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伴と共に母校・青雲高校野球部創設10周年の式典に参加した飛雄馬。壇上で飛雄馬がスピーチしていると、弱体化した野球部への好待遇に憤慨する丸目太を頭にしたレスリング部員が乱入し、式典を壊し始める。

向かうところ敵なしの飛雄馬。花形はプールの水を浄化する強烈なジェット水流を使い、飛雄馬の剛速球に対する特訓をしていた。ヤクルト戦が始まり、絶好調の花形に対し、長島監督は飛雄馬をリリーフに起用する。

阪神との試合で飛雄馬は完投まであと1人となった。だが、内野の守備の乱れから掛布と田淵を塁に出してしまう。続くロメオは奇妙な動きをしながら打席に立ち、飛雄馬の投げた剛速球を3ランホームランにした。

飛雄馬対策に頭を悩ます左門は飛雄馬のピッチングフォームを映したフィルムを入手し、打倒飛雄馬の活路を見出そうとする。そして迎えた大洋対巨人戦。左門は飛雄馬からなんとサイクルヒットを達成した。

チームメイトに詰め寄られ、飛雄馬の投球を読み取る秘密を教える左門。肝心の飛雄馬は打たれる理由にまだ気づいていない。「俺のピッチングにどんな欠点があるんだ」と苦悩する飛雄馬は、その夜を境に姿を消した。

球筋を読まれないための対策を練ろうと二軍で練習に励む飛雄馬。テレビでは夏の高校野球の開始を告げるニュースが流れ、飛雄馬の母校・青雲高校が驚異的な躍進を続けていたが、急に大会への出場辞退を申し出た。

飛雄馬との対決に敗れた丸目太は、野球への未練を断ち切ろうとしていた。飛雄馬が二軍の地方遠征に参加すると知った丸目は、自分の揺らぐ気持ちにケリをつけようと、飛雄馬を追って二軍の試合観戦に駆けつけたが…。

型破りの新人として巨人軍に入った丸目。規則を破った者は逆立ちで部屋に戻るという寮の規則にのっとり、規則違反をした丸目は飛雄馬と共に逆立ちで4階の部屋まで向かう。丸目は飛雄馬に対抗意識むき出しだった。

右投手用の大リーグボールを目指してもがき苦しむ飛雄馬だが、昼飯時にハエが箸から逃げる動きからそのヒントを掴む。さらに風圧でバットを避ける紙飛行機の動きを見て、新魔球の構想が少しずつ具体化する。

飛雄馬は右投手用大リーグボールの猛特訓を開始。サイドスロー投法を用い、ボールと同じサイズの小さな隙間を通そうとしていた。そのため飛雄馬は、二軍のグラウンドでは以前同様ノーコン投手の姿をさらす。

二軍の合同練習を離れ、黙々と大リーグボールの特訓を続ける飛雄馬。神社の階段に並べたろうそくの火を、投げた球で下から上へ一気に吹き消し、「大リーグボール右1号」は完成。丸目にボールを受けさせるが…。

魔球を目の当たりにした長島監督は「野球の常識を覆すどえらいボールだ」と驚がくする。さらに王も打席に入り、「まるで蜃気楼だ」とうなる。飛雄馬と丸目は、大リーグボール右1号を手に一軍入りを果たした。

さえ渡る大リーグボール右1号。王いわく「蜃気楼ボール」は向かうところ敵なしで、ボールをキャッチできるのは丸目のみ。その傲慢さから丸目は、行きつけの寿司屋で魔球が完成するまでの流れを語り始めた。

「花形さん、蜃気楼ボールはあなたに勝ってこそ初めて完成するんです」とつぶやく飛雄馬。その頃、魔球打倒に向けてテニスボールを打ち込んでいた花形は、蜃気楼ボールの正体が残像現象による目の錯覚だと気づいた。

サインを無視した身勝手なプレイで勝利のチャンスを潰し、二軍落ちした丸目がふてくされて迎えたファームでの阪神戦。「地獄の底から帰ってきたよ」と打席に立ったのは、丸目のかつてのライバル・難波爽だった。

阪神が迎えた逆転のチャンスに、巨人軍は飛雄馬と丸目のバッテリーを起用。阪神も、打倒飛雄馬に向け、無名の天才児・難波を打席に送り出した。蜃気楼ボールのみでの勝負を望む難波だが、丸目は対決を拒む。

来日した謎の強豪選手・ゴスマンは、気性が激しく大リーグから追放された身だった。そんな彼が広島カープ戦で、突然バックスクリーンに出現。試合に乱入し、飛雄馬に勝負を挑もうとするが警備員に阻止されてしまう。

丸目が惚れ込む深夜ラジオ番組の人気女性DJ・咲坂洋子が星飛雄馬の取材に訪れたが、彼女が野球のことを何も知らないため飛雄馬は拒否。だが、番組のスポンサーである伴重工業の常務・伴の願いもあって取材に応じる。

飛雄馬に強い関心を寄せる咲坂洋子が、丸目の誘いをきっかけに飛雄馬と再会し、2人は互いに惹かれあうようになる。ヤクルト戦で花形との対決を迎える飛雄馬だが、球場に洋子がいることを知って集中できない。

魔球を破るため動きだした大洋ホエールズは、飛雄馬を打ち取る刺客に左門を指名。蜃気楼ボールの正体は、飛雄馬のサイドスローからの直球が産み出す残像にあったが、そこにはさらなる秘密が隠されていた。