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無人の宇宙ステーションで長い眠りから目覚めたネムリユスリカのミッジ。自身が過酷な実験のために宇宙ステーションに連れてこられたと知り動揺するミッジは、コオロギのハカセとクモのマルボにあることを頼まれる。

何とかハンプティを撒いたミッジたちは、宇宙ステーションからの脱出へと動き始める。補給船が残っている可能性に賭け、船の発着所へと向かうが、その行く手にはカエルのゲロッパたちが待ち構えていた。

ゲロッパたちの動きを封じ、最上階へたどり着いたミッジたち。何とか補給船の近くまで着くが、扉には鍵がかかっておりパスワードが必要だった。ハンプティの攻撃を退けながらパスワードを探すが…。

ストークで地球に向かうミッジたち。マルボが備蓄されていた食料に不満を言っていると、突如宇宙空間に宇宙食のタコ焼きが漂流してくる。ミッジはハカセが改造したロボットに乗り宇宙空間に出るが…。

磁気嵐により一面砂漠の星に不時着したミッジたち。ストークが動かない原因を探るためそれぞれオペレーションボットに乗って船から出るが、砂嵐に飲まれ遠くに飛ばされてしまう。さらに天気が急変し…。

エレンと名乗るミツバチの少女は、地球から惑星E2に移住してきたパスファインダーの生き残りだった。地球に帰ろうというミッジに対し、エレンは地球には絶対戻らないと対立。そこへ突如イトーとカトーが現れ…。

プランツバスターとの戦いでけがを負ったエレンは、ストーク内で地球の本当の姿を知る。さまざまな地球の姿を語るミッジとストークに残っていた写真から、エレンは共に地球に行くことを決心する。

エレンと共に再び地球を目指すミッジたち。しかし、人工ブラックホールにストークごと飲み込まれてしまった。不思議な空間で目覚めた4人はクマムシのワンと出会い、ブラックホールがゴミ処理施設への入口だと知る。

動かなくなってしまったストーク。原因は船に忍び込んだ電クイ虫だった。システムを落として急場をしのぐが、このままではストークを動かすことができない。そこへマルボが「自分に退治させてほしい」と名乗り出る。

虫たちを追いかけ宇宙をさまよっていたゲロッパたちは、ブラックホールに飲まれてゴミ処理場にたどり着いた。ゴミ溜めの中でストークを発見し、乗り込もうとしていたところに、突如資源回収ロボットが襲いかかり…。

地球を目指して進むミッジたち。途中、航路上に稼働停止した宇宙ステーションを発見する。中に取り残された実験動物がいるのではと考え、一同はオペレーションボットで宇宙ステーションへと降りる。

ネズミに捕らえられたミッジたちは、謎の植物施設へ連れて行かれた。ネズミたちは電気を生成する実験に虫たちを利用しようと考えていたのだ。人間のいない施設で実験を続ける意味はないとミッジたちは説得するが…。

ネズミからは逃れられたものの、ゲロッパたちに見つかってしまったハカセたち。エレンの活躍により一度は逃げることができたが、ネズミたちのいる実験室で再び見つかってしまう。万事休すと思われたが…。

宇宙ステーションから脱出したミッジたち。再び地球を目指して進んでいると、ストークの外壁に異常を発見する。ミッジとハカセが修理をしていると、突如飛んできたスペースドローンがハカセに衝突してしまい…。

バグバスターを倒しセタグ種子貯蔵庫に入ろうとしたミッジたちだが、保管室までの通路にはレーザーセンサーが張り巡らされていた。4人は何とかそこをくぐり抜けたが、突然通路に壁が下りてきて閉じ込められる。

クレバスに落ちてしまったホセを救出するため、クレバスに入るミッジ。無事ホセと合流し地上に戻ろうとしたその時、地上で氷の火山が噴火して、ミッジとホセはクレバスの中に閉じ込められてしまう。

ホセとクラウディアを送り届けるため、プラネットロカのプランツドームにたどり着いたミッジたち。ところが、ドームからの応答が一切ない。ドーム内の監視カメラへアクセスし中の様子を確認すると…。

ハカセとワンが調べた結果、「negum13」は酸素に触れると永久に膨張し続ける危険な物質だと判明。ミッジは「negum13」が落ちていたマザーツリーを調べようというが、エレンとマルボがそれに反対し…。

マザーツリーに見せかけられていた謎の金属の塔の中に入ったミッジたちは、桃色の物体が貯蔵された部屋を発見。部屋の周囲を調べていると、突然「スケルトンB」と名乗る虫のようなロボットが現れる。

プランツドームの面々に別れを告げ、地球へと向かうミッジたち。ワープトンネルを使うためにスペースハイウェイ「エプシロン」へとたどり着くが、トンネルのゲートが閉ざされており、先に進むことができず…。