に立ち向かうが、室戸にかなうはずもなく致命傷を負ってしまう。