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メダロット社が開発した、新型メダロッチが発売されたが、予約を忘れたイッキとメタビーは入手できず落ち込んでいた。一方、新型メダロッチを手に入れ、性能を確かめようとしていたキクヒメたちだったが…。

イッキはナエからメタビーの新しいパーツを預からせてほしいと頼まれ、パーツの修理が終わるまでギンカイのデスメダロットとは戦ってはいけないと忠告される。だが、イッキとメタビーの前にギンカイが現れた。

コクリュウはデスメダロットによるメダロット一斉襲撃作戦を決行。アリカが狙われたその時、ドークスという名のメダロットを連れた謎のメダロッターが現れ、一瞬のうちにデスメダロット軍団を倒してしまう。

イッキとメタビーは、大事な書類を父の会社まで届ける途中、偶然にもギンカイに出くわし、ひょんなことから彼を怒らせてしまった。そして、デスメダロットでロボトル勝負を迫るギンカイから逃げ出すが…。

アリカひとりの新聞部は放送部との合併を学校側から提案されるが、どちらも譲らず人気投票で決めることになった。早速スクープを探しにいくアリカ。そんな時、コクリュウが放送部の満寿泉にデスメダルを渡した。

コクリュウは、ロボトルで負けて落ち込んでいた少年に「メダロットを最強にしてあげる」と言う。そして夜な夜なメダロットを襲っている謎の怪物が出没し、襲われたアリカのメダロットはパワーダウンする。

人気のテレビ番組に出演が決まったイッキとメタビー。それを知ったコクリュウとギンカイは、テレビ中継を利用して、デスメダロットの強さを全国に見せつけようと画策。そしてイッキは番組中にロボトルを迫られる。

コクリュウはギンカイに最強のデスメダロット・ユニトリスを与えた。謎のメダロッターに敗れたギンカイは、ユニトリスの力を試すためイッキとメタビーにロボトルを迫るが、メタビーはバッテリー切れ寸前だった。

ドークスを捨て、デスメダロット・エクサイズのマスターとなった謎のメダロッターは、ロボトル精神を無視してギンカイとメタビーを攻撃。謎のメダロッターは「デスメダロットを破壊することが仕事だ」と言うが…。

嵐の夜、最強のデスメダロットのひとつであるブロッソメイルが輸送中の事故で逃走した。開発中のミスにより、敵と見なした者には破壊するまで攻撃をやめなくなったブロッソメイルは、町中で派手に暴れる。

アリカは、イッキたちに内緒でブラスと一緒に秘密の花園を手入れしていた。だが、謎のメダロッターを囲んでロボトルが始まり花園が台無しになってしまい、花たちを大切にしないメダロッターにアリカは幻滅する。

メダロット博士はイッキたちを呼んでメタビーの記憶装置を再生し、ブロッソメイルとの戦いのデータを分析。そして博士は危険なブロッソメイルに対抗するため、新型メダロット・アークビートルダッシュを披露する。

ナエが修理したメダロットを配達途中、ハニーがいなくなってしまった。捜しにいったナエとイッキたちは、様子が変なギンカイを目撃。後をつけると、ギンカイはハニーのデータを初期化し、記憶を消そうとしていた。

ロボトルで負け続けているカガミヤマとキースタートル。責任を感じたキースタートルはカガミヤマのもとから去っていく。街を彷徨うキースタートルは、マスターに捨てられたメダロットのゴミ捨て場にたどり着く。

ギンカイは、小さい頃、ベイヤニットと一緒に楽しくロボトルをしていた時のことを思い出す。そして、ブロッソメイルが完成したらエクサイズは用済みだというコクリュウに対し、どこかで疑問を抱いていた。

コクリュウを裏切ってしまったギンカイ。コクリュウの最強のブロッソメイルがギンカイのユニトリスを襲い、ユニトリスは制御不能になってしまう。ギンカイは悲しみをこらえ、ユニトリスに別れを告げた。

イッキが飛ばしているナエの複葉機に、コクリュウが飛行テストをしていた新型デスメダロット・スカイファルコンが衝突。複葉機は壊れ、故障したスカイファルコンはメタビーを連れて飛び去ってしまった。

ゴミ箱に隠した20点の答案用紙を両親に発見されてしまい、イッキはいい点数が取れるまでロボトルを禁じられてしまう。なかなかいい点数が取れないイッキは、ユウヅルを巻き込んでカンニングしようとたくらむが…。

ワカバは負けず嫌いのメダロッター。子供相手のロボトルに勝利しても攻撃をやめないため、ギンカイはアークダッシュでワカバのプットキャットを攻めるが、ワカバはコクリュウの入れ知恵でギンカイに仕返しをする。

デスメダロット社のユニトリスとエクサイズが発売され、街の郊外にはデスメダロットショップが建設されている。イッキたちが危機を感じるなか、コクリュウはデスメダロット時代到来に向けてある計画を立てていた。