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日本人とフランス人のハーフ･土萌羊が、天体の専門知識を学ぶ「星月学園」に転校してきた。彼には、アメリカで天文の研究をするという夢がある。そして、どうしても会いたい人に会うための転校でもあった。

羊の転校から1カ月。七海哉太、東月錫也、そして学園唯一の女生徒･夜久月子たちと、天体観測を楽しんでいた。充実の学園生活だが、羊はこの生活の日々が終わりに近づいていることを感じていた。

星月学園に入学してきた天羽翼。入学式に向かう途中、いとこの木の瀬梓と偶然再会する。互いに驚くも、梓は翼の笑い方が変わっていないことを懐かしむ。さらに入学式では、翼が生徒会の会計係に任命される。

戸惑いつつも、生徒会のメンバーと打ち解ける翼。しかし、発明好きの翼が何度も爆発事故を起こしてしまい、生徒会室での発明実験が禁止されてしまう。落ち込む翼を心配する一樹は、あるサプライズを思いつく。

小さい頃から体が弱かった哉太。いつの近くにいてくれる月子や錫也は、心から大切に思っている仲間だった。哉太は病弱の体をおして、仲間たちを守るため、無茶なケンカにも明け暮れるようになった。

入学式の日、月子は哉太と錫也とはぐれてしまう。月子を必死に探す2人。そこに一樹に案内されて月子が戻ってくる。緊張の面持ちを見せる月子。学校で唯一の女生徒であることに怯えていたのだった。

幼い頃、一樹は両親を見送るとき、なぜだかは分からなかったが、奇妙な不安感を覚えていた。そして、両親は事故で亡くなってしまう。一樹は両親の死を止めることができず、自己嫌悪するようになった。

恩師･天羽英空の勧めで星月学園に入学した一樹。屋上の庭園で星を眺めながら一樹は、自分の力で学園の生徒、大事な仲間たちを守るためにある決意をする。そして英空の言葉をきっかけとして、生徒会長になる。

生徒会室に作られた和室で、一樹は金久保誉がたてたお茶を飲み、穏やかな時間を過ごしていた。そこに、突然、白銀桜士郎がやってくる。誉は、一樹と桜士郎のやりとりを眺めながら、2人と出会った頃を思い出す。

男ばかりの弓道部員に囲まれて頑張っている月子を見守る誉。いつか、月子の心が壊れてしまうのではないかと、どこかで不安を感じていた。そんなある日、疲れて倉庫で眠っていた月子を見つけて…。

水嶋郁にとって、恋愛はゲーム感覚。優しいことをかけたり、興味をなくして突き放したり、そんなことを繰り返していた。そんな郁の前に星月琥太郎が現れ、星月学園の教育実習生になることを勧める。

郁には双子の姉･有李がいたが、幼い頃から病気で苦しんでいて、長くは生きられないと言われていた。そんな有李を守ってきた郁と琥太郎。しかし、病の進行は止まることなく、ついに2人の前から去ってしまう。

錫也は、幼馴染みの哉太と月子を守ることを、一番大切なことだと思っている。幼い頃から、不器用ながらも献身的に2人の笑顔を見守ってきた錫也。そんなある日、2人の兄貴分という人物が現れる。

仲が良い錫也と哉太、そして月子は三人揃って星月学園に入学。部活や生徒会など、忙しい日々を送っていく中、三人の関係が徐々に変化していることに気付く錫也。そんなとき、羊が星月学園に転校してくるのだった。

教育に対して情熱を持つ陽日直獅。星月学園の教員になり、天文科の担任を受け持って1年が経った。生徒にも慕われ、充実の日々を送っている。そして文化祭ではクラスで喫茶店を開くことになり、準備に奔走する。

出店する喫茶店の準備が終わり、一息つける文化祭の前日。直獅は生徒たちと食道でゆっくりと食事をとっていた。外はいつの間にか強い雨が降り出している。そこで錫也は、教室の窓が開けっ放しだったことを思い出す。

世界的に有名なピアニストを両親に持つ青空颯斗。兄も姉もピアノの才能があったが、颯斗はなかった。家にいると孤立感が高まっていき、ある日、家から逃げ出すようにして、星月学園に入学する。

星月学園に入学した颯斗は、生徒会長の一樹に無理矢理、生徒会のメンバーに組み込まれてしまった。そして、生徒会の仲間たちやクラスメートたちと過ごしていくうちに、新しい自分の一面を見つけることができた。

星月琥太郎は14歳のとき、姉の琥春によって郁と有李と引き合わされた。琥太郎は突然の出会いに戸惑うも、次第に2人が大切な存在になっていった。しかし、有李は生まれたときから心臓に疾患を持っていて…。

有李の病気を治すため、医者を目指すようになった琥太郎。郁と有李と三人で過ごす時間が心地良く、そんなひと時がずっと続いて欲しいと願っていた。しかし、琥太郎は有李から思いがけない言葉を聞くことに…。