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悪魔祓いの任務で建物を破壊してしまったロゼットに、今日もシスター・ケイトの小言が炸裂する。次の任務に出動したロゼットとクロノは、ニューヨーク港で貨物船を乗っ取った魔物と対決するが…。

悪魔を封印した試作の弾丸を拳銃ごと紛失してしまったロゼット。シスター・ケイトに内緒で探そうとするが、銃はすでに悪魔の手に渡っていた。新たな力を得た悪魔によりロゼットが危機を迎え、クロノに異変が起きる。

地上代行者・アズマリアを保護するため、ロゼットとクロノは悪魔崇拝者・リカルドの経営するホテルに潜入。そこで見かけたのは黒服を着たリカルドと契約した子爵・レライエ。彼はクロノとも因縁のある悪魔だった。

一度はマグダラ修道会に保護したアズマリアがレライエにより連れ去られてしまい、クロノも重傷を負う。アズマリアを奪還すべく、ロゼットは自らの命を削ってクロノの封印を解くことを決意する。

ヨシュアの捜索を禁じられたロゼットは、レミントン牧師の提案で修道騎士にランクアップするための試験を受けることになる。しかし、試験のため悪魔が放たれた訓練場には、アズマリアの姿があった。

マグダラ修道会に所属する問題児シスターのロゼットは修道騎士となり、最初の任務はマフィアによって密輸された怪物の確保だった。その現場でロゼットは、宝石を晶喚する対悪魔専門の賞金稼ぎ・サテラと出会う。

聖書に記された異変と共に、パンデモニウムにつながる封印が解き放たれた。そして再び封印しようとセントラルパークへ出動したロゼットたちの前に、地上代行者・アズマリアを狙うアイオーンが現れる。

レミントン牧師の迎えに呼び出され、ロゼットは喜び勇んでグランドセントラル駅へと向かった。しかしそこには、アイオーンの命を受けロゼットを連れ去ろうとする罪人・リゼールのわなが待ち受けていた。

全ての始まりとなった場所であるセブンスベル孤児院にアズマリアを案内したロゼットは、過去の出来事を語り始める。ロゼット、ヨシュアとクロノの出会い。それは穏やかな日々のように思えたのだが…。

それは4年前。病弱な自分がロゼットの負担になることを苦にするヨシュアの前に現れた、罪人・アイオーン。ロゼットは、クロノの尖角を与えられその「力」を暴走させるヨシュアを止めるため行動に出る。

ニューヨークでは、マフィアたちが黒い犬の姿をした巨大な獣に襲われる事件が発生していた。ロゼットはエルダーの開発したモンスターマシンと、サテラの晶喚獣の力を借りてこのブラックドッグを追う。

ついにヨシュアの手掛かりを掴んだロゼットは旅立ちを決意。仲間たちの願いもあって、クリスマスまではニューヨーク支部で過ごすことになる。それは、アズマリアにとって初めての楽しいクリスマスだった。

ロゼットたちは、ヨシュアが目撃されたサンフランシスコへ向かう列車に乗っていた。しかしその車内でも、アイオーンの歓心を得ようとする罪人・リゼールが、再びロゼットを狙ってわなを張りめぐらせる。

ロゼットたちはついに西海岸に到着したが、クロノが熱を出して倒れてしまう。そこで一行はサテラの別荘で世話になることに。ロゼットはクロノの熱を下げる方法を求め、サンフランシスコの町を奔走するのだが…。

サテラの別荘を訪れたのは、罪人たちを追う公爵デュフォーだった。彼はアイオーンを倒すため、ロゼットたちとの共闘を申し出た。そして、マグダラの中央評議会から決断を委ねられたロゼットは、回答を口にする。

悪魔と手を組むことに反発するサテラは、1人で依頼を受けて郊外にある悪魔崇拝者のアジトへ乗り込み、そこでわなに落ちてしまう。その目の前で行われた召喚の儀式によって現れたのは、アイオーンだった。

公爵デュフォーと共に闘う準備を整えたマグダラ修道会サンフランシスコ支部の部隊が、アイオーンのアジトを襲撃。しかしそこにアイオーンの姿はなく、罪人・ジェナイとヴィドが彼らを待ち構えていた。

罪人との戦いに疲弊したマグダラ修道会が体勢を立て直している間、ロゼットたちも休息を命じられた。それぞれに悩み、いら立つロゼットたちを心配したアズマリアは、みんなをカーニバルに誘う。

祭りの夜、ヨシュアはロゼットの前に姿を現したが、彼はロゼットの銃からアイオーンをかばって力を振るった。なす術のないロゼットの前で、アイオーンはついにその真のたくらみである「贖罪の儀式」を執り行う。

罪人たちを退けたが、クロノとヨシュアの戦いの余波で町は破壊され、ロゼットはアイオーンの手に落ちた。失意のなか、「魔界」の首の記憶を感じ取ったアズマリアの口から、神と悪魔の真実が明らかとなる。