スターシップ・オペレーターズ【アニメ】の動画配信サービス比較と無料で全話視聴する方法

惑星国家・キビの新造宇宙戦艦・アマテラスは、防衛大学生による試験航海を行っていた。航海が終わりに近づいた頃、キビに対し強大な軍事力を誇るヘンリエッタ星域惑星国家同盟（＝王国）が突如、宣戦布告する。

王国との初戦で勝利を飾ったアマテラスは、キビ前総理・間宮タツマを迎え、亡命国家として活動することに。今後の方針や破損箇所の修理などの問題を抱えながらも、彼らは惑星・フェニキアへ向かうが…。

初戦に続き勝利を収めたアマテラスだったが、同時に初の戦死者が出たため、艦内には動揺が広がっていた。その頃、王国では無視できない存在となりつつあるアマテラスへの対策が協議されていた。

王国の揺さぶりにより、動揺が広がっていたアマテラスだが、サンリが銀河ネット生中継で行ったタカイへの告白により落ち着きを取り戻す。心理工作に失敗した王国は、次なる潜航艦・アブキールを差し向ける。

アマテラスは生活物資を補給するため、王国に対抗する惑星国家・シュウを訪れる。シュウ政府は快くアマテラスを迎え、シノンたちを歓迎式典に招待する。一方、キスカたちは政府主催のレセプションへ向かうが…。

シュウで突如クーデターが発生し、クルーはばらばらになってしまう。シノン、ミユリ、アレイ、ディータはアマテラスへ戻るため、ジープで軍事基地へ向かう。その頃、タツマはシュウ大統領・ラウと対峙していた。

レンナを失った悲しみも冷めやらぬうちに、アマテラスはシェンロンと共に王国艦隊4隻に立ち向かうことに。シノンは2対4という不利な状況で勝つための作戦に頭を悩ませていた。コウキはシノンに声をかけるが…。

ついに艦隊戦が始まる。アマテラスはシェンロンを待機させたまま先行し、レイテとマリアナがアマテラスに向かう。するとシェンロンが突如作戦と異なる行動を始めるが、それを見たシノンはあることを指摘する。

アマテラスが生死をかけたワープで行方をくらました直後、艦隊のもとに王国最高会議議長が死亡したという緊急連絡が入る。ヘルマンは急いで王国へ帰艦指示を出すが、エルロイはアマテラスのことが気になっていた。

地球へ降り立ったタツマは、地球連合議会で演説をするため、旧知の間柄である川路議員と共に会議場へ向かう。アマテラスは補給と修理のためにAGI本社のある惑星・パルミアに到着し、AGIはパーティを開催するが…。

王国の襲撃でコウキを失い、さらにAGIからも退去を求められ、王国艦5隻との戦いに赴くアマテラス。圧倒的に不利な戦いを前に作戦を立てたシノンは、ピーターに戦闘のライブ中継を提案するが…。

王国艦4隻を撃退したアマテラス。しかし、最後の1隻・コンキスタドールを前にレーザーキャノンの残弾はわずかとなっていた。そんななか、シノンはコンキスタドールがアマテラスの位置を把握していないと予測する。

シノンたちが待ち続けていた地球連合軍艦隊が、ついに戦場に現れる。連合軍艦隊はコンキスタドールを撃退するが、彼らはアマテラスに退艦を求める。そんななか、スターシップ・チャンネルが占拠されてしまい…。