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高校3年の阿良々木暦は、階段を踏み外して落ちてきた同級生の戦場ヶ原ひたぎを助ける。そんな何気ない行動から彼女の意外な秘密を知ってしまった暦は、ひたぎから秘密をばらさないよう強烈な口止めを受ける。

阿良々木暦は戦場ヶ原ひたぎを連れて廃ビルに向かい、ここに住む怪異に精通した謎の流れ者 ・忍野メメに相談する。メメは｢勝手に助かるだけ｣とうそぶくが、暦とひたぎに怪異を除くためのアドバイスを与える。

母の日に妹と言い争いをしてしまった阿良々木暦は家に居づらくなり、ひとり見知らぬ公園でたたずんでいた。偶然その場を通りかかった戦場ヶ原ひたぎは、暴言と共に、暦にある申し出をするのだが…。

高校生の阿良々木暦は「怪異」に関わった少女たちと出会うと、それらの事件を解決していた。暦と戦場ヶ原ひたぎが公園で出会った少女・八九寺真宵は、迷子になって目的地にたどり着けないと言う。

阿良々木暦は「怪異」に関わった少女たちと出会い、事件を解決していく。八九寺真宵が、母親の家にたどり着けないのは、やはり怪異が関係していた。一方、戦場ヶ原ひたぎは、暦に驚くべき事実を告げる。

高校生の阿良々木暦は「怪異」に関わった少女たちと出会うと、それらの事件を解決していた。弱小バスケ部を全国大会に導いた校内一のスターである女子生徒・神原駿河。暦はなぜか彼女からストーキングされていた。

校内一のバスケ部のスターである女子生徒・神原駿河。そんな彼女が暦にストーキングするようになる。その背景には、ヴァルハラコンビを組んでいた中学時代の先輩・戦場ヶ原ひたぎへの想いにあった。

神原駿河から戦場ヶ原ひたぎへの想いを聞いた阿良々木暦は、彼女に取りついた怪異を払うため、忍野メメのもとを訪ねた。しかし、神原を助けたいという暦に対し、忍野は残酷な事実を話し始めるのだった。

阿良々木暦は、忍野メメから町はずれの神社にお札を貼ってくるよう依頼される。暦が神原駿河と共に神社へ向かったところ、境内で視界に飛び込んできたのは、5等分に切断された何匹もの蛇の死体だった。

神社で阿良々木暦とすれ違ったのは、不審な少女・千石撫子だった。彼女は妹の同級生で、暦とも面識があった。蛇の呪いをかけられてしまった彼女を救うため、暦は忍野メメの力を借りるのだが…。

神社で蛇の呪いをかけられてしまった千石撫子を何とか救った暦。校門の前で、この間のお礼にきたと言う千石撫子とマニアックな会話を繰り広げる暦。そこを羽川翼が通りかかり、急に頭痛を訴える。

阿良々木暦が「怪異」に関わった少女たちと出会い、事件を解決していた。ある日、暦は戦場ヶ原ひたぎから初デートを宣言される。念願がかなった彼は待ち合わせ場所に来るが、待っていたのはひたぎだけではなかった。

「怪異」に関わった少女たちを助け出している阿良々木暦。ある日、原因不明の頭痛に苦しむ羽川翼から呼び出された暦は、翼が待つと言う公園に駆けつけた。そこで彼女の身に起きた異変を知ることになる。

原因不明の頭痛に苦しむ羽川翼。翼に呼び出された暦は、翼に起きた異変を知る。暦は翼を救う方法を見いだすため、2人で忍野メメを訪れるが、メメはなぜか煮え切らない態度を示す。暦はある事実を打ち明けられ…。

羽川翼の頭痛を直すため、暦は忍野メメのもとにやってくる。だが、メメは不自然な態度を取る。その原因は、忍野忍の家出にあった。暦は八九寺、神原、千石らと共に忍を捜すが、見つけることができず途方に暮れる。