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1998年。衛士養成学校に通っている篁唯依はクラスメートと共に戦術機のパイロット・衛士になるため、厳しいながらも楽しい日々を過ごしていた。唯依たちは、訓練の中で互いの絆を深めていく。

唯依たちは首都・京都に迫るBETAの進撃を止めるべく、戦地へと赴く。しかし、圧倒的なBETAの数の前に、戦術機は次々破壊され、苦楽を共にしたクラスメートたちも次々と犠牲になっていった。

2001年、ユウヤ・ブリッジスは大型輸送機でアラスカのユーコン基地へ向かう。彼は日米合同での新型戦術機開発を目指すXFJ計画のテストパイロットとして、アメリカ軍から国連軍へと転属されたのだった。

日本の戦術機とアメリカの戦術機の設計思想の違いからなのか、ユウヤは練習機・吹雪の操縦に手を焼いていた。ユウヤは欠陥機ではないのか、と不遜な態度を取るが、唯依は彼に「未熟だ」と言い放つ。

ユウヤは組み上がった不知火に乗り換え演習を行う。ところが、吹雪以上にピーキーな機体に振り回されてしまう。彼はエースとしてのプライドを踏みにじられ、唯依との衝突も激しさを増していく。

戦術機の広報素材の撮影を行うためにユウヤらは西インド諸島のグアドループ基地へ赴く。指揮を執るオルソン大尉はアルゴス小隊とイーダル小隊が、この機に交流を深めることができれば、とバーベキューを行うが…。

ボートが流され、連絡手段を失ったユウヤ、唯依、クリスカは無人島の洞窟の中で救助を待つほかなかった。かねてからイーニァがユウヤを慕う理由に疑問を抱いていたクリスカはユウヤにそのことを問いただす。

南の島から一転、各国の試験小隊はカムチャツカへ向かっていた。この地では日々BETAとの戦いが繰り返されている。戦場の空気を感じるユウヤ。唯依はここで新型兵器のテストも行うことをブリーフィングで告げる。

ユウヤたちアルゴス小隊をはじめとする国連軍派遣部隊はラトロワ中佐率いるジャール大隊に護衛され、実戦試験を行うこととなった。ユウヤは試製99型電磁投射砲を装備した94セカンドで出撃し…。

電磁投射砲とユウヤの活躍でBETA軍は一掃され、基地全体は喚起に沸く。しかし、ユウヤは同じように喜ぶことはできなかった。ユウヤは、活躍したのは電磁投射砲であり、自身は何もできなかったと苦悩する。

軍団規模のBETAが基地の目前へと迫っていた。増援も望めない戦況であり、国連軍部隊は基地からの退避を余儀なくされる。だが、サンダークは人員退避が優先のため、各部隊の装備は放棄せざるを得ないと言う。

唯依は、ソ連軍に電磁投射砲を接収されないように破壊しようとするが、爆破では完全破壊は望めない。唯依はBETAの最優先破壊対象が高性能コンピューターと人間の組み合わせである、という習性の利用を試みる。

絶体絶命の状況でユウヤに救われた唯依。だが、格納庫には周辺のBETAが群がってきていた。ユウヤは94セカンドに唯依を乗せて退避を開始するが、その間にもBETAは容赦なく襲い掛かってきて…。

ユウヤはBETAに取り囲まれるが、駆け付けたジャール大隊により救われる。だが、次は飛来した爆撃機による空爆が彼らを襲う。それはBETAもろとも全証拠を消し去ろうとするソ連軍の思惑によるものだった。

各国の戦術機開発部隊に互いの力を評価研鑽させる、という目的でユーコン基地ではブルーフラッグ演習が行われることになった。この演習は、戦術機同士による対人模擬戦トーナメントであって…。

ユウヤとクリスカの前にアメリカ陸軍インフィニティーズのレオンとシャロンが現れた。また、アルゴス小隊のブルーフラッグ初戦の相手は、統一中華戦線ツイ・イーフェイ中尉率いるバオフェン小隊となった。

クリスカは、ソ連の研究施設にいた幼い頃の夢を見る。イーニァとの出会い、サンダークとのことなどだ。一方、ユウヤに敗れたイーフェイは彼に惚れ込み、インフィニティーズに勝ったらハネムーンに行く、と宣言する。

ユウヤとレオンの確執は、ユウヤの米軍時代、ラプターの開発プログラム中に起きた事故が原因となっていた。両者はブルーフラッグでの対戦が迫る中、過去を振り返り、現在の自分と向き合っていた。

ブルーフラッグで衛士たちは勝敗にばかり固執し、互いに敵愾心を募らせている。このことを心配したオルソン大尉はこの風潮を解消するべく、各試験小隊に自らが立案した広報任務を実行させるのだが…。

アルゴス小隊はインフィニティーズの対戦を間近に控えていた。しかし、未だラプターのステルス機能をはじめとした性能の高さと、それを駆るレオンたちの衛士としての能力の高さに攻略の突破口を見つけられずにいた。

ユウヤ、タリサ、イーフェイの3人は、ナタリーの自らを犠牲にした行動によりテロリストから何とか逃げ切る。また、アルゴス小隊の仲間と合流することもできた。唯依もクリスカと共にハンガーにたどり着く。

ジゼルの率いる24機の戦術機部隊を相手にユウヤは自分だけが残って、これを迎え撃つと言う。唯依はユウヤを信用して、その場を任せ、クリスカ、タリサ、イーフェイと共にベーゼロワン基地へと向かった。

補給を完了したユウヤたちは占拠されている司令部と通信センターを取り戻す、というサンダークの作戦を遂行。施設の制圧は米ソの特殊部隊の役目だが、侵入経路確保のためには敵の戦術機部隊を排除する必要があった。

ユウヤを護りたいと願うクリスカとイーニァは、制限解除のプラーフカを解放する。しかし、クリストファーが作動させた装置により強力な暗示をかけられ洗脳状態に陥った。事態は想定外の方向へ向かっており…。