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2020年、日本国首都の新東帝都で、M・B・I社長の御中広人により、極秘プロジェクト・鶺鴒計画が発動された。そんななか、2度目の大学受験に失敗した佐橋皆人のもとに、空から謎の美少女・結が落ちてきた。

アパートを追い出された皆人と結は、「出雲荘」に住むことになった。大家である浅間美哉や住人たちの世話になりながら、2人は新生活をスタートさせる。そんななか、皆人は庭の樹に不思議な少女の幻影を見た。

皆人がアルバイト先で出会った瀬尾香は、以前結を追っていたセキレイ・光と響の葦牙だった。そんな瀬尾に、無理やり連れられて訪れた植物園で、皆人は彼の夢の中で助けを求めて泣いていた幼い少女・草野と出会う。

皆人は結に続いて草野を羽化させた。これにより彼は2羽目のセキレイを得た。そんなある夜、出雲荘の大家・浅間美哉と一緒に寝ていたはずの草野が、お化けを見た言って、皆人の部屋に逃げ込んでくる。

いまだに葦牙と出会っていない未羽化のセキレイ・月海は、じれったい感覚に見舞われていた。それは葦牙が近くにいるからだ。しかし葦牙を下等なサルとして見下す月海は、葦牙と出会い羽化することを拒む。

皆人は葦牙を嫌っている月海に対し、自分のセキレイになってほしいと申し込む。その言葉に怒りを露わにする月海だったが、光と響の攻撃や瀬尾の脅威から身を挺して月海を守る皆人に心が揺らぐ。

出雲荘では、皆人の妻の座をめぐり、結、月海、草野が張りあう。そんなある日、結のもとに鴉羽と名乗るセキレイが訪ねて来る。鴉羽は「黒のセキレイ」と呼ばれて恐れられているが、結はそんな彼女とも親しげだ。

帝都がM・B・I私設軍によって封鎖されたことにより、「鶺鴒計画」は第弐段階に移行。セキレイらのバトルロイヤルが始まる。同じ頃、勝ち名乗りを上げることなく、対戦相手を放置して消える謎のセキレイが出現する。

勝利宣言をしない違反者・比礼のセキレイの次なるターゲットは、最弱のセキレイこと久能だ。そこに比礼を追う結と月海が現れ、さらに風花と名乗る新たなセキレイが乱入してきたため、場は大混乱に陥る。

久能を守るため、ハルカは帝都を脱出すると決意するが、外へと続く橋はことごとくM・B・Iに封じられていた。そこで瀬尾は般若が守る帝都北部からの脱出を提案。厄介なのは、セキレイ「懲罰部隊」の存在だった。

掟破りの帝都脱出計画が始まる。松がM・B・Iの監視衛星をハックできるのは約1時間。その間にハルカらは橋を渡り切らなくてはならない。草野たちは一旦検問所を制圧するが、作戦を予期した御中が私設兵を派遣する。

懲罰部隊の猛攻によって結の鶺鴒紋が消失。久能の「ふにゃふにゃのうた」も役に立たず、駆けつけた月海も懲罰部隊に追い詰められてしまう。皆人がひとりで敵に立ち向かおうとしたその時、結が再起動して…。