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東京都羽田、大鳥居にある「セハガガ学園」に通うことになったドリームキャスト、セガサターン、メガドライブ。お気楽な学生生活を始めようとするが、現れたのは姿を見せない謎めいた先生で…。

「セハガガ学園」に通うドリキャス、サターン、メガドラ。初の授業で「バーチャファイター」の世界に入るが、卒業に必要な単位メダルを獲得するには“100人組手”に勝利しなければならないという。

簡単に卒業できると思っていた「セハガガ学園」の授業が意外と大変なことに気付き始めたドリキャス、サターン、メガドラ。気が早いと解かりつつも、卒業後について語り合う。

卒業単位メダル獲得のため「スペースチャンネル5」の世界に入ったドリキャス、サターン、メガドラ。モロ星人に捕らわれた、センター先生の仲間を助けるべく、うららと一緒にダンス勝負に挑む。

今日も卒業単位メダル獲得のため、課題に挑むドリキャス、サターン、メガドラ。ところが今回はゲームの世界に入るのではなく、少し趣向を変えるとセンター先生。

ドリキャス、サターン、メガドラが不可思議な授業に慣れてきたころ、センター試験が行われる。試験の内容は「ボーダーブレイク」の世界で、ブラストランナーに乗り、コアを破壊してくるというもの。

センター試験を受けていたドリキャス、サターン、メガドラの３人は、突如現れたDr.エッグマンにシステムを乗っ取られ「ボーダーブレイク」の世界に閉じ込められてしまう。

もうすぐ「セハガガ学園」の文化祭。全員何かの出し物に参加するよう言われ、意見を出し合うドリキャス、サターン、メガドラ。

課題ゲームは「チェインクロニクル」。初めてのRPGに意気揚々とするドリキャス、サターン、メガドラ。ところが、いつものモニターではない入口を見た途端、3人のテンションが…。

インラインスケートで街を駆け巡り、トリックを決め、グラフィティを描くゲーム「ジェットセットラジオ」。その世界に入ることになったドリキャス、サターン、メガドラの3人は…。

センター先生から、今回の課題は『シャイニング・フォース クロスエクレシア ゼニス』と『ファンタシースターオンライン2』を一度に2つだと告げられた、ドリキャス、サターン、メガドラ。

順調に単位メダルが貯まり、そろそろ卒業が見えてきたある日、ドリキャス、サターン、メガドラの前に“ブラックアソビン”と名乗る敵が現れる。

卒業式。ドリキャス、サターン、メガドラが待ち望んでいたこの日。滞りなく式が開催され、無事卒業できるはずだった。しかし、3人はセンター先生から驚愕の真実を告げられる。