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日本の領海のどこかにある、難攻不落の巨大刑務所「南波刑務所」。謎の枷を持つジューゴ、自称イケメンのウノ、病みがちなオタクっ子・ニコ、グルメで不良のロックの4人の囚人は、この刑務所から脱獄を試みる。

13房の囚人・ジューゴ、ウノ、ニコ、ロックは、脱獄やいたずら、雑談、たまに刑務作業等をしながら日々を過ごしていた。13舎看守の双六一は看守長の百式百子から、ある報告書を提出するよう命令される。

ジューゴたちは新人看守の星太郎をいじめながら暇を持て余していた。そんな13房に新しく囚人番号99番・ツクモがやって来る。ツクモの姿や立ち居振る舞いは忍者そのもので、ウノたち外国人は大はしゃぎする。

お正月、南波刑務所では「新年南波一心共闘大会」が実施される。優勝した房の囚人は「何でも好きな物」をもらうことができるため、ジューゴたちは闘志をみなぎらせる。しかし、大会の内容は変わったものばかりで…。

新年大会でジューゴたち13舎は順調に勝ち進む。3回戦の百人一首では、ウノが3舎の囚人・トロワとハニーをたたきつぶす。4回戦は巨大なコマ回しをメーンとした肉弾戦なのに、ニコが代表に選ばれてしまい…。

ジューゴたち13舎13房は決勝戦まで勝ち進む。ジューゴとハジメの対戦相手は、4舎の主任看守・四桜犬士郎と囚人のムサシ。ムサシとの再会に驚くジューゴだが、ムサシは容赦なくジューゴを追い詰めていく。

新年大会の休憩時間に、マネージャーの八鳥が訪ねて来たためツクモは面会室を訪れる。人気俳優だったツクモは、世間では失踪したものとして報道されていた。八鳥は彼をもう一度芸能の世界に呼び戻そうとするが…。

枷を発動し、両腕が刃と化したジューゴは腕の刃でムサシを攻撃し、闘技場を一刀両断する。会場は大騒ぎとなり、看守長の百子は主任看守部長に、ムサシとジューゴの捕獲を命ずる。ムサシは主任看守部長に反撃し…。

新年大会で大惨事を起こし、ジューゴとムサシはそれぞれ地下牢獄に収監される。二人の異変の謎を探るため、犬士郎はハジメに掛け合いジューゴとムサシに話をさせる。そこでムサシはある情報をジューゴに託すが…。

新年大会でジューゴに大けがをさせた責任を取り、ハジメは3日間謹慎をしていた。百子の命令で犬士郎、キジ、猿門がハジメの代理として13舎に行くが、ウノ、ニコ、ロックの問題児ぶりに犬士郎らの苦労は絶えず…。

実は13舎13房は新年大会で優勝していた。ロックは優勝のご褒美として「石窯」を、ニコは「みんなで遊べるゲーム機」を手に入れる。ほかの舎の囚人たちを招き、ロックとニコは自分の大好きなものをお披露目する。

4舎の地下牢獄に収監されたムサシの下を犬士郎が訪れ、ムサシの過去が語られる。そんなムサシはウノが手に入れた「娯楽室」に招待される。娯楽室には看守と囚人たちが集結し、戦いを忘れ共に楽しい時間を過ごす。

突然ジューゴの前に「エルフ」を名乗る男が現れる。首に傷がある男と繋がっているエルフは、検体であるジューゴを捜していた。ジューゴは自分がここにいては仲間に何か良くないことが起きるかもしれないと思い…。

脱獄に励むジューゴを、双六一たちが捜し回る。ウノ、ニコ、ロックは13房で楽しく過ごしていた。各舎の囚人と看守たちはいつも通りの生活を営んでいたが、一声三鶴は南波刑務所に立ち込める不穏な空気を感じる。

13舎にやって来た新しい看守は、双六一の弟・双六仁志だった。ウノとロックは女性用の看守服を着こなす見目麗しい仁志を前に、彼が本当に双六一の弟であるのか疑い始める。二人は真相を明らかにしようとし…。

大和の引率で、ロックとツクモ5舎に鍛錬に来た。その後、出張を前に看守長の下に各舎の代表看守たちが集められる。そこで猿門は、かつて5舎で起こったある事件のことで、2舎副看守の二舞下に責められる。

5舎から13舎へ戻って来たロックと大和が突然凶暴になり、ジューゴや星太郎に襲い掛かる。ウノやニコを守るため、ジューゴはロックを止めようとする。そこへ、5舎の鍛錬から帰って来たツクモが姿を現し…。

ロックと大和の件で、ハジメとジューゴ、ウノ、ニコは5舎を訪れる。トラップに掛かったジューゴたちが地下1階のろう獄に落ちると、そこには捕らわれの身のウパとリャンがいた。一方、ハジメは猪里に捕らえられ…。

ジューゴ、ウノ、ニコ、リャン、ウパ、ハニー、トロワは、捕らえられたハジメたち看守を捜すため、5舎地下牢獄の地下を進む。ジューゴは地下1階の資料室で、自分について記された書類を見つける。

脱獄囚・八萬がリャンとウパの前に立ちはだかる。しかも、ウパの役に立とうとニコがその場に残っていた。一方、ウノとジューゴは、常備薬をなくしたまま行方知れずになっているニコの容体を心配していた。

薬が切れてしまったニコは、自分が制御できなくなり、ついに暴走する。凶暴になったニコは、薬を欲して八萬に襲い掛かる。ニコの異様な姿に、ウパもリャンも驚がくする。そこに裏切ったと思われたチィーが現れ…。

八萬を撃破したニコ、リャン、ウパは、チィーの案内で先へ進む。一方、地下3階に着いたジューゴたちの前に元5舎看守の脱獄囚・悟浄流河が現れる。流河は操られた5舎看守の八力と九力をジューゴたちにけし掛け…。

ジューゴたちは流河の攻撃から必死で逃げるが、ハニーは足手まといのジューゴに着いてくるなと言い放つ。ハニーの叱責を受けて自分自身と向き合ったジューゴは、ウノに今まで隠していたことを全て打ち明ける。

ジューゴ、ウノ、ニコ、トロワは、流河の芭蕉千による攻撃を受ける。ハニーが必死に食い止めるが、このままでは4人共やられてしまうため、トロワは「自分たちに任せて先に進め」とジューゴとウノに告げる。

ジューゴは双六一の捕らえられた牢獄を目指して地下を一人突き進む。地下2階では、ウノとトロワ、ハニーが流河たちから逃げ回りながら、ある看守を捜していた。また、猿鬼もジューゴたち囚人が逃げたことに気付く。