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葦中学園高校の屋上で、シロこと伊佐那社は１匹の仔猫と共に昼食をとっていた。昼食後、クラスメイトのククリから学園祭の買い出しを頼まれたシロは街へと向かうが…!?

シロの前に現れた夜刀神狗朗と名乗る少年は不思議な体術を使い、シロの窮地を救ってくれたかにみえた。だが、彼もまた身に覚えのない理由でシロを殺そうとする。シロは彼から逃げ出すが…!?

一時休戦してシロの部屋で朝食を取っているシロとクロ。それに謎の美少女、ネコ。シロはそこで《王》と呼ばれる超常の存在と彼らが率いる異能集団（クラン）の話を聞かされる。

シロを7人の《王》のひとり、《無色の王》と呼ぶクロ。十束多々良殺害事件の濡れ衣が晴らせない場合は彼に斬られてしまう。その頃、《青のクラン》と《赤のクラン》はそれぞれシロの手がかりを得て…!?

アリバイを証明できたシロだったが、自室のクローゼットの奥に、返り血がついたワイシャツを発見する。シロは動揺を隠し、クロやネコと共に文化祭の買い出しのため街に出る。

《赤のクラン》、《青のクラン》は共にシロの存在を確認することができなかった。シロもまた自分の身元に疑問を抱いていく。一方、その頃、バー“HOMRA”に「セプター4」副長、淡島が訪れる。

どんなに探しても自分の過去を証明できないシロ。クロと連れ立って実家を訪れるが、そこにはスタジアムが建っていた。伊佐那社という人間は存在しなかったのかもしれないと呆然とするシロ。

ネコによる術を解かれ、シロは自分の記憶と向き合う。蘇ってきたのは、ネコとの出逢い、そして高笑いする謎の男に飛行船から突き落とされる場面だった。そして3人は「青の王」宗像と接触を試みる。

シロの提案に応じた「青の王」宗像は、飛行船の男こと「白銀の王」アドルフ・K・ヴァイスマンの身柄を拘束しようと動く。しかし、「白銀の王」は自ら飛行船を爆破し、墜落させた。

「青のクラン」の独房に入る「赤の王」周防に、謎の人物から接触があり、十束を殺したのは自分だと煽る。周防は独房を脱出すると、赤のクランこと「吠舞羅」を率いて葦中学園島を占拠するのだった。

葦中学園島を占拠する「吠舞羅」、島と陸を結ぶ橋に控える「セプター4」は互いの出方を待ちながら、一触即発の空気のまま一夜を過ごす。しかし翌朝、突如爆発が起こり、2つの勢力は衝突してしまう。

激化する赤と青の抗争。そして、ついに周防と宗像の決闘が始まる。一方、ククリの中に潜む「何か」によって精神干渉を受けたとき、シロは謎の光に包まれ、茫然自失状態に陥ってしまう。

「白銀の王」としての記憶と力を取り戻したシロは、ネコの協力の元、学園の生徒はもちろん、赤と青のクランズマンたちも学園の外へと誘導。クロと共に、暗躍する「無色の王」と決着をつけんとする。