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孤児院を追い出されヨコハマの街を彷徨っていた中島敦は、盗っ人やむなしと決意した矢先、川を流されていく奇妙な男と遭遇する。どこか飄々とした自殺マニアの名は、太宰治。異能力集団「武装探偵社」の社員だった。

「武装探偵社」に入社した敦だが、「異能を制御できない自分では役に立たない」とおよび腰だった。 太宰はそんな敦にもできる仕事を斡旋すると言ってどこかへ連れ出すが、そこへ国木田から緊急事態の報せが入る。

入社試験に合格し、晴れて「武装探偵社」の一員となった敦。探偵修行の一環だという先輩の前職当てゲームに挑戦するも、太宰の前職を知る者はなかった。そこへ、新たな仕事の依頼が舞い込んで来る。

太宰に助けられ、辛くも芥川の手から逃れられた敦。だが、己のせいで仲間が巻き添えになったことを知った敦は、「お世話になった人たちにこれ以上迷惑を掛けられない」と探偵社から出て行くことを決意する。

ポートマフィアの武闘派「黒蜥蜴」の襲撃を撃退した武装探偵社は、事務所の後片付けに追われていた。そんな中、敦は乱歩の仕事現場に付き添うことを命じられるが、乱歩は電車の乗り方も知らない世間知らずで…。

ヨコハマを訪れた旅行客の連続失踪事件が発生し、武装探偵社にタレコミが寄せられる。国木田は非合法のハッカー・田口六臓に情報源を探らせるが、見つかったのは被害者の写真と「蒼の使徒」という言葉のみだった。

「蒼の使徒」からの大規模な市街地爆破予告。社の存続とプライドを掛けた戦いの中、太宰は廃病院から唯一救出できた佐々城信子にご執心の様子。信子は、今回の事件が「蒼き王」に関連しているのではないかと言う。

太宰が行方不明になるが、武装探偵社の社員たちは「いつものこと」と気にも留めない。そんな中、敦は与謝野晶子の買い物に付き合うことに。すると、列車に謎のアナウンスが鳴り響き、乗客たちを恐怖に陥れ…。

異能力を利用され、暗殺者に仕立てられた少女・泉鏡花。黒幕を明かす代わりに高級湯豆腐を願うあどけない彼女の生い立ちを聞いて敦は同情するが、国木田は「彼女が背負う全てを引き受ける覚悟があるのか」と問う。

監獄に現れた「元相棒」中原中也と一戦を交える太宰。中也が疑念を抱いた通り、太宰が容易く捕まったのは、敦に巨額の懸賞金を掛けた依頼主を探るためだった。しかし、すでに敦はポートマフィアの手中にあり…。

瀕死の重傷を負い意識不明に陥る芥川。敦の誘拐に失敗し、作戦中に壊滅させた組織の残党が復讐に動き出した今、芥川を守れるのは樋口だけだった。一方、武装探偵社では敦が宮沢賢治の担当する事件現場へ同行する。

敦に懸賞金を掛けた黒幕は、「ギルド」と呼ばれる北米異能力者集団のリーダーだった。武装探偵社に来訪したフランシスは、お詫びの商談と称して「異能開業許可証」の買収を持ち掛けるが、福沢はこれを一蹴する。