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都立程久保高校2年の川島みなみは、入院した親友・宮田夕紀の代わりに弱小野球部にマネージャーとして入部する。みなみは無謀にも野球部を甲子園に連れて行くと宣言するが、何をすればいいのか見当もつかない。

程高野球部のマネージャーになったみなみだが、選手1人1人のことがわからずコミュニケーションを図れずにいた。さらに、エースピッチャーの浅野が練習に顔を出さないのに、監督の加地は何も言わないのだった。

試合と合宿以外は現れなかったエース・浅野が秋季大会をきっかけに気持ちを入れ替え練習に参加するようになった。その姿に触発され、部員たちも練習に熱が入る。みなみはチームがひとつになったように感じるが…。

みなみを中心とするマネジメントチームが作った新たな練習方法に、野球部員たちは実戦を積むなかで確かな手応えを感じる。一方で、他の部員たちとの差が開いていくばかりの補欠の二階は、ある一大決心をする。

加地が提案したイノベーション「ノーバント・ノーボール作戦」を実戦で試すため、二階が組んだ練習試合とは、大胆にも甲子園大会を経験している大学生との対戦だった。みなみはこれを夕紀に報告しにいく。

3年生になったみなみたちは甲子園出場を懸けた最後の夏までの期間を有効に使うため、「ノーバント・ノーボール作戦」にポイントを絞った練習を始める。そんな程高野球部に新入生たちの入部志願者が殺到するが…。

夏の甲子園出場を懸けた予選が始まる。みなみたち程高野球部とマネジメントチームがこれまでしてきたことの成果が実を結ぶ時が来た。その1回戦で、加地は長い予選を勝ち抜くために大胆な作戦をナインに示す。

甲子園出場を懸けた予選の準決勝。相手はプロ球団も注目する本格派のエース・加藤を擁する甲子園の常連校・修北だ。試合前日、思わず神頼みをしにいくみなみだが、そこで日課のトレーニングをこなす星出と会う。

決勝戦の前日、みなみたち野球部員は夕紀の入院する病院にいた。夕紀の母・靖代は、これまで夕紀がどれだけ病気と闘ってきたかを切々と説く。そして決勝戦の日、程高野球部に最大の危機が訪れようとしていた。

この決勝戦に勝てば、夕紀が願っていた程高野球部の甲子園出場が決まる。みなみが声援を飛ばすなか、エースの浅野がピンチを乗り切った。1点リードされた9回裏ツーアウト。次郎が歩かされ、打席には祐之助が立つ。