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枸雅匡平は故郷の空守村を離れ、東京で平凡な大学生活を送っている。彼は同じ学部の史場日々乃に告白しようとするが、うまくいかずに酔い潰れてしまった。その帰り、2人はエレベーターで惨殺体を発見する。

詩緒たちが、玖吼理という案山子の操縦訓練を川岸で行っていた。同じ頃、大学の真・科学部部室で爆発事件を起こし、空張久羽子と部員が気を失う。爆発音に気づいた詩緒は、玖吼理を操縦して2人の救助作業を始める。

阿幾は工作員に拘束されたが、再び村から逃走。日々乃に連れられ街に出かけた詩緒は、玖吼理でまたひと騒動を起こす。一方、逃げだして匡平と会っていた阿幾は、日々乃を引き合いに匡平の気持ちを逆なでする。

勾司朗と阿幾の戦闘に巻き込まれた久羽子は、案山子のことを聞き出すため倒れている阿幾を自宅に連れ帰った。久羽子の部屋で阿幾と鉢合わせた匡平は、過去の出来事に触れられ、日々乃の前で怒りを露わにする。

玖吼理と武未禍槌の激闘により、2体の案山子は大きな損傷を負ってしまう。案山子は空守村でしか修理できないため、玖吼理を連れて匡平たちは村へ向かう。一方、詩緒にそっくりな男の子・桐生も日向家に戻った。

案山子を修理する器師・靄子のもとに、玖吼理と同じく武未禍槌も修理に出されていた。詩緒は桐生が双子の弟だということを知る。一方、日向家で虐待を受けていた桐生は、勾司朗のもとに相棒として引き取られる。

日々乃に空守村の過去を語り始める匡平。村へ赴任してきた女教師の千波野は孤独な阿幾と親しくなった。しかし、腹違いの兄弟・篤史が執拗に千波野に絡み、彼女は村の掟に逆らう者として孤立する。

詩緒たちは初めての海を楽しみにペンションにやってきた。しかし、あいにくの嵐で雨漏りしたり建物が崩れたりで、結局、玖吼理を操って救助活動をする羽目になってしまう。後日、図書館で日々乃は阿幾に遭遇する。

靄子が案山子のメンテナンスをしに東京に来た。一方、久羽子は案山子を調べているうちに空守村へとたどり着き、同居中の阿幾を問いただす。一方、匡平は詩緒と桐生のことを考え、勾司朗を通して仲直りを目論む。

詩緒と桐生の仲直りの場に、まひるが禍津妃を操って乱入。彼女は匡平以外を敵視し傍若無人に振る舞う。まひるとの関係を勾司朗から聞かれた匡平は、過去に阿幾、まひると3人で謎の案山子に遭遇した出来事を話す。

日々乃が匡平の彼女だと阿幾から聞き、激高するまひる。 何も知らない日々乃は、靄子との買い物途中、突然まひるにさらわれた。慌てる匡平たちの前にまひるが現れ、匡平に村へ一緒に帰るよう懇願するが…。

久羽子は、日々乃が誘拐されたことに気づいて助けにきた。しかし、その場にいた平城との過剰なやり取りのなか、銃を撃ってしまい、そのまま現場から逃走する。そして、日々乃の前に再びまひるが現れた。

「日々乃は俺のものだ」と口走った匡平。日々乃を助けようと、暴走する禍津妃に飛び移った。一方、戦いのなか、玖吼理が突然詩緒の命令を聞かなくなった。玖吼理は今まで圧倒されていた禍津妃を追い込み…。