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西暦2045年。宇宙研修のため、衛星軌道上のステーションホテル「アリエス」に到着した中央士官学校予科の生徒。予科３年の相澤涼太は、宇宙体験にドキドキだった。

「研修中は民間人との接触禁止」の命令に動揺する沙佳。理由を尋ねる涼太に対して、沙佳は親友の亜弥と会う約束をしたと話す。涼太は、無重力模擬戦闘の時間に２人を会わせる作戦を思いつく。

正体不明の宇宙船がアリエスに迫ってきた。宇宙船の中には「ゲイル＝ランティス」が率いる武装テロ集団「ハララクス」の精鋭が潜んでいた。一瞬のうちにアリエスは主要部を占拠されてしまう。

ハララクスによる攻撃をくい止めた涼太たち。カレンとの闘いで秀平は軽傷を負ってしまう。そんな中、沙佳は亜弥が脱出に成功したかを心配していた。その亜弥はハララクスに捕らえられていた。

森本と共に合流した亜希は、兄・和彦をしのぐコンピュータの天才だった。アリエスのコントロールを取り戻していく亜希。そんな中、ゲイル自身による直接攻撃が！ 迎え撃つ秀平、涼太だが…!?

ハララクスの侵攻を防いだ秀平たちだが、セラリア先生は敵側に取り残されてしまう。戦いの最中、重傷を負った秀平は不思議な夢を見ていた。自分が七央たちを、さらにハララクスのメンバーも…!?

秀平がいなくなり、リーダーとなった涼太を励ます森本。すると突然、館内放送が秀平の言葉を伝え始める。語られる驚愕の事実、そして銃声！ たまらず七央が駆け出したとき、敵の侵攻が始まる。

１台の作業機が敵側から涼太たちのもとへ逃げ出してきた。秀平の帰還か？と迎え入れる涼太たちの前に現れたのは、カレンだった。カレンが語るハララクスの壊滅、亜弥の生存。動揺する沙佳。

敵陣に潜入したユウは、戦闘を繰り広げながら中枢へ向かう。残された涼太たちは、時に「ななみ」の無邪気な言動に癒されながらも、その驚異的な学習能力に目を見張っていた。

必死に脱出を図るユウとシン。しかし追い詰められ、シンのスキュラ化も進行し始める。一方コンピュータを見つめる亜希が大変な事態を発見。アリエスが徐々に高度を下げ、落下し始めている！

アリエスを脱出する前に沙佳の想いに応え、亜弥の救助に向かうことを決意する涼太。そんな中、ななみの姿が消えてしまう。不安に陥る涼太たちだが、脱出計画に中断は許されない。

亜弥の救出に成功した涼太と沙佳。喜びに浸る２人にスキュラ兵の集団が襲いかかる。そのとき、沙佳を守るため身を挺してひとつの想いが散る。セラリアの狂笑の中、降下速度を高めるアリエス…!!