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零はブラック・ジャックと名乗る謎の無免許医に「透視能力を持つ眼」を移植された天才外科医。零が沢病院へ来た早々、麻薬密売組織の一員である患者が運び込まれ…!?

零の協力者である篠山が、完全内蔵型の人工心臓の開発に成功する。そんな折、零は重度の心臓病患者、杏奈の担当になった。しかし、杏奈の手術に必要な心臓のドナーが見つからない。

海に向かう美里たちと零。特殊な病原菌に冒され、水中でないと菌への抵抗が維持できないため、水中から出られない少年に会うためだった。意を決して水中手術に挑む零だが…!?

忌まわしくも懐かしい「白い部屋」の記憶…。10年前、沢に救い出されるまでそこにいた零は、そこで一緒に育った無痛症（人体実験でそういう身体にされている）の少女と再会する。

緊急患者の大山さやかは原因不明の皮膚の裂傷や骨折を繰り返していた。その症状を前に零は、７年前の不思議な体験を回想する。それは、零が初めて手術に挑んだときのことだった。

零の元に「ガラスのメス」が送られてきた。これに呼応するように電気機器が使えなくなった中で患者が運び込まれた。その患者は体中の細胞機能が低下し、急激な老化が進行していた。

美里の友人であるという「堀内ライフメーカー」の社長令嬢堀内すみれの誕生パーティに招待される零や篠山たち。しかし、すみれのお目当ては篠山だった。すみれにとって篠山は初恋の相手だった。

「白い部屋」で想い人だったコーイチと篠山の間で揺れる零。原因不明の高熱を出し、「身体の中に何かいる」という酒井香織の緊急手術をする零だが、透視能力を使っても患部を見極められない。

「フンギ」事件から「組織」への糸口を掴んだ零と篠山は雪に閉ざされた村「蛍谷」へ向かった。そこの地主である大守部家の鉄蔵が、訪れた２人をライフルで脅して追い返そうとしたときに…!?

「蛍谷」事件から組織がクローンビジネスを行っていることを知る零たち。しかも零は自分と「同じ顔」の女に襲われた。そして頻繁に見る「自分の記憶に無いリアルな夢」。零はある確信を持つ。

Hリングの男の居場所が判明した。コーイチとの再会に心が揺れる零だが、美里に「零にとって一番大切なのは何か」と問われ、「これが私の答よ」とHリングの男のもとに向かう。

衝撃の事実を知り消沈している零に、失踪していたアカリボンから電話が…。戸惑いながらも篠山と指定された場所に向かう零。そこには、広大な炭鉱跡の地下に昔日の町並みが再現されていた。

爆発炎上し崩落する昔日の町。瓦礫の中で意識を失った零が目覚めると「やっと夢が叶った」と笑顔のコーイチとアカリボンが。そこは地図にもない小さな島だった。そこで「すべてを見た」零は…!?