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上山高校アニメーション同好会のあおい、絵麻、しずか、美沙、みどりは、将来共に商業アニメーションを作ろうとドーナツに誓った。2年半後。あおいは、アニメーションの制作進行として、精一杯駆け回っていた。

4話の制作状況が逼迫したため、慌てたあおいは、3話作画監督の遠藤に助けを求め、何とか承諾を得る。また、4話のダビングに出向いたあおいは、監督と演出家のリテイクに対する応酬を目の当たりにする。

あおいは4話作業に加えて、9話進行も任されている。彼女は不慣れな作業に戸惑いつつ、一つずつ整理して進めていく。しかし、デスクの本田に状況を問い詰められると、パニックに陥り、矢野に助けてもらう。

しずかは人生初のオーディションへの道中、怪しげなセリフを小声で練習する。また、彼女がアフレコスタジオ内で待機していると、超売れっ子声優の姿が見えた。同じ役を受けるという事実に、さらなる重圧を感じる。

太郎は、遠藤が怒っている原因をあおいに語り出す。事の発端は作画で描かれるはずの見せ場カットを、監督が「3Dに変更しようか」と言いだしたことだった。この件は太郎から、担当の遠藤へ伝えられていた。

遠藤との一件は、あおいが担当する話数にまで影響を及ぼした。あおいは手の打ちようがなくなり、ついにデスクの本田に相談する。監督判断となるが、その監督がスタジオを抜け出してしまい、事態は進展しない。

郷里から姉がやって来ることになり慌ただしいあおい。そんな中、彼女は同じ制作進行の先輩・落合が退職するという知らせを聞く。あおいはショックを受け、複雑な気持ちのまま、絵麻の原画の回収を行った。

落合の退職がきっかけとなり、自分に夢があるのか考え始めたあおいだが、とにかく原画の回収に赴いた。立ち寄った瀬川の自宅で雑談の最中に彼女は、以前絵麻に対して厳しいことを言った瀬川の真意を聞くことにした。

武蔵野アニメーションの面々は、木下監督がいつまで経ってもコンテを上げてこないため、業を煮やす。あおいは納品までの期日を思い、頭を抱えてしまう。同じ頃、CG会社に勤める美沙も悩みを抱えていた。

民族楽器の素材を音響スタジオに届けに行ったあおいは、そこで引っ張り込まれ、強制的にハイヒールを履かされることになった。突然の事態に驚くあおいだったが、効果音を録るために必要なことだと説明される。

納期が迫る中、最終回の原画をアニメーターに振り分けるあおい。ところが、難度の高い数カットが撒き切れなかった。そこであおいは、ほかの制作会社の前に張って原画マンを捕まえるという手段を取るが…。

あおいは必死の思いで菅野の元に赴いた。ところが、彼女は自分が菅野のことをほとんど知らないまま原画を依頼したことは失礼だったと思い始める。謝罪する彼女に対して、菅野はあるアドバイスを送る。

武蔵野アニメーションは「第三飛行少女隊」を手掛けることになった。あおいは、渡辺プロデューサーから伝えられた内容と、それに伴うプレッシャーに頭を抱えてしまう。だが、意を決した彼女は監督の木下に会う。

一癖も二癖もある人間が参加し、「第三飛行少女隊」のオーディション会議が行われる。芝居とは関係のない部分で、それぞれがゴリ押ししようと躍起になり、会議は大紛糾。そんな中、音響監督が事態を収拾する。

新人の入社式を終え、「第三飛行少女隊」も本格的に始動する。そんな中、あおいもデスクとして、慣れないながらも必死に立ち回ろうとする。新人の安藤と佐藤もそれに立ち会い、仕事を覚えていくことになった。

キャラクターデザインに対し、原作者がダメ出しをしたため、ショックを受ける井口。検討会を開いても、原作者の注文は具体性に乏しく分かりづらい。修正作業に取り掛かるが、あおいは、四苦八苦してしまう。

「第三飛行少女隊」アニメ化の話が世間に出始め、武蔵野アニメーションの面々は沸き立つ。だが、そこに立ちはだかったのは、プロモーションビデオの制作だった。本編の作業と同時進行のため、佐藤、安藤も動く。

「第三飛行少女隊」のアフレコが始まるが、主人公役の鈴木は、緊張のため自然な芝居ができず居残ることになった。張り詰めた様子が抜けない鈴木だったが、音響監督・稲浪の巧みな誘導によって乗り切る。

立て続けに起こる問題に、あおいはパニック寸前となる。そんな彼女に、手を差し伸べたのは復帰した矢野だった。彼女はまず、スタジオタイタニックへ赴く。強引にタイタニックのヘルプになった矢野は奮闘を見せ…。

武蔵野アニメーション一同は「第三飛行少女隊」最終話の脚本に悩む。原作の展開も見えず、脚本家の舞茸はいら立つ。会議では、この物語が帰結するテーマは、みんなの信条と同じではないかということに行き当たる。

「第三飛行少女隊」のあるカットで、美沙の会社が3DCGパートを引き受けた。さらに同カットに絵麻が携わることになり、共同作業となる。そこで美沙はカットの参考として、絵麻、しずかと共に遊園地に足を運ぶ。

「第三飛行少女隊」も佳境に入り、さらに多忙を極める武蔵野アニメーション。そんな中、あおいは最終話の作監補を絵麻に任せたいという井口の提案を聞く。あおいは喜ぶが、絵麻は自信がなく消極的だった。

武蔵野アニメーション史上最悪の緊急事態に直面し、渡辺と葛城が夜鷹書房へと駆け込む。だが、必死の粘りも、編集長と茶沢には届かない。武蔵野アニメーションの面々は、作業をストップせざるを得なくなり…。

「第三飛行少女隊」の制作が終盤を迎えた。みんなは一致団結して、この苦境に立ち向かう。また、あおい、絵麻、しずか、美沙、みどりの5人は、それぞれが懸命に夢を追い、高校時代の約束に近づいていた。